Научное оборудование

Масс-спектрометр MALDI TOF/TOF Ultraflextreme

Метод матрично-активированной лазерной десорбции/ионизации обладает высокой чувствительностью, позволяет работать с гетерогенными образцами. 

1. Определение массы гомогенного негидролизованного белка или пептида с точностью 0,5 – 0,01% Да.
2. Top-down подход: идентификация белков, пробоподготовка включает 2D гели и трипсинолиз в геле
3. Bottom-Up подход: секвенирование последовательности белка de novo
4. Определение посттрансляционных модификаций

MALDI Biotyper

Biotyper предназначен для идентификации микроорганизмов по масс-спектрам белков и пептидов.

1. Идентификация микроорганизмов (в том числе и штамм-специфичная идентификация)
2. Анализ-контроль качества олигонуклеотидов и SNP-генотипирование (на базе пакета GENOLINKTM)
3. Профилирование протеома – исследование профиля биомаркеров и идентифицирование индивидуальных биомаркеров в различных исследованиях клинической протеомики (масс-спектрометр microflex используется в системе CLINPROT? для поиска пептидных и белковых био-маркеров, позволяя проводить автоматизированную пробоподготовку на магнитных частицах и использовать программные средства для анализа данных, визуализации и построения статистических моделей)
4. Технология AnchorChip позволяет получать гомогенные, четко позиционированные на мишени пробы, автоматизировать сбор данных, а также повысить чувствительность до двух порядков

Квадруполь-времяпролётный масс-спектрометр сверхвысокого разрешения с ионизацией электроспреем Maxis Impact

1. Top-down подход: идентификация белков с высокой точностью, пробоподготовка включает 1D гели и трипсинолиз в растворе
2. Полуколичественная протеомика, метод pseudoMRM
3. Метод MudPit – предварительное фракционирование смеси пептидов и последующая идентификация триптических пептидов с помощью масс-спектрометра
4. Количественная протеомика с использованием изотопных меток
5. Определение посттрансляционных модификаций

Гибридная система ВЭЖХ и тройной квадруполь-времяпролетный масс-спектрометр сверхвысокого разрешения с ионизацией электроспреем Q-Trap AB Sciex 6500

Количественный протеомный анализ.

1. Режимы MRM3 – для снижения требований к пробоподготовке и потребности в трудоемких методах хроматографии
2. Полное подтверждение пептидной последовательности и упрощенная разработка методов MRM – для количественного анализа пептидов
3. Уникальный режим сканирования TripleTrap? с возможностью одновременного количественного анализа и библиотечного подтверждения – для анализа загрязнений
4. 100-кратное увеличение чувствительности при сканировании в режиме полного спектра по сравнению с тройными квадруполями – для уверенного подтверждения результатов в судебной токсикологии

Высокоэффективный жидкостной хроматограф Ultimate 3000

1. Определение метаболитов
2. Пробоподготовка для метода MudPit

Система фрагментации ДНК Covaris S220, основанная на ультразвуковом воздействии

1. Получение фрагментов нуклеиновых кислот в диапазоне длин от 150 до 250 bp
2. Подготовки стандартных библиотек для Solid 5500w

Agilent 2100 Bioanalyzer

Электрофоретическое разделение нуклеиновых кислот на микрофлюидном чипе.

1. Анализ полученных библиотек для высокопроизводительного секвенирования
2. Анализ нуклеиновых кислот при низких концентрациях: для ДНК – HighSensitivityDNAKit (от 5 pg), для РНК – RNA 6000 PicoKit (50 pg).
3. возможность определение индекса целостности выделенной РНК (RNA Integrity Number – RIN)

Секвенатор GS Junior (Roshe, Switzerland)

Пиросеквенирование. Параллельное секвенирование до 100 тыс. ридов, длина прочтения 450-500 bp, общий объем получаемой информации с прибора ~ 50 Мb, точность 99,9% на всю длину рида.

1. De novo секвенирование бактериальной хромосомы, вирусов, плазмид, митохондрий
2. Метагеномный анализ (на основе ампликонов16/18S рРНК)

Секвенатор ABI 3730 DNA Analyzer (Life Technologies, USA)

Секвенирование по методу Сэнгера. 48 капилляров, длина прочтения – до 800 bp (в зависимости от длины капилляра), точность 99,9%.

Секвенирование с ампликонов и с векторных конструкций, фрагментный анализ.

1. Установление видовой принадлежности
2. Поиск однонуклеотидных мутаций
3. Анализ гэпов при сборке геномов de novo
4. Установление родства (да/нет)
5. Анализ видового или функционального разнообразия (T-RFLP анализ ампликонов)

Секвенатор Ion Torrent PGM (Life Technologies, USA)

Ионное полупроводниковое секвенирование. Общий объем получаемой информации зависит от чипа (20 Mb, 200 Mb, 1 Gb). Длина прочтения 200-400 bp, точность 98%.

