- Институт фундаментальной медицины и биологии
- Институт экологии и природопользования
- Институт геологии и нефтегазовых технологий
- Институт международных отношений
- Институт математики и механики им. Н.И. Лобачевского
- Институт физики
- Химический институт им. А.М. Бутлерова
- Юридический факультет
- Институт вычислительной математики и информационных технологий
- Институт филологии и межкультурной коммуникации
- Институт информационных технологий и интеллектуальных систем
- Институт социально-философских наук и массовых коммуникаций
- Институт управления, экономики и финансов
- Инженерный институт
- Институт психологии и образования
- Набережночелнинский институт КФУ
- Елабужский институт КФУ