Экспозиция

Сегодня музей состоит из восьми залов, расположенных по фасаду второго этажа восточного крыла главного здания университета. Коллекция музея включает экспонаты из двадцати трёх типов животных. Его фонды насчитывают 3,5 тысячи единиц хранения позвоночных, 750 единиц хранения насекомых (30-40 тысяч экземпляров), 4 тысячи экземпляров и единиц хранения других беспозвоночных.

Около 1,4 тысячи экспонатов признаны специалистами особо ценными. В их числе коллекция бабочек парнассиусов с территории бывшего СССР, вестиментифера с тихоокеанского хребта Хуан-де-Фука, реликтовая гаттерия, летающий дракон с острова Ява, малайский аист-клювач, краснозобая казарка, чёрный гриф, стерх, синегорлый попугай и, наконец, гордость и символ музея - южноафриканская зебра квагга (Equus quagga), полностью истреблённая человеком, видимо, в 1878 году, а к 1883 году исчезнувшая в зоопарках. В настоящее время в мире сохранились лишь девять чучел, единственное из них в России - в зоологическом музее Казанского университета.

В фондах музея хранятся голотипы (экземпляры, по которым впервые был описан данный вид животного) двадцати видов плоских червей - турбеллярий и десяти видов рыб.
При создании экспозиции музея она была расположена в систематическом порядке - начинаясь витриной простейших и заканчиваясь шкафами с приматами. Это придавало экспозиции особую наглядность, позволяя посетителям проследить основные вехи развития жизни на Земле и ознакомиться с самыми разными представителями современного животного царства. Сегодня расположение некоторых групп животных в витринах не совсем соответствует современным представлениям об их месте в систематической классификации, однако было решено не менять порядок экспозиции, сохранив её основу в первозданном виде.