1. Ресеквенирование
2. Анализ ампликонов (кроме 16S рРНК)
3. Картирование генома (анализ библиотек парных фрагментов)
4. Анализ клинически значимых мутаций с использованием наборов Targetseq или Ampliseq
5. Транскриптом бактерий

Секвенатор Ion Proton (Life Technologies, USA)

Новая технология секвенирования ДНК – PostLight, основанная на использовании полупроводниковых микрочипов и природной биохимии, делает высокопроизводительное секвенирование простым, доступным и легко масштабируемым, поскольку не требует для работы дорогостоящих ферментных каскадов, флуоресценции, хемилюминесценции, оптики, лазеров или света.

Общий объем получаемой информации - 10 Gb. Ion Proton? I чип – 165 млн. сенсоров – производительность 2 экзома человека. Ion Proton?II чип – 660 млн. сенсоров – производительность 1 геном человека.

Длина прочтения 200 bp, точность 98%.

1. Секвенирование экзомов
2. Транскриптомный анализ эукариот
3. Секвенирование метагеномов

Секвенатор SOLiD xl 5500 Wildfire (Life Technologies, USA)

Секвенирование лигированием. Объем получаемой информации с одного чипа: 100-120 Gb. Возможность одновременной загрузки двух чипов, длина прочтения 75 bp, точность 99,94%.

1. Метагеномный анализ при наличии референса (shotgun-метагеном кишечника)
2. Экзомный анализ
3. Транскриптомный анализ эукариот
4. Анализ полиморфизмов генов
5. ChIP-Seq (анализ сайтов связывания)
6. Анализ метилирования ДНК

Анализатор для проведения ПЦР-анализа в реальном времени Roche LightCycler 480 II

Система высокопроизводительного ПЦР-анализа c детекцией в режиме реального времени для качественного и количественного определения нуклеиновых кислот, генотипирования, скрининга мутаций и полиморфизмов.

1. Сменные термоблоки для 96- и 384-луночных планшетов
2. Оптическая система содержит 5 каналов возбуждения сигнала и 6 каналов его детекции
3. Возможность мультиплексного анализа (исследования нескольких ДНК- или РНК-мишеней в одном образце)
4. Возможность использования различных форматов ПЦР в реальном времени и различных красителей, таких как: Sybr Green I, ResoLight, HybProbe, TaqMan, SimpleProbe, Molecular Beacons, Scorpions и др.

Секвенатор Illumina NextSeq 500

Секвенирование путем синтеза. Объем получаемой информации - 100-120 Gb. Максимальная длина прочтения - 2х150 bp.

1. Секвенирование геномов de novo и ресеквенирование (1 геном человека в 30х покрытии/запуск)
2. Секвенирование экзома (до 16 экзомов человека в 120х покрытии /запуск)
3. Секвенирование транскриптома (до 20 транскриптомов/запуск)
4. Анализ профилей экспрессии генов (до 40 образцов/запуск)
5. Целевое секвенирование участков генома (до 96 образцов/запуск)
6. Секвенирование РНК
7. Метагеномные исследования
8. Анализ степени метилирования ДНК
9. ChIP-Seq (иммунопреципитация хроматина с последующим секвенированием)

Автоматизированная система для учета и низкотемпературного хранения биологических образцов

Система вмещает до 30000 биологических образцов и предназначена для долгосрочного хранения образцов нуклеиновых кислот, белков, а также плазмы и сыворотки крови.

Система включает в себя 2 морозильных камеры на -80С и 2 камеры для хранения в жидком азоте.

Высокопроизводительный вычислительный кластер

4 узла (головной - 8 ядер, 3 вычислительных - по 24 ядра), 64 Gb оперативной памяти, диск 15 Tb.

Позволяет анализировать данные с высокопроизводительного оборудования, обеспечивая проведение метагеномных, транскриптомных и протеомных исследований

1. Сборка геномов de novo (newbler, SPAdes), оценка качества сборки
2. Скаффолдинг с использованием библиотек парных фрагментов (Sspace)
3. Картирование ридов (bowtie)
4. Поиск вариаций, аннотация снипов (SNPEff)
5. Поиск и аннотация ОRF (NCBI, prokka)
6. Сравнительный, функциональный анализ геномов (pathway tools)
7. Функциональный анализ метагеномов на основе ампликоновых библиотек GSJunior (QIIME), подсчет OTU по БД 16SрРНК Greengenes (бактерии, археи, грибы)
8. Анализ shotgun-метагенома (MG-RAST, IMG/M), сравнительный анализ метагеномов (PCoA, nMDS)
9. Метаболическая реконструкция (KEGG, MetaCyc)