KFU. Card publication. СРАВНЕНИЕ МЕТОДОВ РАСЧЕТА ЭЛЕКТРОСТАТИЧЕСКИХ ВЗАИМОДЕЙСТВИЙ В АЛГОРИТМАХ ДЛЯ ГРАФИЧЕСКИХ АКСЕЛЕРАТОРОВ

KAZAN
FEDERAL UNIVERSITY

- RUS
- 中文
- ES

СРАВНЕНИЕ МЕТОДОВ РАСЧЕТА ЭЛЕКТРОСТАТИЧЕСКИХ ВЗАИМОДЕЙСТВИЙ В АЛГОРИТМАХ ДЛЯ ГРАФИЧЕСКИХ АКСЕЛЕРАТОРОВ

Form of presentation

Articles in Russian journals and collections

Year of publication

2008

Язык

русский

Authors, employees of KFU

Izotova Ekaterina Dmitrievna, author

Bibliographic description in the original language

Akberova N.I. SRAVNENIE METODOV RASChETA ELEKTROSTATIChESKIKh VZAIMODEYSTVIY V ALGORITMAKh DLYa GRAFIChESKIKh AKSELERATOROV/ D.I. Alisheva, E.D. Izotova, D.S. Tarasov//UChENYE ZAPISKI KAZANSKOGO GOSUDARSTVENNOGO UNIVERSITETA.- 2008.- T. 150.- kn. 2.- S. 71-81.

Annotation

Целью данной работы было сравнение различных схем расчетов дальних электро- статических взаимодействий на примере средней биологической системы для вычисле- ний на графических акселераторах. Парные методы сравнивались с методами, исполь- зуемыми для расчета на CPU: метод PME и метод с использованием радиуса обрезания потенциала. За эталонный метод был принят PME. В качестве модельной системы был взят мутантный белок 4SER. Было проведено моделирование молекулярной динамики с различными схемами расчета электростатических взаимодействий. Оценивались структурные параметры (среднее квадратичное отклонение, радиус гирации, поверх- ность доступная растворителю) для целой системы, площадь полости активного цен- тра. Наилучшие результаты для мутанта 4SER показали парный метод с использовани- ем радиуса обрезания потенциала 8 Å и переключающей функцией. Для активного цен- тра наилучшие результаты показал парный метод расчета электростатических взаимо- действий, основанный на суммации Вульфа с ра

Keywords

графические акселераторы, парные методы расчета электроста- тических взаимодействий, катепсин L.

The name of the journal

Ученые записки Казанского государственного университета Серия: Естественные науки

Please use this ID to quote from or refer to the card

https://repository.kpfu.ru/eng/?p_id=124880&p_lang=2

Resource files

File name	Size (MB)	Format
64419076_kfu_2008.pdf	0,55	pdf	show / download

Full metadata record

Field DC	Value	Language
dc.contributor.author	Izotova Ekaterina Dmitrievna	ru_RU
dc.date.accessioned	2008-01-01T00:00:00Z	ru_RU
dc.date.available	2008-01-01T00:00:00Z	ru_RU
dc.date.issued	2008	ru_RU
dc.identifier.citation	Акберова Н.И. СРАВНЕНИЕ МЕТОДОВ РАСЧЕТА ЭЛЕКТРОСТАТИЧЕСКИХ ВЗАИМОДЕЙСТВИЙ В АЛГОРИТМАХ ДЛЯ ГРАФИЧЕСКИХ АКСЕЛЕРАТОРОВ/ Д.И. Алишева, Е.Д. Изотова, Д.С. Тарасов//УЧЕНЫЕ ЗАПИСКИ КАЗАНСКОГО ГОСУДАРСТВЕННОГО УНИВЕРСИТЕТА.- 2008.- Т. 150.- кн. 2.- С. 71-81.	ru_RU
dc.identifier.uri	https://repository.kpfu.ru/eng/?p_id=124880&p_lang=2	ru_RU
dc.description.abstract	Ученые записки Казанского государственного университета Серия: Естественные науки	ru_RU
dc.description.abstract	Целью данной работы было сравнение различных схем расчетов дальних электро- статических взаимодействий на примере средней биологической системы для вычисле- ний на графических акселераторах. Парные методы сравнивались с методами, исполь- зуемыми для расчета на CPU: метод PME и метод с использованием радиуса обрезания потенциала. За эталонный метод был принят PME. В качестве модельной системы был взят мутантный белок 4SER. Было проведено моделирование молекулярной динамики с различными схемами расчета электростатических взаимодействий. Оценивались структурные параметры (среднее квадратичное отклонение, радиус гирации, поверх- ность доступная растворителю) для целой системы, площадь полости активного цен- тра. Наилучшие результаты для мутанта 4SER показали парный метод с использовани- ем радиуса обрезания потенциала 8 Å и переключающей функцией. Для активного цен- тра наилучшие результаты показал парный метод расчета электростатических взаимо- действий, основанный на суммации Вульфа с ра	ru_RU
dc.language.iso	ru	ru_RU
dc.subject	графические акселераторы	ru_RU
dc.subject	парные методы расчета электроста- тических взаимодействий	ru_RU
dc.subject	катепсин L.	ru_RU
dc.title	СРАВНЕНИЕ МЕТОДОВ РАСЧЕТА ЭЛЕКТРОСТАТИЧЕСКИХ ВЗАИМОДЕЙСТВИЙ В АЛГОРИТМАХ ДЛЯ ГРАФИЧЕСКИХ АКСЕЛЕРАТОРОВ	ru_RU
dc.type	Articles in Russian journals and collections	ru_RU