• Khilyas IV, Markelova MI, Valeeva LR, Gritseva AS, Sorokina AV, Shafigullina LT, Tukhbatova RI, Shagimardanova EI, Berkutova ES, Sharipova MR, Lochnit G, Cohen MF. Genomic and metabolomic profiling of endolithic Rhodococcus fascians strain S11 isolated from an arid serpentine environment. Arch Microbiol. 2022 May 19;204(6):336. doi: 10.1007/s00203-022-02955-1. PMID: 35587838.
  Khilyas_et_al.__2022.pdf

• Khilyas I.V, Sorokina A.V, Markelova M.I, Genomic and phenotypic analysis of siderophore-producing Rhodococcus qingshengii strain S10 isolated from an arid weathered serpentine rock environment//Archives of Microbiology. - 2020. - Vol., Is.. - .
• Key F.M, Posth C, Esquivel-Gomez L.R, Emergence of human-adapted Salmonella enterica is linked to the Neolithization process//Nature Ecology and Evolution. - 2020. - Vol.4, Is.3. - P.324-333.
• Khilyas, I. V., Genomic and phenotypic analysis of siderophore-producing Rhodococcus qingshengii strain S10 isolated from an arid weathered serpentine rock environment / Khilyas, I. V., Sorokina, A. V., Markelova, M. I., Belenikin, M., Shafigullina, L., Tukhbatova, R. I., Shagimardanova, E.I., Blom, J., Sharipova, M. R., Cohen, M. F. // Arch Microbiol. - 2020. - https://doi.org/10.1007/s00203-020-02057-w
  Khilyas_et_al.__2020.pdf

• Spyrou M.A, Keller M, Tukhbatova R.I, Phylogeography of the second plague pandemic revealed through analysis of historical Yersinia pestis genomes//Nature Communications. - 2019. - Vol.10, Is.1. - Art. № 4470.
• Saparmyradov K, Validov S.Z, Tukhbatova R.I, Filimonova M.N. Isolation, characterization and antibiotic activities of new variants of actinomycetes//Journal of Computational and Theoretical Nanoscience. - 2019. - Vol.16, Is.1. - P.216-222.

• Zalyalyutdinova L. M. Isolation, Purification, and Biological Activity of Secondary Metabolites from Trichoderma asperellum F-1087 / L. M. Zalyalyutdinova, A.G. Bikmullin, R.I. Tukhbatova, A.A. Nabatov, N.V. Petrova, T.V. Bagaeva, F.K. Alimova // Applied Biochemistry and Microbiology. - 2018. - Vol. 54. - Is. 2. - PP. 211-214.
  zalyalyutdinova2018.pdf

• Spyrou M. A. Historical Y. pestis Genomes Reveal the European Black Death as the Source of Ancient and Modern Plague Pandemics / M. A. Spyrou, R. I. Tukhbatova, M. Feldman, J. Drath, S. Kacki, J. Beltrán de Heredia, S. Arnold, A. G. Sitdikov, D. Castex, J. Wahl, I. R. Gazimzyanov, D. K. Nurgaliev, A. Herbig, K. I. Bos, J. Krause // Cell Host & Microbe. - 2016. - Vol.19. - № 6. Р.874–881.
  mmc4_1.pdf
• Успенский собор. Изучение и сохранение. т.2 / Под редакцией Р.М. Валеева, А.Г. Ситдикова, Р.Р. Хайрутдинова. – Казань: ООО «Главдизайн», 2016. – 252 с.
• Spyrou M.A, Tukhbatova R.I, Feldman M, Historical Y. pestis Genomes Reveal the European Black Death as the Source of Ancient and Modern Plague Pandemics//Cell Host and Microbe. - 2016. - Vol.19, Is.6. - P.874-881.

• Данилогорская А. А., Марфенина О. Е., Тухбатова Р. И. Опыт применения мультисубстратного тестирования для определения функционального разнообразия почвенных грибов // Микология и фитопатология. — 2015. — Т. 49, № 6. — С. 340–348.
  62015.pdf
• Khaidarov T.F, Dolbin D.A, Kravtsova O.A, Tukhbatova R.I. Biological aspects of the historical urban development of Jochi Ulus (latter half of the 13-14th centuries)//Social Sciences (Pakistan). - 2015. - Vol.10, Is.6. - P.1047-1053.

