Руководитель – А.Ф. Иоффе.
Институт располагался в западном крыле главного здания КФУ. Лаборатории – в Этнографическом музее и Ленинской аудитории. Ленинская аудитория была разгорожена фанерными щитами: там расположилось несколько лабораторий, в частности лаборатории А.П. Александрова и с 1942 г. – лаборатория П.И. Лукирского. Во второй комнате – этнографическом музее университета – роль перегородок частично выполняли шкафы с экспонатами. Здесь разместилась группа А.А. Харкевича. В этой же комнате два закутка были отдаты теоретикам: в одном расположились сотрудники Я.И. Френкеля: Б.И. Давыдов, Т.А. Конторов, Ю.Н. Образцов и аспиранты, а в другом, в котором едва помещался письменный стол, работал он сам.
Одним из самых крупных достижений Ленинградского физико-технического института явилась работа по защите боевых кораблей от магнитных мин и торпед. Известно, что ни один корабль, снабженный системой противоминной защиты, не подорвался на вражеской мине. Инициаторами этой работы были А.П. Александров и Б.А. Гаев, а наиболее активными участниками внедрения этого метода – И.В. Курчатов, П.Г. Степанов, В.Р. Регель и В.М. Тучкевич, работавшие на разных флотах. В 1942 г. за эти работы ученые были удостоены Сталинской премии первой степени.
Один из крупных отделов Ленинградского физико-технического института изучал электрические и тепловые свойства полупроводников. Его исследования использовались в изготовлении «партизанского котелка» - термоэлектрического генератора, который предназначался для питания радиостанций в партизанских отрядах и разведывательных группах.
По предложению Л.А. Арцимовича одна из лабораторий Физико-технического института им. А.Ф. Иоффе переключается на разработку приборов ночного видения. В качестве первого из них был предложен электронно-оптический преобразователь с сурьмяно-цезиевым катодом, создание которого началось еще в Ленинграде. После эвакуации ЛФТИ в Казань сотрудники лаборатории приступили к работам по многокаскадным электронно-оптическим преобразователям.
В Бутлеровском корпусе университета разместились лаборатории металоорганических соединений, гетероциклических соединений, кинетики контактных реакций, виниловых эфиров, непредельных соединений (частично) и лаборатории микроанализа. Напротив Бутлеровского корпуса разместилась лаборатория каталитического синтеза и пирогенных процессов. Часть лабораторий разместилась в здании химико-технического института.