Подготовил 14 кандидатов исторических наук, защитивших диссертационные работы по институциональной, социальной и культурной истории России. Как многогранный исследователь он внес значительный вклад в развитие гуманитарной науки в Республике Татарстан, в изучение памятников духовной и материальной культуры татарского народа, объектов Всемирного культурного наследия в Российской Федерации, социальной структуры татарского общества второй половины XVIII – начала XX в., истории национального предпринимательства и мусульманского духовенства, экономической истории региона, а также исторической и современной территориальной геральдики, региональной истории Республики Татарстан, истории развития российского магистерского образования.Р.Р. Хайрутдинов организатор и активный участник взаимодействия по проблемам изучения и сохранения объектов культурного наследия Республики Татарстан с экспертами и руководителями ИКОМОС, ИККРОМ, Центра Всемирного культурного и природного наследия ЮНЕСКО, членами Комитета Всемирного наследия ЮНЕСКО, экспертами стран-членов Комитета Всемирного культурного и природного наследия ЮНЕСКО, автор и разработчик научно-методических и практических принципов консервации и реставрации архитектурно-археологических объектов Северной Евразии, музеефикации объектов археологии, истории, архитектуры, фресковой живописи, их научного изучения и популяризации.