НИР

Научно-исследовательская работа ведется в рамках ОНН КФУ «Исследования медико-биологических систем физическими методами» (29.03.37, 34.17) (соруководители:  проф. А.В.Аганов, проф. В.Д.Скирда) по следующим тематикам

• ЯМР-исследования пространственной структуры пептидов и лекарственных средств и их комплексов с  биомембранами. Белково-клеточные взаимодействия. (В.В. Клочков, А.В. Аганов)
• Функциональная ЯМР томография головного мозга (Ильясов К.А.)
• Исследование физических свойств липидных и протеиновых компонент биомембран (Филиппов А.В., Халиуллина А.В.) совместно с кафедрой физики молекулярных систем
• Ранняя диагностика онкологических заболеваний методами радиоспектроскопии (Скирда В.Д.) совместно с кафедрой физики молекулярных систем
• ЭПР в биологии и медицине (Изучение патологических изменений в тканях человека и животных, а также биорелевантных объектов методом ЭПР) (Ю.А. Челышев, С.Б. Орлинский, М.Р. Гафуров), совместно с кафедрой квантовой электроники и радиоспектроскопии
• Проектирование и разработка специализированных магнитно-резонансных томографов (совместно с КФТИ КазНЦ РАН)
• Ядерная медицина: Персональная дозиметрия и влияние ионизирующего излучения на живые системы (совместно с кафедрой физики твердого тела и РКОД МЗ РТ)
• Нейробиология (совместно с институтом фундаментальной медицины и биологии): Моделирование развития распространяющейся депрессии в коре мозга крысы и влияния её на нормальную спонтанную и вызванную электрическую активность и на эпилептические паттерны (Захаров А.В.);
• Механизмы неонатальных ритмов активности головного мозга (Сучков Д.С.);
  Функциональные изменения головного мозга  в предэпилептический период при аномалиях развития кортикальных структур (Сучков Д.С.).
  

Поддержанные проекты Проекты сотрудников кафедры медицинской физики за последние 5 лет:

• Проект «Качественный и количественный состав нефти и нефтепродуктов по данным современных методов спектроскопии ЯМР» включен в САЕ «Нефть» (2016-2017 г.г.).
• Проект «Конформации и пространственное строение (координаты атомов в формате pdb) лекарственных средств, в том числе и препаратов на протеиновой основе, в растворах и в комплексах с моделями мембраны клетки по данным современных методов спектроскопии ЯМР» включен в САЕ «Биомедицина» (2016-2017 г.г.)
• Проект РНФ № 17-75-10124 "Исследование взаимодействия статинов с модельными клеточными мембранами методами современной ЯМР спектроскопии" (2017-2019 г.г.) - рук. Галиуллина Л.Ф.
• РФФИ № 18-34-00375 мол_а . «Структурный анализ рибосомального связывающего фактора А – RbfA бактерии Staphylococcus aureus» (2018-2019 г.г.) – рук. Блохин Д.С.
• Проект РНФ № 17-74- 20009 «Структурный и функционально-генетический анализ фактора элонгации EF-P и инициаторного комплекса патогенной бактерии Staphylococcus aureus» (2017-2020 г.г.) - рук. Усачев К.С.
• Проект РНФ № 18-73-10088 "Пространственное строение ряда циклоспоринов, циклических пептидов (CsA, CsВ, CsС, CsD, CsЕ, CsG, CsН, CsL), являющихся основой лекарственных средств, в различных растворителях и в комплексах с моделями мембраны клетки по данным спектроскопии ЯМР" (2018 - 2021 г.г.) - рук. Ефимов С.В.
• Грант Президента Российской Федерации для государственной поддержки молодых российских ученых - кандидатов наук (МК-938.2020.4) «Структурный анализ фибрилл-образующих пептидов PAP (85-120) и SEM1 (86-107), участвующих в усилении активности ВИЧ» (2020-2021 г.г.) – рук. Блохин Д.С.
• РНФ 20-73-10034: «Структурные исследования методами спектроскопии ЯМР пептидных фрагментов белков SEM1 и SEM2 и их функциональных комплексов с ионами переходных металлов, образующих семенные амилоидные фибриллы, усиливающие инфекционную активность ВИЧ» (2020г. – н.в.) – рук. Блохин Д.С.
• Грант РФФИ № 19-29-10006 «Количественные подходы обработки данных магнитно-резонансной томографии для повышения чувствительности и информативности метода для задач диагностики» (2019-2022 г.г.) – рук. Ильясов К.А.

Публикации сотрудников кафедры медицинской физики за  2020-21 гг.:

1. Faizullina, A.R. Investigation of the effect of transition metals (MN, CO, GD) on the spatial structure of fibrinopeptide B by NMR spectroscopy / Faizullina, A.R. Blokhin, D.S., Kusova, A.M., Klochkov, V.V. // JOURNAL OF MOLECULAR STRUCTURE. – 2020. – V.1204, – Art. 127484.
