Развитие Сетевого университета предусматривает формирование Программы развития Сетевого университета с определением приоритетных задач на каждом этапе:
Первый этап (2025-2026 гг.) предусматривает подписание соглашения о формировании консорциума в рамках деятельности Сетевого университета, определение его основных участников, определение приоритетных направлений в сфере образования, порядка и источников финансирования по направлениям деятельности, создание нормативных, правовых и организационносодержательных основ Сетевого университета, формирование координирующих органов Сетевого университета, создание информационного ресурса Сетевого университета, аудит материально-технического и научно-методического обеспечения опорных университетов, формирование перечня лабораторий и научного оборудования, составляющих научно-экспериментальную и лабораторную базу Сетевого университета, формирование заявок по ее доукомплектованию, в том числе за счет средств Союзного государства;
Второй этап (2026-2027 гг.) предусматривает выработку принципов совместной реализации образовательных программ и распределённых научных исследований по приоритетным областям знаний; совместную реализацию ряда образовательных программ по приоритетным направлениям в сфере образования в качестве пилотных проектов; начало реализации пилотных программ академической мобильности, летних и зимних школ, студенческой олимпиады и конкурса стартапов, проведение форума Сетевого университета; создание общей базы данных и информационных ресурсов за счет средств Союзного государства;
Третий этап (2028-2029 гг.) предусматривает расширение приоритетных апробированных направлений, включая запуск совместной реализации образовательных программ дополнительного профессионального образования взрослых (переподготовка, повышение квалификации, стажировка), регулярных летних и зимних школ; расширение академической мобильности; создание научных лабораторий и центров;
Четвертый этап (с 2030 г.) предусматривает полномасштабную реализацию образовательных программ и научных проектов по приоритетным областям знаний и направлениям Сетевого университета.