• Тухбатова Р.И., Фаттахова А.Н., Алимова Ф.К. 2014. Противоопухолевые свойства Trichoderma asperellum 302 из погребенных почв. Цитология. 56 (6) : 450–452
• Эльшафей С.М.А., Абдельрахман А.А., Акинина Е.А., Тухбатова Р.И., Рябичко, С.С., Алимова Ф.К. Влияние экстрактов Nigella sativa и Salvia officinalis на физиологические и биохимические показатели растений / С.М.А. Эльшафей , А.А. Абдельрахман, Е.А. Акинина, Р.И. Тухбатова, С.С. Рябичко, Ф.К. Алимова // Фундаментальные исследования. - 2014. - № 9. - С. 349-354.
• Эльшафей С.М.А. Изменение состава метаболитов Тrichoderma harzianum и фитопатогенных грибов при воздействии масла шалфея лекарственного / Эльшафей С.М.А., Невзорова Т.А., Абдельрахман А.А., Тухбатова Р.И., Рябичко С.С., Алимова Ф.К. / Фундаментальные исследования: Биологические науки. - 2014. - №8. - С. 646-650
• Тухбатова Р.И. Метаболическое профилирование для характеристики видов Trichoderma из погребенных почв / Р.И. Тухбатова, Ю.А. Морозова, Ф.К. Алимова / Цитология. - 2014. - Т. 56, № 6. - С. 445-449.
• Эльшафей С.М.А., Невзорова Т.А., Абдельрахман А.А., Тухбатова Р.И., Рябичко С.С., Алимова Ф.К. "ИЗМЕНЕНИЕ СОСТАВА МЕТАБОЛИТОВ ТRICHODERMA НARZIANUM И ФИТОПАТОГЕННЫХ ГРИБОВ ПРИ ВОЗДЕЙСТВИИ МАСЛА ШАЛФЕЯ ЛЕКАРСТВЕННОГО"; Биологические Науки. Фундаментальные Исследования. №8 : 646-650

• Эльшафей С. М. А., Абдельрахман А. А., Тухбатова Р. И., Иванова Е. В., Акинина Е. А., Воронкова Ю. Е., Букуру Л. С., Фаттахова А. Н., Алимова Ф. К. Влияние растительных масел Nigella sativa и Salvia officinalis на биохимические показатели мышей стока CD-1 // Учен. зап. Казан. ун-та. Сер. Естеств. науки. - 2013. - Т. 155, кн. 3. - С. 82-89.
• ВЛИЯНИЕ РАСТИТЕЛЬНЫХ МАСЕЛ Nigella sativa И Salvia officinalis НА БИОХИМИЧЕСКИЕ ПОКАЗАТЕЛИ МЫШЕЙ СТОКА CD-1С.М.А. Эльшафей, А.А. Абдельрахман, Р.И. Тухбатова, Е.В. Иванова, Е.А. Акинина, Ю.Е. Воронкова, Л.С. Букуру, А.Н. Фаттахова, Ф.К. Алимова; Ученые записки Казанского университета 155(3):82-89
• Nguen T. T. Biological activities of metabolites in Streptomyces / T. T. Nguen, R. I. Tukhbatova // Journal of Science and Technology (Duy Tan University). – 2013. – 1(16) – P. 114-119.

• Тухбатова Р. И., Абдельрахман А. А., Мухаметзянова А. С., Нгуен Т. Т., Хоанг Т. Л., Фаттахова А. Н., Алимова Ф. К. Влияние метаболитов Trichoderma asperellum на регенерацию тканей на фоне пирена // Клеточная трансплантология и тканевая инженерия. 2012. №3. С. 159-163.
• Тухбатова, Р. И. Влияние метаболитов Trichoderma asperellum на регенерацию тканей на фоне пирена / Р. И. Тухбатова, А. А. Абдельрахман, А. С. Мухаметзянова, Т. Т. Нгуен, Т. Л. Хоанг, А. Н. Фаттахова, Ф. К. Алимова // Клеточная трансплантология и тканевая инженерия. - 2012. - №3. - С. 159-163.

• Тухбатова Р. И. Магнитотактические бактерии природных водоемов Республики Татарстан / Э. А. Шишкина (Рафаилова), Д. И. Тазетдинова, Ф. К. Алимова, Д. К. Нургалиев // Вода: химия и экология. - 2011. - №3. - стр.71-74
• Тухбатова, Р. И., Мельников Л. В., Алимова Ф. К. Микробиота палеопочв среднего Поволжья эпохи Средневековья: Мурзихинский II могильник и Больше - Кляринское городище // LAP Lambert Academic Publishing GmbH&Co, Saarbrucken, 2011. " 206 с.
• Тухбатова, Р. И. Микробиота палеопочв Больше-Кляринского городища эпохи Средневековья / Тухбатова Р. И., Панкова А. В., Мельников Л. В., Алимова Ф. К. // Вестник Уральской медицинской академической науки. Тематический выпуск по микробиологии, иммунологии и биотехнологии. - №4/1 (38). - 2011. - С. 59-60.
• Шишкина (Рафаилова) Э. А. Магнитотактические бактерии и их значение (обзор) / А. В. Панкова, Р. И. Тухбатова, Д. И. Тазетдинова, Ф. К. Алимова, Д. К Нургалиев. - 2011. - принято в печать.

