Гербарии – коллекции засушенных растений – являются важнейшей и незаменимой основой систематических, флористических и ботанико-географических исследований. Возможность многократного использования, извлечения как новой информации, так и проверки уже имеющейся, отличает гербарный образец от лучшего рисунка или описания растения в книге.
Со временем значимость гербарных образцов растет, так как часто коллекции становятся невосполнимыми вследствие утраты местообитаний растений или же изменения экологической обстановки. На основе материалов гербария Казанского университета были опубликованы в свое время определители лишайников, листостебельных мхов, сосудистых растений, которые встречаются на территории Республики Татарстан. Также коллекции гербария используются при подготовке очередных выпусков «Красной книги Республики Татарстан».
Гербарий Казанского университета имеет более чем двухвековую историю. Первые образцы сухих растений появились в Кабинете естественной истории Императорского Казанского университета еще в 1815 г. Часть этих материалов хранится в Гербарии и в настоящее время (листы датированы 1815-1817 гг.). Позднее коллекция постепенно росла за счет материалов экспедиций, организуемых университетом, закупки образцов у известных ботаников и коллекторов или обмена. Значительное пополнение Гербария в конце XIX в. явилось результатом активной деятельности Общества естествоиспытателей при Императорском Казанском университете. В Гербарии также хранятся материалы, собиравшиеся сотрудниками и студентами кафедры ботаники с момента ее образования в 1836 г. до наших дней.
В 1914 г. под руководством проф. А.Я. Гордягина была произведена полная инвентаризация гербарных материалов. Коллекции привели в порядок, образцы смонтировали на листах плотной бумаги, создали именные коллекции и составили карточный каталог.
В 1960-1970 г. информация о коллекции была подана в издание «Index Herbariorum» и гербарию был присвоен акроним KAZ. Фонды ботанического отдела насчитывают свыше 120 тысяч единиц хранения (гербарных листов).
Материалы основного фонда можно классифицировать по ряду признаков:
1) По времени сбора выделяются исторические и современные коллекции. В группу исторических объединены коллекции, собранные в XIX – первой четверти XX вв. Это преимущественно именные коллекции из разных географических районов России. Они отличаются цельностью, законченностью в оформлении и наличием справочных материалов и представляют, помимо научной, известную историческую ценность. Из крупных старых коллекций следует особо отметить собрания образцов мировой флоры, купленные у аббата де Грандидье в 1824 г., у Ф.И. Рупрехта, у П.Я. Корнух-Троцкого в 1840-х годах. В группу современных включены коллекции, собранные начиная с 20-х гг. XX в. до наших дней. Среди них наибольший интерес представляют сборы из ряда районов бывшего СССР: Бурятии, Казахстана, Чукотки и некоторых других.
2) По географическому принципу в основном фонде можно выделить примерно равные по объему группы: гербарий флоры бывшей Российской империи, гербарий флоры Республики Татарстан, гербарий мировой флоры. В последнюю группу относятся 3 крупные коллекции образцов растений из разных географических районов Земли и ряд небольших коллекций, представляющих флоры отдельных стран и регионов (Мексика, Капская область, страны Европы).
3) По систематической принадлежности в основном фонде выделяются коллекции грибов, водорослей и высших растений. Микологическая часть гербария представлена преимущественно лишайниками. Среди высших растений встречаются образцы из всех отделов.
Коллекция грибов, по приблизительным подсчётам, составляет около 6 тысяч единиц хранения. Грибные эксикаты в коллекции представлены следующими изданиями: L. Rabenhorst Fungi europaei, 1872-1886; F. De Thuemen Mycotheca universalis, 1875-1884; N.M. Martianoff Plantae Minusinensis exsiccatae (Fungi); Fungi selecti exsiccati a Joanne Kunze collecti, Г.С. Неводовский Грибы СССР, 1952-1961. Кроме того, в Гербарии хранятся: коллекция, собранная в 1884 г. С.И. Коржинским в окрестностях Казани; коллекции грибов Кавказского заповедника и окрестностей Казани, собранные Л.Н. Васильевой (1920-1930-е гг.); коллекция Б.П. Василькова из Марийской автономной области (1930-е гг.). Образцы грибов также представлены в гербариях мировой флоры, купленных у Рупрехта и Корнух-Троцкого.
