В 1923 г. было создано "Научное Общество Татароведения", сыгравшее большую роль в изучении этнографии местного края и сбора этнографических коллекций. В этот период в активную работу по изучению этнографии поволжских народов включились крупные ученые - искусствовед П.М.Дульский, знаток мордвы М.Е.Евсевьев, чувашевед Н.В.Никольский. Самостоятельные научные исследования стали вести молодые ученые М.С. и К.С.Губайдуллины, искусствовед-архитектор В.В.Егерев, этнограф Н.И.Воробьев и др.

В это время осуществлялись многочисленные экспедиции по Поволжью, собирались коллекции по быту татар, чувашей, марийцев и других народов. Привозимые материалы концентрировались в созданном в 1920 г. музее народов Востока при Северо-восточном археологическом и этнографическом институте. В 1922 г. музей народов Востока влился в Центральный краеведческий музей, в свою очередь основанный на базе Казанского городского музея, существовавшего с 1898 г. Центральный музей становится крупным краеведческим центром. Он развертывает большую собирательскую работу. В 1925 г. в Центральном музее открывается этнографический отдел, посвященный в основном культуре и быту татарского народа.

Этнографический музей Казанского университета в этот период почти не пополнялся новыми коллекциями. Это было связано с тем, что Общество археологии, истории и этнографии, чтобы не дублировать работу со многими краеведческими организациями, возникшими в Казани, в частности с Обществом Татароведения, стало заниматься изучением других народов Поволжья. Однако средств на это было очень немного, что не давало возможности приобретать новые экспонаты. После ухода из университета профессора Б.Ф.Адлера в 1922 г., а позднее Н.И.Воробьева на постоянную работу в Восточно-педагогический институт и Центральный музей, подготовка этнографов в университете, а следовательно, и собирательская, музейная работа прекратились. Поддерживалась лишь сохранность этнографических коллекций, накопленных за длительную предыдущую историю.

В период Отечественной войны 1941-1945 гг. коллекции музея были демонтированы и рассредоточены по различным аудиториям главного здания. В эти годы музей не функционировал. В его помещении размещалась лаборатории различных отделов АН СССР.