2. Maksimov, E.G. NMR resonance assignment and backbone dynamics of a C-terminal domain homolog of orange carotenoid protein / Maksimov, E.G, Laptev, G.Y, Blokhin, D.S, Klochkov, V.V., Slonimskiy, Y.B., Sluchanko, N.N., Friedrich, T., Chang, C.F., Polshakov, V.I. // Biomolecular NMR Assignments. – 2020. – V.15, Is.1. – P.17–23.
3. Bikmullin, A.G. In vitro Reconstitution of the S. aureus 30S Ribosomal Subunit and RbfA Factor Complex for Structural Studies / Bikmullin, A.G, Nurullina, L.I, Garaeva, N.S., Klochkova, E.A, Blokhin, D.S., Golubev, A.A., Validov, Sh. Z., Khusainov, I.Sh., Usachev, K.S, Yusupov, M.M. // Biochemistry. – 2020. – Vol.85, Is.5. – P.545–552.
4. Efimov, S.V. Comparison of cyclosporin variants B–E based on their structural properties and activity in mitochondrial membranes / Efimov, S.V., Dubinin, M.V., Kobchikova, P.P., Zgadzay, Yu.O. Khodov, I.A., Belosludtsev, K.N., Klochkov, V.V. // Biochemical and Biophysical Research Communications. – 2020. – V. 526, .Is. 4. – P.1054–1060.
5. Khodov, I. High-pressure NMR spectroscopy in studies of the conformational composition of small molecules in supercritical carbon dioxide / Khodov, I., Dyshin, A., Efimov, S., Ivlev, D., Kiselev, M. // Journal of Molecular Liquids. – 2020. – V. 309. – Art. 113113.
6. Mariasina, S.S. Williams–Beuren syndrome-related methyltransferase WBSCR27: cofactor binding and cleavage / Mariasina, S.S., Chang, Chi-Fon, Petrova, O.A., Efimov, S.V., Klochkov, V.V., Kechko, O.I., Mitkevich, V.A., Sergiev, P.V., Dontsova, O.A., Polshakov, V.I. // FEBS Journal. – 2020. – DOI 10.1111/febs.15320
7. Rakhmatullin, I. Qualitative and Quantitative Analysis of Heavy Crude Oil Samples and Their SARA Fractions with 13C Nuclear Magnetic Resonance / Rakhmatullin, I., Efimov, S., Tyurin, V., Gafurov, M., Al-Muntaser, A., Varfolomeev, M., Klochkov, V. // Processes. – 2020. – V. 8. – Art. 995.
8. Romanov, R.S. Backbone resonance assignment and dynamics of 110 kDa hexameric inorganic pyrophosphatase from Mycobacterium tuberculosis / Romanov, R.S., Mariasina, S.S., Efimov, S.V. et al. // Biomolecular NMR Assignments. – 2020. – V. 14. – P.281–287.
9. Klochkov, V.V. Diagrams of the lamellar liquid crystal phase in systems based on n-alkyl-poly (ethylene) glycols (C8E5 and C12E5) and n-octanol determined by 1H NMR spectroscopy / Klochkov, V.V., Rakhmatullin, I.Z., Il'yasov, K.A., Klochkov, A.V. // BioNanoScience. – 2020, – V. 10, Is. 3. – P.690–695.
10. Gafurov, M.R. Application of pulsed and high-frequency electron paramagnetic resonance techniques to study petroleum disperse systems / Gafurov, M.R, Ponomarev, A.A, Mamin, G.V. // Georesursy. – 2020. – V.22, Is.4. – P.2–14.
11. Zefirov, A.L. Intracellular Acidification Suppresses Synaptic Vesicle Mobilization in the Motor Nerve Terminals / Zefirov, A.L., Mukhametzyanov, R.D., Zakharov, A.V. // Acta Naturae. – 2020. – V.12, Is.4. – P.105–113.
12. Burkhanova, G. Negative ultraslow potentials during endothelin‐evoked focal ischemia in the rat cerebral cortex / Burkhanova, G., Vinokurova, D., Chernova, K., Zakharov, A., Khazipov, R. // European Journal of Clinical Investigation. Special Issue: ESCI Virtual Meeting 2020 – COVID Edition – 2020. – V50. – P.64.
13. Golubev, A. NMR and crystallographic structural studies of the Elongation factor P from Staphylococcus aureus / Golubev, A., Fatkhullin, B., Gabdulkhakov, A. // European Biophysics Journal. – 2020. – Vol. 49. – P.223–230.
