Казанский университет занимал особое место среди вузов и научных учреждений Республики Татарстан как крупнейший научный центр Поволжья.
В 1940-1941 учебном году в университете было 33 кафедры, 24 кабинета, 15 лабораторий, 2 обсерватории, биологическая станция, два научно-исследовательский института, научная библиотека. Подготовка специалистов велась на 6 факультетах: биологическом, географическом, геолого-почвенном, физико-математическом, химическом, историко-филологическом.
После начала Великой Отечественной войны четко и организованно осуществлялась мобилизация преподавателей, аспирантов, студентов и сотрудников университета в армию. Так, из 1198 комсомольцев, состоявших на 1 июня 1941 г. на комсомольском учете, к 1 октября 1941 г. осталось немногим 600 человек. К 1 декабря 1941 г. количественный состав партийной организации университета уменьшился наполовину, а число ее членов составило 49 человек. Мобилизация продолжалась, в феврале 1941 г. в ряды Красной Армии ушли 189 студентов, в том числе с биофака – 7, географака – 32, геофака – 19, истфилфака – 24, физмата – 91, химфака – 16. Уже к 1942 г. на занятиях 3-4 курсов некоторых факультетов могло присутствовать 1-2 студента. К 1943 г. в университете обучалось в 3 раза меньше студентов, чем в 1941 г. (1280 чел. и 406 чел. соответственно). К тому же в конце октября 1941 г. весь оставшийся коллектив университета почти в полном составе был мобилизован на строительство Волжского оборонительного рубежа. К июлю 1945 г. численность студентов КГУ составляла 783 чел.
Преподавательский состав КГУ изменился. В 1940-1941 уч. году –171 чел. (из них 92 чел. – преподаватели и ассистенты), в 1944-1945 уч.году – 130 чел. (из них 58 чел. - преподаватели и ассистенты). Вопрос о замене уходивших на фронт преподавателей решался путем привлечения к педагогической работе ученых эвакуированных в Казань институтов и учреждений АН СССР, поэтому качественный состав преподавателей университета на протяжении всей войны оставался высоким.
Университетские ученые, а также эвакуированные сотрудники АН СССР, направили все свои усилия на военные нужды, темы исследований были соответственно скорректированы. Так казанскими геологами Л.М. Миропольским, Е.И. Тихвинской, В.А. Чердынцевым и др. была решена проблема резервной сырьевой базы, в Татарстане была обнаружена, а с августа 1943 г. начала добываться промышленная нефть. Исключительно важное место в работе геологов заняли поиски стройматериалов и источников водоснабжения в пределах оборонительного рубежа. Сотрудники кафедр математики и механики изучали вопросы теории миномета, лобового сопротивления самолета и турбулентности. Н.Г. Чеботарев с учениками разрабатывал проблему Гурвица, тесно связанную с вопросом теории подъемной силы и сопротивления самолета. Выдающимся событием в мировой науке стало открытие доцентом физического факультета Казанского университета Е.К. Завойским явления электронного парамагнитного резонанса в 1944 г.
Химики Казанского университета активно сотрудничали с военным производством, консультировали по ряду вопросов технического характера, принимали участие в организации производства сульфамидных препаратов, медицинского эфира и глюкозы для госпиталей. Под руководством А.Ф. Богоявленского группа ученых занималась изготовлением зажигательной смеси, которая использовалась в качестве противотанкового средства. А.Е. Арбузовым был разработан специальный препарат – диаминофталимид, необходимый для изготовления военных оптических приборов.
Биологами была совершена масштабная экспедиция в пойменные районы Татарстана, с целью обнаружения сырья для создания концентратов витамина C. Н.А. Ливановым, завершившим в годы войны фундаментальный труд «Пути эволюции животного мира», была разработана технология производства пищевых белков и витаминов из моллюсков. Эта продукция с успехом использовалась в госпиталях Татарстана. На биологическом же факультете успешно изучали действие некоторых полимеров при заживлении кожных ран. Война ускорила развитие хирургии. Эта область медицинской науки разрабатывалась профессорами С.Р. Миротворцевым, A.B. Вишневским, С.П. Шиловцевым. В госпиталях применялся метод местного обезболивания, созданный А.В. Вишневским. На историко-филологическом факультете изучали борьбу народов России за свободу и независимость. Всего за время войны в Казанском университете было выполнено около 300 научных работ.
