• Афонина В. А. Предсказание оптимальных условий реакций с помощью условного вариационного автоэнкодера / В.А. Афонина, Д. А. Мазитов, Т. И. Маджидов // ХХII Менделеевский съезд по общей и прикладной химии, 7-12 октября, 2024, Федеральная территория «Сириус», Россия. Сборник тезисов докладов в 7 томах. Том 1. — М.: ООО «Адмирал Принт», 2024. - С. 77.
• Поиск биологически активных молекул в химическом пространстве, сгенерированном при помощи реакций Сузуки и Бухвальда-Хартвига / Гимазова А.Р., Хакимова А.А., Афонина В.А., Гимадиев Т.Р. // Международный форум KAZAN DIGITAL WEEK – 2024: сборник материалов / Сост.: Р.Ш. Ахмадиева, Р.Н. Минниханов; Под общей ред. президента Академии наук Республики Татарстан, д-ра техн. наук, проф. Р.Н. Минниханова. – Казань: ОСП «НЦБЖД АН РТ», 2024. – Ч. 1. -С. 213-221

• Afonina V.A, Mazitov D.A, Nurmukhametova A, Prediction of optimal conditions of hydrogenation reaction using the likelihood ranking approach//International Journal of Molecular Sciences. - 2022. - Vol.23, Is.1. - Art. №248.
• Lin A, Dyubankova N, Madzhidov T.I, Atom-to-atom Mapping: A Benchmarking Study of Popular Mapping Algorithms and Consensus Strategies//Molecular Informatics. - 2022. - Vol. 41, Is.4. - Art.No2100138.

• Madzhidov T.I, Rakhimbekova A, Afonina V.A, Machine learning modelling of chemical reaction characteristics: yesterday, today, tomorrow//Mendeleev Communications. - 2021. - Vol.31, Is.6. - P.769-780.
• Gimadiev Timur R., Lin Arkadii, Afonina Valentina A., Reaction Data Curation I: Chemical Structures and Transformations Standardization/Molecular Informatics. - 2021. - Vol.40, Is.12. - Art. №2100119.

• Madzhidov T.I. Deep conditional variational autoencoder for reaction conditions prediction / T.I.Madzhidov, D.A. Mazitov, V.A. Afonina, T.N. Akhmetshin, J.D. Skibina, A.I. Lin, R.I. Nugmanov, A. Varnek // 3rd RSC-BMCS/RSC-CICAG Artificial Intelligence in Chemistry. - London, 2020. - P. 55.
  thesis.pdf

• Афонина, В.А. Предсказание оптимальных условий проведения реакций каталитического гидрирования с использованием искусственных нейронных сетей / Д.А. Мухаметзянова, А.С. Делова, Р.И. Нугманов, Т.И. Маджидов, А.А. Варнек // Сборник материалов XXVI Российского национального конгресса “Человек и лекарство 2019.” Тезисы докладов. – Москва, 2019. – С. 98.
• Nugmanov R.I, Mukhametgaleev R.N, Akhmetshin T, CGRtools: Python Library for Molecule, Reaction, and Condensed Graph of Reaction Processing//Journal of Chemical Information and Modeling. - 2019. - Vol. 59, Is. 6. - 2516-2521.
• Nugmanov, R.I. TOOLCHAIN FOR REACTIONS PROCESSING, MODELING AND STORAGE / Nugmanov R.I., Fatykhova A.A., Mukhametgaleev R.N., Rakhimbekova A., Akhmetshin T.N., Gimadiev T.R., Batyrshyn D.S., Afonina V.A., Madzhidov T.I., Varnek A. // ХХI Mendeleev Congress on General and Applied Chemistry.- 2019.- P 71.
• Хемоинформатика
• Afonina, V.A. Extended Interactive Greene's Reactivity Charts / V.A. Afonina, S.I. Musaeva, R.I. Nugmanov, T.I. Madzhidov, A. Varnek // XI International Conference on Chemistry for Young Scientists “Mendeleev 2019”: Book of abstracts. – Saint Petersburg, 2019. – P. 382.

