Большое внимание на кафедре уделяется участию обучающихся в экологических исследованиях с применением необходимого оборудования для  измерений в полевых условиях и в лаборатории. Лаборатория   оптимизации водных экосистем оснащена экспедиционным и лабораторным оборудованием, необходимым для проведения полевых и лабораторных исследований по изучению экологического состояния природных объектов и проведения экологических изысканий на природных объектах, являющихся объектами природообустройства и водопользования.

Полевое экспедиционное оборудование включает водный транспорт (лодки), приборы и средства для измерения географических координат, отбора проб воды и донных отложений (батометры, дночерпатели разных конструкций, планктонные сети, сита и т.п.), измерения скорости течения (вертушки), физико-химических исследований (термометры, кислородомеры, оксиметры и др.), измерений (рулетки и др.).

Лабораторное стационарное оборудование включает в себя оптическое оборудование и устройства (микроскопы и бинокуляры разных конструкций, лупы, оптические приставки и т.п.), приборы для физико-химических исследований, оборудование для препарирования и подготовки проб.

Кроме  оптического оборудования,  физико-химических приборов в научно-исследовательской работе студентами используются  учебно-музейные экспонаты,  живые экспозиции и культуры гидробионтов,  базы проектных материалов, эскизных проектов, базы данных материалов экологического мониторинга природных объектов (экологические паспорта по природным объектам, отчеты и др.), в т.ч. в электронном виде;  библиотека учебно-методической литературы.