Коллекция лишайников содержит около 22 тысяч единиц хранения. Лишайниковые эксикаты в Гербарии представлены двенадцатью различными изданиями, однако в своём первоначальном виде сохранились лишь следующие: G. Malme Lichenes Suecici Exsiccati, 1908-1913; H. Claudel, V. Claudel et Abb. J. Harmand Lichenes Gallici Praecipui Exsiccati, 1903-1913; J.J. Havaas Lichenes Norvegiae occidentalis exsiccati, 1912; C. Mereschkowsky Lichenes Rossiae Exsiccati, 1911.
Гербарий моховидных насчитывает около двух тысяч единиц хранения. В коллекции имеются следующие изданные гербарные образцы: T. Husnot Musci Galliae; Hepaticae et Musci URSS exsiccati, 1957. Представляют интерес мхи мировой флоры в коллекциях, купленных у Корнух-Троцкого и Рупрехта и мхи флоры России в коллекции, собранной Мережковским в окрестностях Казани и Ревеля, а также сборы П.Н. Крылова в Казанской губернии, датированные 1882-1883 гг. В Гербарии также хранятся материалы других коллекторов из различных областей России.
Около двух третей основного фонда составляют сосудистые растения. Из эксикат имеется Гербарий Русской флоры, издававшийся Ботаническим музеем Императорской Академии наук в 1841-1914 гг.
Также в фондах ботанического отдела Зоологического музея и гербария им. Э.А. Эверсмана хранятся наглядные пособия (настенные таблицы и модели), использовавшиеся в учебном процессе. Из наиболее известных изданий сохраняются серии таблиц Л. Кни (L. Kny, Botanische Wandtafeln), А. Петера (A. Peter, Botanische Wandtafeln), Ф. Коля (F.G. Kohl, Botanische Wandtafeln), Циппеля и Больмана (H. Zippel bearbeitet von O.W. Tome, gezeichnet von C. Bollmann, Auslandische Kulturpflanzen in farbigen Wandtafeln) и ряда других авторов. Таблицы снабжены пояснительным текстом, зачастую представляющим собой небольшую статью, содержащую результаты научных исследований автора.
В учебном процессе используются около ста моделей, производства известнейшей фирмы по производству учебных ботанических моделей Р. Бренделя (Robert Brendel).
В учебных таблицах, изготовленных к курсу «Систематика растений» профессором В.И. Барановым, отображены морфологические, экологические, анатомические особенности растений, указаны ареалы распространения. В качестве иллюстраций к учебным курсам «Ботаническая география» и «Палеоботаника» В.И. Барановым были нарисованы многочисленные ландшафтные и палеоландшафтные пейзажи. В фондах музея хранится 123 картины В.И. Баранова.
Ботанический отдел Зоологического музея и гербария обладает 20 коллекциями палеофлор, насчитывающими около 2030 образцов, относящихся к 127 родам и 234 видам растений. Это камни с отпечатками листьев, ископаемая древесина и плоды разного геологического возраста, собранные в разных частях России и сопредельных государств. Коллекции охватывают огромный временной промежуток от перми до плейстоцена.
Одним из важнейших направлений деятельности ботанического отдела является сохранение и пополнение коллекций музея. В 2018 г. начата оцифровка гербарных коллекций: ведется работа над заполнением базы данных по гербарным коллекциям. В декабре 2021 г. был приобретен для музеев университета бесконтактный сканер, позволяющий получать изображения высокого разрешения не нанося вред хрупким экспонатам.