Музей-лаборатория Е.К.Завойского был открыт в сентябре 1997г. Именно здесь, в комнате №246 главного здания Казанского государственного университета, в 1944г Евгений Константинович впервые в мире наблюдал сигналы магнитного спинового резонанса. Идея воссоздания установки ученого для наблюдения эффекта поглощения радиочастотного поля в веществе (при условии перпендикулярности радиочастотного поля магнитному) нашла полное одобрение и понимание у члена-корреспондента АН СССР, заведующего кафедрой магнитной радиоспектроскопии, С.А.Альтшулера и в дальнейшем трансформировалась в идею создания музея-лаборатории.

Открытию музея предшествовала большая подготовительная работа: в течение 15 лет непрерывно велись поиски в библиотеках, архивах и музеях, научно-исследовательских институтах, университетах Казани и Москвы, в частности - в фондах КГУ, КФАН, института физических проблем им.П.Л.Капицы, Академии наук СССР, МГУ, семьи Завойских и в Национальном архиве Республики Татарстан.

Были собраны воспоминания коллег и современников Е.К.Завойского, профессоров Казанского государственного университета, среди которых - С.А.Альтшулер и Б.М.Козырев. Особое место занимают рассказы родственников - дочери Евгения Константиновича Натальи и брата Вячеслава. Поиск подлинных приборов, на которых работал Евгений Константинович, велся в КГУ, авиационном, медицинском, педагогическом, сельскохозяйственном, ветеринарном институтах, школе N131 города Казани, на заводе N16, а также среди частных лиц.

К 50-летию открытия ЭПР в Казанском государственном университете была подготовлена большая выставка физических приборов XIX - начала XX вв, среди которых была и действующая установка по магнитному резонансу, описанная в лабораторных тетрадях Е.К.Завойского.

Представленные материалы вызвали большой интерес у участников международного конгресса "AMPERE", проходившего в Казани в 1994г. Лауреат Нобелевской премии, профессор Хан был изумлен увиденной коллекцией приборов - такую редко увидишь и на Западе. Ученая общественность предложила создать музей-лабораторию Е.К.Завойского в КГУ. В поддержку этого решения высказались ученые России, Америки, Англии, Германии, Франции, Японии и других стран, о чем свидетельствуют подписные листы, бережно хранящиеся в музее.

Однако только через 4 года было вынесено решение о передаче под музей аудитории №246 главного здания КГУ, в которой и был открыт ЭПР.

Сотрудникам нового музея предстояло воссоздать интерьер лаборатории 1930-40гг - восстановить старый дубовый паркетный пол, окна, двери, стены, потолок, светильники типа "Лютеци", лабораторное оборудование (физические приборы XIX-го и начала XX-го веков, в том числе и те, на которых работал Е.К.Завойский), а также продолжить формирование личного архива Евгения Константиновича и его научной библиотеки.

Спонсорскую поддержку новому музею оказали крупнейшие приборостроительные фирмы "Брукер" (ФРГ) и "Вариан" (США).