Казанская группа учреждений Академии наук СССР была создана в мае 1942 г. на базе эвакуированных учреждений АН СССР. В июле 1941 г. по решению эвакуационного совета при СНК СССР в Казань были эвакуированы 33 (из 85) научных учреждения АН СССР, 1884 научных сотрудников, в том числе 93 академика и члена-корреспондента (с семьями – около 5 тыс. чел.).
Среди прибывших были академики: А.И. Абрикосов, С.И. Вавилов, И.М. Виноградов, А.В. Винтер, Б.Г. Галёркин, И.В. Гребенщиков, Б.Д. Греков, А.М. Деборин (Иоффе), Н.С. Державин, А.Ф. Иоффе, П.Л. Капица, М.В. Кирпичёв, В.А. Кистяковский, А.Н. Колмогоров, Н.Е. Кочин, Г.М. Кржижановский, А.Н. Крылов, В.Ф. Миткевич, С.С. Намёткин, С.П. Обнорский, Л.А. Орбели, Н.И. Папалекси, А.Е. Порай-Кошиц, Л.И. Прасолов, Н.Н. Семёнов, К.И. Скрябин, С.Л. Соболев, Е.В. Тарле, А.М. Терпигорев, А.Н. Фрумкин, В.Г. Хлопин, Е.А. Чудаков, К.И. Шенфер, О.Ю. Шмидт; члены-корреспонденты: Г.В. Акимов, Н.М. Беляев, И.С.Брук, В.И. Вейц, А.Г. Вологодин, А.О. Гельфонд, Б.Н. Делоне, А.В. Ефимов, М.А. Капелюшников, А.Ф. Капустинский, Ф.Н. Красовский, К.А. Круг, Н.Л. Мещеряков, А.Н. Несмеянов, А.И. Рабинович, С.З. Рогинский, Л.Н. Сретенский, С.Ф. Фёдоров, Я.И. Френкель, А.Я. Хинчин, А.Б. Чернышёв, З.Ф. Чуханов, профессора И.В. Курчатов, Л.Д. Ландау.
Эвакуированные научно-исследовательские институты и научные учреждения (лаборатории) были размещены в Казанском университете и на территории других организаций и предприятий Татарстана.
Для координации деятельности учреждений АН СССР с местными научными учреждениями и промышленными предприятиями при Татарском обкоме ВКП(б) была создана Научно-техническая комиссия (председатель – О.Ю. Шмидт).
С августа 1941 г. по май 1942 г. в Казани работал Президиум АН СССР во главе с вице-президентами О.Ю. Шмидтом и Е.А. Чудаковым. В мае 1942 г. по решению Президиума АН СССР был избран новый состав Президиума АН СССР (местом его пребывания определён г. Свердловск), в Казани была создана Казанская группа учреждений Академии наук СССР (руководителями назначены А.Ф. Иоффе и Л.А. Орбели). Для решения научно-технических проблем, возникших в связи с Великой Отечественной войной, был создан ряд комплексных научных комиссий – Комиссия по научно-техническим военно-морским вопросам АН СССР, Комиссия по авиации АН СССР, Комиссия по мобилизации ресурсов Среднего Поволжья и Прикамья на нужды обороны страны АН СССР, Комиссия по пищевым ресурсам АН СССР.
За этот период учёные АН СССР внесли большой вклад в развитие оборонной промышленности страны: в Институте органической химии АН СССР под руководством А.Н. Несмеянова была разработана методика получения карбинолов (использовались для лечения ран); под руководством О.К. Богданова открыт эмульсионный способ получения тиокольного каучука; группа под руководством К.С. Топчиева упростила синтез витамина В1; А.Ф. Иоффе дал новые решения в области физики металлов; группа под руководством Г.В. Акимова разработала новый способ анодного оксидирования деталей; Н.Г. Четаев создал теорию расчёта устойчивости самолёта при движении его по земле; П.Л. Капица усовершенствовал способ добывания жидкого кислорода; группа под руководством С.Ф. Фёдорова выявила нефтеносные площади в районе Шугурова, Сарабикулова, в зоне Аксубаевской депрессии и др. В 1943 г. часть учреждений возвратилась в Москву.
Таким образом, в годы Великой Отечественной войны в КГУ не прекращалась подготовка кадров, велись научные исследования, многие из которых были ориентированы на нужды фронта. Вместе с тем благодаря плодотворному сотрудничеству с научными учреждениями АН СССР закладывались основа важнейших послевоенных научных направлений. Итогом этого научного сотрудничества стала организация в апреле 1945 г. Казанского филиала АН СССР – центра комплексных исследований фундаментального и прикладного характера.