• Afonina, V.A. Reaction conditions prediction by artificial neural networks / V.A. Afonina, A. Delova, R.I. Nugmanov, T.I. Madzhidov, O. Klimchuk, A. Varnek // Third International School-Seminar «From Empirical to Predictive Chemistry« (Kazan, 5-7 April 2018): book of abstracts. - Kazan: Kazan Federal University, 2018. - P. 31.
• Fatykhova A. Automated system for searching reactions, reaction centers and analysis of protective groups using CGR-DB cartridge / A. Fatykhova, R. Nugmanov, R. Mukhametgaleev, S. Musaeva, V. Afonina, T. Madzhidov, A. Varnek //In search of models for personalized medicine. Abstracts volume of V International conference “POSTGENOME'2018” (October 29 - November 2, 2018) - Kazan: KFU publishing office. 2018. - P. 319. (poster presentation)
  abstract.pdf
• Хайруллина, А.И. Подход для создания атом-атомного отображения с использованием наивного Байесовского классификатора / А. И. Хайруллина, Т.И. Маджидов, Р.И. Нугманов, В.А. Афонина, И.И. Баскин, А.А. Варнек // Ученые записки Казанского университета. Серия: Естественные науки. - 2018. - Т. 160, кн. 2. - С. 200–213.
• Lin A, Horvath D, Afonina V, Mapping of the Available Chemical Space versus the Chemical Universe of Lead-Like Compounds//ChemMedChem. - 2018. - Vol. 13, Is. 6. - P. 540-554.

• Afonina, V.A. Automatic system for prediction of optimal condition for hydrogenation reactions / V. Afonina, A. Lin, T. Madzhidov, R. Nugmanov, I. Antipin, O. Klimchuk, A. Varnek // 3rd Kazan Summer School on Chemoinformatics (5–7 July 2017, Kazan). – Kazan: Kazan Federal University, 2017. - P. 38.

• Afonina, V.A. Mapping of the Chemical Universe vs Available Chemical Space of Lead-Like Compounds / V.A. Afonina, D. Horvath, A. Varnek // XX Mendeleev Congress on general and applied chemistry. Five-volumes book. Vol.5: abstracts. - Ekaterinburg: Ural Branch of the Russian Academy of Sciences, 2016. - P.126.
• Afonina V.A. Mapping of the Chemical Uni-verse versus Available Chemical Space of Lead-Like Compounds / V.A. Afonina, D. Horvath, A. Varnek // 5th Chemoinformatics Strasbourg Summer School: Strasbourg, 27 June - 1 July 2016. – P. 77.

• Афонина В.А. Методы химической модификации хитина// «Научному прогрессу - творчество молодых»: Материалы IX международной молодежной научной конференции по естественнонаучным и техническим дисциплинам. Йошкар-Ола, 18-19 апреля 2014 г. – Ч.1. – Йошкар-Ола: ПГТУ, 2014. – С. 144-145.

• Афонина В.А., Антропологические исследования материалов погребений древнемордовского Усть-Узинского 2 могильника в Верхнем Посурье // Вестник НИИ гуманитарных наук при Правительстве Республики Мордовия. – Саранск: Научно-исследовательский институт гуманитарных наук при Правительстве Республики Мордовия, 2013. – №4. – С. 107-115.

• Афонина В.А., Пузаткина Е.А. Одонтологическая характеристика населения Среднего Поволжья по материалам марийских могильников // «Актуальные проблемы экологии, биологии и химии»: Материалы конференции по итогам НИР биолого-химического факультета за 2011 год. – Йошкар-Ола: МарГУ, 2012. – С. 105-108.
• Афонина В.А., Пузаткина Е.А. Антропологическая характеристика населения Среднего Поволжья по одонтологическим материалам могильников, расположенных на территории Республики Марий Эл // «Студенческая наука и XXI век»: Материалы научно-практической конференции студентов по итогам научно-исследовательской работы за 2011 год. – Йошкар-Ола: МарГУ, 2012. – С. 35-40.

• Афонина В.А., Пузаткина Е.А. К вопросу об одонтологических исследованиях в биоархеологических реконструкциях//:«Актуальные проблемы экологии, биологии и химии»: Материалы конференции по итогам НИР биолого-химического факультета за 2010 год. – Йошкар-Ола: МарГУ, 2011. – С. 171-179.