14. Guseva, G.B. Meso-substituted-BODIPY based fluorescent biomarker: Spectral characteristics, photostability and possibilities for practical application / Guseva, G.B., Antina, E.V., Berezin, M.B. //Journal of Photochemistry and Photobiology A: Chemistry. – 2020. – V.401 – Art. 112783.
15. Nikitina, L.E. Structural details on the interaction of biologically active sulfur-containing monoterpenoids with lipid membranes / Nikitina, L.E., Pavelyev, R.S., Startseva, V.A., Kiselev, S.V., Galiullina, L.F., Aganova, O.V., Timerova, A.F., Boichuk, S.V., Azizova, Z.R., Klochkov, V.V., Huster, D., Khodov, I.A., Scheidt, H.A. // J. Mol. Liq. – 2020. – V 301. – 112366.
16. Шарафутдинов, Б.М. Влияние лучевой нагрузки на овариальный резерв яичников после эмболизации маточных артерий / Шарафутдинов, Б.М., Антропова, Е.Ю., Рыжкин, С.А. и др. // Вопросы гинекологии, акушерства и перинатологии. – 2020. – Т.19, №3. – С.22–29.
17. Охрименко, С.Е. Дозы облучения хрусталика глаза у медицинского персонала, работающего в условиях воздействия гамма - и рентгеновского излучения / Охрименко, С.Е., Рыжкин, С.А., Акопова, Н.А., Алехнович, А.В. // Медицинская физика. – 2020. – Т.1, № 85. – С. 44–45.
18. Shurshalova, G.S. Interaction of Lovastatin with Model Membranes by NMR Data and from MD Simulations / Shurshalova, G.S., Yulmetov, A.R., Sharapova, D.A., Aganov, A.V., Klochkov, V.V. // BioNanoScience. – 2020. – V.10, Is.2. – P.493–501.
19. Zarif, F.A. Effect of micelles and reverse micelles on nonlinear optical properties of potassium dichromate and Staphylococcus aureus treatment / Zarif, F.A., Sharifi, S., Shurshalova, G.S., Rakhmatullin, I.Z., Klochkov, V.V., Aganov, A.V., Behrouz, M, Sharifmoghadam, M.R., Mahdizadeh, S., Nezhad, M.K. // Optical Materials. – 2020. – V.106. – Art. 109925.
20. Zueva, O.S. Reciprocal effects of multi-walled carbon nanotubes and oppositely charged surfactants in bulk water and at interfaces / Zueva, O.S., Kusova, A.M., Makarova, A.O., Turanov, A.N., Iskhakovan, A. Salnikov, V.V., Zuev, Y.F. // Colloids and Surfaces A V. – 2020. – V.603. – Art. 125296. DOI: 10.1016/j.colsurfa.
21. Al-Muntaser, A.A. Hydrothermal upgrading of heavy oil in the presence of water at sub-critical, near-critical and supercritical conditions / Al-Muntaser, A.A., Varfolomeev, M.A., Suwaid, M.A., Yuan, C., Chemodanov, A.E., Feoktistov, D.A., Rakhmatullin, I.Z. , Abbas, M., Domínguez-Álvarez, E., Akhmadiyarov, A.A., Klochkov, V.V., Amerkhanov, M.I. // Journal of Petroleum Science and Engineering, – 2020. – V.184. – Art. 106592.
22. Mukhamatdinov, I.I. Influence of Co-based catalyst on subfractional composition of heavy oil asphaltenes during aquathermolysis / Mukhamatdinov, I.I., Salih, I.Sh.S., Rakhmatullin, I.Z., Sitnov, S.A., Laikov, A.V., Klochkov, V.V., Vakhin, A.V. // Journal of Petroleum Science and Engineering. – 2020. – V.186. – Art. 106721.
23. Suwaid, M.A. In-situ catalytic upgrading of heavy oil using oil-soluble transition metal-based catalysts / Suwaid, M.A, Varfolomeev, M.A, Al-muntaser, A.A, Yuan, C., Starshinova, V.L., Zinnatullin, A.L., Vagizov, F.G., Rakhmatullin, I.Z., Emelianov, D.A., Chemodanov, A.E. // Fuel. – 2020. – V. 281. – Art. 118753.
24. Shaikhullina, M. NMR relaxation and self-diffusion in aqueous micellar gels of pluronic F-127 / Shaikhullina, M., Khaliullina, A., Gimatdinov, R. //Journal of Molecular Liquids. – 2020. – V.306. – Art. 112898.
25. Sanchugova, D. The Structure of Fibril-Forming SEM1(86-107) Peptide Increasing the HIV Infectivity / Sanchugova, D., Kusova, A., Bikmullin, A., Blokhin, D., Klochkov, V. // BioNanoScience. – 2021. – V. 11. – P.182–188.