• Микробный препарат для получения биоудобрений и биопестицидов
• Тухбатова Р. И. Видовое разнообразие почвенных грибов рода Trichoderma из погребенных черноземов Республики Татарстан / Рафаилова Э. А., Алимова Ф. К. // Вестник биотехнологии и физико-химической биологии имени Ю. А. Овчинникова. - 2010. - Т. 6, № 1. - С. 13-19.
• Производство и применение новой формы биопрепарата в республике Татарстан для создания экологически чистой пищевой промышленности / Ибатуллина Р.П., Алимова Ф.К., Тазетдинова Д.И., Тухбатова Р.И // Вестник биотехнологии и физико-химической биологии им. Ю.А. Овчинникова. – 2010. –Т.6, №3. – С.22-26.
• Алимова Ф. К. Методы определения гидролаз почв и почвенных микроорганизмов: Учебно-методическое пособие / Ф.К. Алимова, Р. И. Тухбатова, Д. И. Тазетдинова. - Казань: Казанский университет, 2010. - 67 с.
• Ибатуллина Р. П. Производство и применение новой формы биопрепарата в Республике Татарстан для получения экологически чистой пищевой продукции / Р. И. Тухбатова, Ф. К. Алимова, Д. И. Тазетдинова // Вестник биотехнологии и физико-химической биологии им. Ю. А. Овчинникова. - 2010. - Т. 6. - №3. - С. 22-26.
• Экспонат международной выставки. Производство и применение ферментного препарата в кормах сельскохозяйственных животных, Скворцов Е.В., Тазетдинова Д.И., Тухбатова Р.И.

• Использование Trichoderma в процессе переработки послеспиртовой барды / Ф.К.Алимова, Е.В. Скворцов, Т.А. Мельникова, А. В. Шишкин, Д.И. Тазетдинова, Р.И. Тухбатова, // Биотехнология. - 2009. - № 4 - С. 78-81.
• Тазетдинова Д.И. Использование нанопленок для получения препаратов на основе микромицетов рода Trichoderma и их ферментов / Д.И. Тазетдинова, Р.И. Тухбатова, А.И. Замалеева, Р.Ф.Фахруллин, Ф.К. Алимова // Проведение научных исследований в области индустрии наносистем и материалов: материалы Всерос. конф. с элемента-ми научной школы для молодежи / отв. за вып. О.Н. Иванов. Белгород: Изд-во БелГУ, 2009. - С. 314-315.
• Тазетдинова Д. И. Целлюлазная активность почв Татарстана при загрязнении их тяжелыми металлами / Р. И. Тухбатова, Э. А. Шишкина (Рафаилова), Ф. К. Алимова // Плодородие.-2009.-Т 4.- С. 51-53.
• Рафаилова Э. А. Микрофлора периодически затопляемых почв на примере острова Большой Мансур / Тухбатова Р. И., Панкова А. В., Алимова Ф. К. // Вода: химия и экология. - 2009. - №4. - С. 18-22.
• Pankova A.V. the Hypocrea/Trichoderma strains isolated from ecosystems in Tatarstan republic / A.V. Pankova, R.I. Tuhbatova, Tazetdinova D.I., F.K.Alimova// Abstracts of the 13th annual Symposium for biology students of Europe - Kazan 2009/ edited by T.V.Baltina: Kazan:printed Kazan State University, 2009- P. 90.

