Из аудитории посетители музея через застеклённую дверь попадают в библиотеку. В красивых старинных шкафах здесь хранится химическая литература, изданная в XIX веке, начиная с 1823 года - журналы, книги на немецком и французском языках.

Первый химический журнал на русском языке начал издаваться в 1869 году в Санкт-Петербурге при непосредственном участии Зинина и Бутлерова -- это журнал Русского физико-химического общества. Все номера журнала с первого номера и по сегодняшний день хранятся в библиотеке. Собрание всех важнейших химических журналов приобреталось на личные средства А.М.Зайцева. Выполняя волю покойного, его жена и сын передали эту ценнейшую коллекцию в дар лаборатории.

Книги библиотеки - не застывшие музейные экспонаты. Они живут и продолжают служить науке. Библиотека постоянно пополняется новой научной литературой. В дар музею переданы книги и диссертации, принадлежавшие видным казанским химикам, а также красочные папки юбилейных адресов, преподнесенных А.Е. и Б.А. Арбузовым, и полное собрание их научных трудов. Оттиски статей в кожаных переплетах составили девять томов работ Александра Ерминингельдовича и четырнадцать томов - Бориса Александровича.

Здесь же книги из личного собрания Ю.А.Арбузова - одного из представителей династии Арбузовых, выпускника Казанского университета, работавшего на кафедре органической химии Московского университета.

Между книжными шкафами - старинные настенные часы, приобретённые для лаборатории Клаусом. В библиотеке хранятся уникальные экспонаты, связанные с именем А.Е.Арбузова.

Ученик А.М.Зайцева, выпускник Казанского университета 1900г, А.Е.Арбузов с 1911 по 1938 год возглавлял кафедру органической химии. Оказавшись после окончания университета в 1900 году вдали от сложившихся научных центров России - в польском городе Ново-Александрии, он самостоятельно выбрал новое направление исследований - химию фосфорорганических соединений.

Открытая Александром Ерминингельдовичем знаменитая реакция превращения эфиров фосфористой кислоты в эфиры фосфоновой кислоты (реакция Арбузова) стала универсальным методом синтеза различных классов фосфорорганических соединений.

На полке над застекленной дверью цилиндры, колбы с фенолом, салициловой кислотой, аспирином. С началом войны прекратился импорт в Россию из Германии ценных и необходимых препаратов - фенола (для приготовления карболки) и аспирина. И тогда профессор А.Е.Арбузов с сотрудниками в старой химической лаборатории разработали метод для синтеза фенола и аспирина на местном сырье. Их производство было налажено на мыловаренном и свечном заводах братьев Крестовниковых.

При организации технологического процесса салицилового производства А.Е.Арбузов выработал методы и схемы, которые отличались особой оригинальностью. Более того, им были разработаны новые типы аппаратов для тонкой химической технологии. Как в создании конструкций всех аппаратов завода, так и в их монтаже Александр Ерминингельдович принимал личное участие.

По заключению медиков, казанский аспирин не уступал аспирину знаменитой немецкой фирмы "Байер". В музее можно видеть также две картонные коробочки, в которых аспирин продавался в аптеках Казани. Эскизы для этих упаковок на пятьсот и двадцать граммов были сделаны самим А.Е.Арбузовым, обладавшим художественным даром. Кроме того, Александр Ерминингельдович разработал рекламное извещение о продукции завода.