Начало XIX века знаменуется началом основания ботанического музея Казанского университета, основу которого составляет гербарий, собранный со всех уголков земного шара. В XX веке после реорганизации университетских музеев в 1991 году часть коллекций была выделена из состава кафедры ботаники и включена на правах ботанического отдела в состав зоологического музея, а с 1997 года составляет фонды Ботанического музея на базе кафедры ботаники, а ныне института фундаментальной медицины и биологии Казанского университета.
Невозможно переоценить значимость гербариев как исторических, архивных материалов, собраний систематических стандартов, незаменимых в работе по генетике, систематике, флористике, экологии. В связи с этим значение коллекции Ботанического музея выходит далеко за рамки всего Университета. Музей представляет большую ценность для всего ботанического сообщества России, поэтому ученые всей страны не раз останавливались в стенах музея, чтобы исследовать тот или иной материал коллекции. Стоит сказать, что со временем ценность образцов растет, так как коллекции невосполнимы вследствие утраты местонахождения, а образец подписан неразборчивым почерком где-то в полевых условиях, либо же происходят изменения экологии или ряд других причин. Поэтому в музее проводится инвентаризация, пополнение коллекций. Также в музее неоднократно проводятся экскурсии для студентов и школьников Казани.
На основе материалов гербария были опубликованы определители лишайников, листостебельных мхов, сосудистых растений, которые находятся на территории Республики Татарстан. Также коллекции гербария используются при выходе «Красной книги Республики Татарстан».