• Микроорганизмы палеопочв Республики Татарстан / Тухбатова Р.И., Тазетдинова Д.И., Алимова Ф.К., Мельников Л.В. // Ученые записки Казанского государственного университета. - 2008. Т. 150, кн. 2. - С.225-230.
• Рафаилова Э.А. Первые находки Trichoderma asperellum в перидически затопляемой зоне осторова Большой Мансур в районе Куйбышевского водохрахранилища / Э.А. Рафаилова, Р.И. Тухбатова, Д.И. Тазетдинова, Ф.Э.А. Кабрера, Р.Т. Мухаметшина, Ф.К.Алимова // Вода: химия и экология. - 2008. - №5. - С. 38-41.
• Влияние активированной воды на микромицеты рода Trichoderma / Э.А. Рафаилова, Р.И. Тухбатова, Д.И. Тазетдинова, Ф.К.Алимова // Вода: химия и экология. - 2008. - №1. С. 36-40.
• Биопрепарат для культивирования безвирусного картофеля / Д.И. Тазетдинова, Р.И. Тухбатова, Э.А. Рафаилова, Ф.К. Алимова // Вестник биотехнологии и физико-химической биологии им. Ю.А. Овчинникова. 2008. Т.3, №3.С. 18-22.
• Влияние абиотических факторов на рост и размножение микромицетов рода Trichoderma / Э. А. Рафаилова, А. В. Шишкин, Э.А.Ф. Кабрера, Д.И. Тазетдинова, Р.И. Тухбатова, Ф.К.Алимова // Ученые записки Казанского государственного университета. 2008. Т. 150, кн.2. С.167-175.
• Препарат для биоконверсии сырья в кормопроизводстве / Рафаилова Э.А., Тухбатова Р.И., Тазетдинова Д.И., А.Ф. Кабрера, Алимова Ф.К. // Биология: традиции и инновации в 21 веке. Под. ред. Т.В. Балтиной. Казань: Изд-во Казанск. гос. ун-та, 2008. 94-95 с.
• Микроорганизмы палеопочв Республики Татарстан / Тухбатова Р.И., Рафаилова Э.А., Тазетдинова Д.И., А.Ф. Кабрера, Алимова Ф.К., Мельников Л.В. // Биология: традиции и инновации в 21 веке / Под. ред. Т.В. Балтиной. Казань: Изд-во Казанск. гос. ун-та, 2008. 110-113 с.
• Ферментативная активность выщелоченного чернозема Альметьевского района РТ / Тазетдинова Д.И., Рафаилова Э.А., Тухбатова Р.И., Алимова Ф.К. // Биология: традиции и инновации в 21 веке / Под. ред. Т.В. Балтиной. Казань: Изд-во Казанск. гос. ун-та, 2008. 106-107 с.
• Характеристика грибов рода Trichoderma из погребенных почв РТ / Тухбатова Р. И., Рафаилова Э. А., Кабрера Ф. Э. А., Алимова Ф. К. // Структура и динамика молекулярных систем 2008. Т.2, №4. С. 466-482.
• Микробиологический мониторинг черноземов Альметьевского района республики Татарстан / А.И.Ахметова, Д.И.Тазетдинова, Р.И. Тухбатова, Ф.Э.А.Кабрера, Ф.К. Алимова // Сборник докладов Всероссийской научной конференции ТатНИИАХП 15-16 сентября 2008г. Фундаментальные исследования в области агроэкологии и химизации земледелия.-2008.-С.33.
• Оценка факторов риска, обусловленных загрязнением почв / Д.И. Тазетдинова, Р.И. Тухбатова, А. Кабрера, Ф.К. Алимова, Е.А. Тафеева // Итоги и перспективы научных исследований по проблеме экологии человека и гигиены окружающей среды. - Москва, 2006. - С. 477-482.
• Характеристика потенциально патогенных видов Trichoderma, выделенных на территории республики Татарстан / Р.И. Тухбатова, Д.И. Тазетдинова, Ф.К. Алимова // Пятый Всероссийский конгресс по медицинской микологии. 28-30 марта 2007. "Успехи медицинской микологии" Том X Глава I Современная эпидемиология микозов человека. Организация борьбы с массовыми грибковыми инфекциями. - С. 31.
• Панкова А.В. Микробиологический мониторинг тепличного грунта и клубней безвирусного картофеля сортов, культивируемых в РТ / А.В. Панкова, Р.И. Тухбатова, Д.И. Тазетдинова, Ф.К.Алимова // II-ая Международная научно-практическая конференция "Постгеномная эра в биологии и проблемы биотехнологии", 2008. - С. 100-101.
• Антибиотическая активность и генотоксичность гриба рода Trichoderma / Е.А. Согорин, Д.И. Тазетдинова, Р.И. Тухбатова, Ф.К.Алимова // II-ая Международная научно-практическая конференция "Постгеномная эра в биологии и проблемы биотехнологии", 2008. - С. 125-126.
• Рафаилова, Э.А. Влияние абиотических факторов на рост и размножение микромицетов рода Trichoderma / Э. А. Рафаилова, А. В. Шишкин, Э.А.Ф. Кабрера, Д.И. Тазетдинова, Р.И. Тухбатова, Ф.К.Алимова // Ученые записки Казанского государственного университета. - 2008. - Т. 150, кн.2. - С.167-175

• Алимова Ф. К. Биотехнология. Промышленное применение грибов рода Trichoderma: учебно-методическое пособие / Алимова Ф. К., Тазетдинова Д. И., Тухбатова Р. И. // Казань: УНИПРЕСС ДАС, 2007. " 234 с.
• Рафаилова, Э.А. УДК 579.64 Сравнительные морфологические характеристики изолятов микромицетов рода Trichoderma, выделенных из разных местообитаний и влияние абиотических факторов на рост и размножение микромицетов / Э.А. Рафаилова, А.В. Шишкин, А.Ф. Кабрера, Д.И. Тазетдинова, Р. И. Тухбатова; Казанск. Гос. Ун-т. - Казань, 2007. - 14 с.: 7 ил.- Библиогр.: 20 назв. - Рус. - Деп. В ВИНИТИ 07.05.07 № 505-В2007.