Казанский федеральный университет в рамках реализации партнерских соглашений и участия в совместных научно-образовательных проектах сотрудничает со следующими вузами и организациями Японии:
Исследовательский институт RIKEN (стратегическое партнерство)
Национальная организация агробиологических наук (состояния живых организмов)
Университет Джунтендо (фармакогеномика)
Университет Джикей (медицина и биология)
Университет Кумамото (биология старения)
Национальная астрономическая обсерватория Японии (изучение Луны)
Университет Цукубы (студенческая мобильность)
Университет Канадзавы (студенческая мобильность, физика, медицина)