26. Ishkaeva, R.A. Dithiophosphate-induced redox conversions of reduced and oxidized glutathione / Ishkaeva, R.A., Nizamov, I.S., Blokhin, D.S., Urakova, E.A., Klochkov, V.V, Nizamov, B.I. Gareev, I.D., Salakhieva, D.V., Abdullin, T.I. // Molecules. – 2021. – V. 26, Is. 10. – P.2973.
27. Klochkov, V.V. Phase diagrams of new lamellar liquid crystalline systems based on 2H NMR spectroscopy data / Klochkov, V.V, Rakhmatullin, I.Z, Efimov, S.V. // Mendeleev Communications. – 2021. – V.31, Is.1. – P.135–136.
28. Khodov, I. Exposing Hidden Conformations of Carbamazepine Appearing Due to Interaction With the Solid Phase by 2D 1H-15N HMBC NMR Spectroscopy / Khodov, I., Efimov, S., Krestyaninov, M. // Journal of Pharmaceutical Sciences. – 2021. – V. 110. – P.1533–1539.
29. Guseva, G.B. Design, Spectral Characteristics, and Possibilities for Practical Application of BODIPY FL-Labeled Monoterpenoid / Guseva, G.B, Antina, E.V, Berezin, M.B. //ACS Applied Bio Materials. – 2021. – V.4, Is.8. – P.6227–6235.
30. Kobchikova, P.P. Features of spatial structures of cyclosporins D, E and G revealed by NMR and MD simulations / Kobchikova, P.P., Efimov, S.V., Khodov, I.A. //Journal of Molecular Liquids. – 2021. – V.336. – Art. 116244.
31. Коноплева, Л.В. Оценка достоверности обнаружения изменений толщины кортикального слоя головного мозга человека по данным магнитно-резонансной томографии / Коноплева, Л.В., Аль-Итхави, Б.А., Ильясов, К.А. // REJR. – 2021. – V. 11, Is. 2. – P.90–105. DOI: 10.21569/2222-7415-2021-11- 2-90-104.
32. Goldberg, M.A. Mesoporous iron(Iii)-doped hydroxyapatite nanopowders obtained via iron oxalate / Goldberg, M.A., Gafurov, M.R., Murzakhanov, F.F. // Nanomaterials. – 2021. – V.11, Is.3. – P.1–21.
33. Gafurov, M. R. Modernization of the X-band EPR spectrometer Bruker ElexSys E580 for dynamic nuclear polarization / Gafurov, M.R., Mamin, G.V. // MAGNETIC RESONANCE IN SOLIDS. – 2021. – V.23, Is.2. – Art. 21202.
34. Gizatullin, B. Molecular Dynamics and Proton Hyperpolarization via Synthetic and Crude Oil Porphyrin Complexes in Solid and Solution States / Gizatullin, B., Gafurov, M., Murzakhanov, F. // Langmuir : the ACS journal of surfaces and colloids. – 2021. – V.37, Is.22. – P.6783–6791.
35. Shurtakova, D.V. Using DFT to calculate the parameters of the crystal field in Mn2+ doped hydroxyapatite crystals / Shurtakova, D.V., Grishin, P.O., Gafurov, M.R. // Crystals. – 2021. – V.11, Is.9. – Art. 1050.
36. Burkhanova, G. The ontogeny of spreading depression during flurothyl-induced seizures / Burkhanova, G., Chernova, K., Zakharov, A. // EUROPEAN JOURNAL OF CLINICAL INVESTIGATION. – 2021. – V.51. – P.153-153.
37. Shtyrlin, N.V. Isonicotinoyl hydrazones of pyridoxine derivatives: synthesis and antimycobacterial activity / Shtyrlin, N.V, Khaziev, R.M, Shtyrlin, V.G, Gilyazetdinov, E.M., Agafonova, M.N., Usachev, K.S., Islamov, D.R., Klimovitskii, A.E., Vinogradova, T.I., Dogonadze, M.Z., Zabolotnykh, N.V., Sokolovich, E.G., Yablonskiy, P.K., Shtyrlin, Y.G. // Medicinal Chemistry Research. – 2021. – V. 30, Is. 4. – P.952–963.
38. Tarasov, A.S. The Affect of Gadolinium Ion on Micelles and Reverse Micelles by NMR Spectroscopy / Tarasov, A.S., Rakhmatullin, I.Z., Shurshalova, G.S. // BioNanoScience. – 2021. – V.11. – P.136–141.
39. Klochkov, V.V. Phase diagrams of new lamellar liquid crystalline systems based on 2H NMR spectroscopy data / Klochkov, V.V., Rakhmatullin, I.Z., Efimov, S.V. // Mendeleev Communications. – 2021. – V.31, Is.1. – P.135–136.