Оборудование

Название прибора

 Опиание

Рабочие методы

MALDI TOF/TOF Ultraflextreme

Метод матрично-активированной лазерной десорбции/ионизации обладает высокой чувствительностью (10-18), позволяет работать с гетерогенными образцами. Тандемный времяпролетный анализатор

1. Определение массы гомогенного негидролизованного белка или пептида с точностью 0,5 – 0,01% Да.
2. Top-down идентификация белков – пробоподготовка включает 2D гели и трипсинолиз в геле
3. Bottom-Up подход. Секвенирование последовательности белка denovo
4. Определение посттрансляционных модификаций

MALDI Biotyper

Матрично-активированная лазерная десорбция/ионизация и времяпролетный анализатор масс. Biotyper предназначен для идентификации микроорганизмов по масс-спектрам белков и пептидов.

1. Идентификация микроорганизмов (в том числе и штамм-специфичная идентификация)
2. Анализ-контроль качества олигонуклеотидов и SNP генотипирование (на базе пакета GENOLINKTM)
3. Профилирование протеома - исследование профиля биомаркеров и идентифицирование индивидуальных биомаркеров в различных исследованиях клинической протеомики (масс-спектрометр microflex используется в системе CLINPROT? для поиска пептидных и белковых био-маркеров, позволяя проводить автоматизированную пробоподготовку на магнитных частицах и использовать программные средства для анализа данных, визуализации и построения статистических моделей).
4. Дополнительные возможности: Технология AnchorChip (позволяет получать гомогенные, четко позиционированные на мишени пробы, автоматизировать сбор данных, а также повысить чувствительность до двух порядков)

Maxis Impact

Гибридная система ВЭЖХ и квадруполь-времяпролётный масс-спектрометр сверхвысокого разрешения с ионизацией электроспреем

1. Top-down подход. Идентификация белков с высокой точностью – пробоподготовка включает 1D гели и трипсинолиз в растворе
2. Полуколичественная протеомика, метод pseudoMRM
3. Метод MudPit – предварительное фракционирование смеси пептидов и последующая идентификация триптических пептидов с помощью масс-спектрометра
4. Количественная протеомика с использованием изотопных меток
5. Определение посттрансляционных модификаций

ВЭЖХ Ultimate

ВЭЖХ система, детектор UV

1. Определение метаболитов
2. Пробоподготовка для метода MudPit

 Covaris S220

Система фрагментации ДНК, основанная на ультразвуковом воздействии

1. Позволяет получать фрагменты нуклеиновых кислот в диапазоне длин от 150 до 250 bp
2. Используется для подготовки стандартных библиотек для Solid 5500w

Agilent 2100 Bioanalyzer

Электрофоретическое разделение нуклеиновых кислот на микрофлюидном чипе. Высокое разрешение и чувствительность, автоматизированный процесс анализа и обсчета данных.

1. Анализ полученных библиотек для высокопроизводительного секвенирования
2. Анализ при низких концентрациях нуклеиновых кислот: для ДНК - HighSensitivityDNAKit (от 5 pg), для РНК - RNA 6000 PicoKit (50 pg).
3. возможность определение индекса целостности выделенной РНК (RNA IntegrityNumber (RIN))

GS Junior (Roshe, Switzerland)

Технология пиросеквенирования, параллельноесеквенирование до 100 тыс. ридов, длина прочтения 450-500 bp. Общий объем получаемой информации с прибора ~50 Мb

Точность 99,9% на всю длину рида

1. de novo секвенирование бактериальной хромосомы, вирусов, плазмид, митохондрий
2. Метагеномный анализ (на основе ампликонов16/18SрРНК)
3. Транскриптом бактерий

SOLiD xl 5500 Wildfire (Life technologies, USA)

Объем информации с одного чипа: 100-120 Gb

Возможность одновременной загрузки двух чипов.

Длина прочтения - 75 bp

Точность 99,94%

1. Метагеномный анализ при наличии референса (shotgun метагеном кишечника)
2. Экзомный анализ
3. Транскриптомный анализ эукариот
4. Анализ полиморфизмов генов
5. ChIP-Seq (анализ сайтов связывания)
6. Анализ метилирования ДНК

Компьютерный кластер

Позволяет анализировать данные с высокопроизводительных секвенаторов, анализ метагеномных, транскриптомных и протеомных исследований

Первичная обработка данных и конвертация  файлов приозводится на серверах самих приборов

1. Сборка геномов de novo(Newbler), оценка качества сборки (Mira)
2. Скаффолдинг с использованием библиотек парных фрагментов (Sspace)
3. Картирование ридов, диаграмма покрытия снипов (Bowtie, Bowtie2 для длинныхридов с GSJunior)
4. Поиск вариаций, аннотация снипов (SNPEff)
5. Поиск и аннотация ОРС (NCBI, Prokka)
6. Сравнительный, функциональный анализ геномов (Pathwaystools)
7. Анализ метагеномов (на основе ампликоновGSJunior) (QIIME) подсчет OTUsпо БД 16SрРНКGreengenes (Silva, RDPClassifier)
8. Функциональный анализ ампликоновых библиотек (QIIME)
9. Анализ шотган метагенома (MG-RAST, IMG/M), сравнительный анализ метагеномов (PCoA)
10. Метаболическая реконструкция (KEGG, MetaCyc, Cytoscape)