• Tkachev S, Esyunina M, Syrochkina M. TBE in Russia. Chapter 13. In: Dobler G, Erber W, Bröker M, Chitimia-Dobler L, Schmitt HJ, eds. The TBE Book. 8th ed. Singapore: Global Health Press. 0oi:10.33442/26613980_TBE-7. ISBN: 978-981-18-9205-9
  F_Tkachev___TheTBEBook_8th_Edition.pdf
• Генетическое разнообразие вируса клещевого энцефалита на территории Республики Кыргызстан / Л.Х. Шигапова Л.Х., Е.И. Шагимарданова, И.В. Козлова, О.В. Лисак, Е.К. Дорощенко, О.В. Сунцова, Ю.П. Джиоев, В.И. Злобин, С.Е. Ткачев // Фундаментальные и прикладные аспекты современной эпидемиологии и инфекционных болезней : Сборник тезисов Межрегиональной научно-практической конференции, посвящённой 125-летию создания ФБУН «Казанский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии» Роспотребнадзора (5–6 июня 2025 года) / под ред. академика РАН, профессора, д.м.н. В.Г. Акимкина и к.м.н. И.Д. Решетниковой. — Казань, 2025. — С. 155–156.
  F_Sbornik_konferencii_Kazan_2025_Shigapova.pdf
• Вопросы классификации вируса клещевого энцефалита в эпоху генетических исследований / С.Е. Ткачев С.Е., Л.Х. Шигапова Л.Х., Е.И. Шагимарданова, И.В. Козлова, О.В. Лисак, Е.К. Дорощенко, О.В. Сунцова, Ю.П. Джиоев, В.И. Злобин // Фундаментальные и прикладные аспекты современной эпидемиологии и инфекционных болезней : Сборник тезисов Межрегиональной научно-практической конференции, посвящённой 125-летию создания ФБУН «Казанский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии» Роспотребнадзора (5–6 июня 2025 года) / под ред. академика РАН, профессора, д.м.н. В.Г. Акимкина и к.м.н. И.Д. Решетниковой. — Казань, 2025, — С. 134–135.
  F_Sbornik_konferencii_Kazan_2025_Tkachev.pdf

• Tkachev S, Esyunina M, Syrochkina M. TBE in Russia. Chapter 13. In: Dobler G, Erber W, Bröker M, Chitimia-Dobler L, Schmitt HJ, eds. The TBE Book. 7th ed. Singapore: Global Health Press; 202341. 0oi:10.33442/26613980_13-27-7
  Tkachev_SE_TBE_Book_7th_Edition.pdf
• Kozlova I.V, Suntsova O.V, Tkachev S.E, COMPARATIVE ANALYSIS OF EUROPEAN SUBTYPE TICK-BORNE ENCEPHALITIS VIRUS STRAINS ISOLATED FROM PATIENTS FROM EASTERN SIBERIA AND EASTERN AND NORTHERN EUROPE [Сравнительный анализ штаммов вируса клещевого энцефалита европейского субтипа, изолированных от больных людей из Восточной Сибири и из Восточной и Северной Европы] //Acta Biomedica Scientifica. - 2024. - Vol.9, Is.5. - P.122-134.
• Шигапова Л.Х. Использование высокопроизводительного секвенирования для изучения генетического разнообразия вируса клещевого энцефалита в Уральском регионе Российской Федерации / Л.Х. Шигапова, Н.М. Шайхутдинов, Е.И. Шагимарданова, И.В. Козлова, В.В. Якименко, О.В. Лисак, Е.К. Дорощенко, О.В. Сунцова, Ю.П. Джиоев, В.И. Злобин, С.Е. Ткачёв // Национальные приоритеты России. - 2024. - № 4 (55). – С. 84-89.
  Shigapova_i_dr_2024.pdf

• Dobler G, Tkachev S. General epidemiology of TBE. Chapter 11 / Dobler G, Erber W, Bröker M, Schmitt HJ, eds // The TBE Book. 6th ed. Singapore: Global Health Press, 2023. doi : 10.33442/26613980_11-6
  F_The_TBE_Book_6th_Edition___Tkachev_et_al.pdf
• Ткачев С.Е. Использование высокопроизводительного секвенирования при изучении генетического разнообразия ви- руса клещевого энцефалита в эндемичных регионах Российской Федерации и странах ближнего зарубежья / С.Е. Ткачев, Л.Х. Шигапова, Н.М. Шайхутдинов, Е.И. Шагимарданова, И.В. Козлова, Г.С. Чичерина, В.В. Якименко, О.В. Лисак, Е.К. Дорощенко, Ю.П. Джиоев, В.И. Злобин // Актуальные природно-очаговые инфекции: материалы Международной научно-практической конференции, Иркутск, 14– 18 сентября 2023 г. – Иркутск: ИНЦХТ, 2023. С. 56-59.
  POI_2023_TkachevSE.pdf
• Исследование генетического разнообразия вируса клещевого энцефалита в эндемичных регионах Российской Федерации и странах ближнего зарубежья / Л.Х. Шигапова, Н.М. Шайхутдинов, Е.И. Шагимарданова, И.В. Козлова, Г.С. Чичерина, В.В. Якименко, О.В. Лисак, Е.К. Дорощенко, С.Е. Ткачёв // Сборник трудов конференции «11-АЯ МОСКОВСКАЯ КОНФЕРЕНЦИЯ ПО ВЫЧИСЛИТЕЛЬНОЙ МОЛЕКУЛЯРНОЙ БИОЛОГИИ MCCMB'23«. — Москва, 2023. — С. 114.
  elibrary_59299719_69891641.pdf
• Козлова И.В. Видовое и генетическое разнообразие возбудителей клещевых инфекций человека и животных на территории Байкальского региона / И.В. Козлова, О.В. Сунцова, Е.К. Дорощенко, О.В. Лисак, В.А. Рар, С.Е. Ткачев, Ю.С. Савинова, Н.В. Тикунова // Актуальные природно-очаговые инфекции: материалы Международной научно-практической конференции, Иркутск, 14– 18 сентября 2023 г. – Иркутск: ИНЦХТ, 2023. С. 25-29.
  POI_2023_Kozlova_IV.pdf
• Джиоев Ю.П. Сравнительный геномный, математический и биоинформационный анализ изменчивости и эволюции вируса клещевого энцефалита и коронавирусов / Ю.П. Джиоев, Л.А. Мирошниченко, Н.А. Арефьева, В.Д. Гусев, Ю.С. Букин, И.В. Козлова, С.Е. Ткачев, Д.О. Киселев, А.Н. Бондарюк, И.Ж. Семинский, В.И. Злобин // Актуальные природно-очаговые инфекции: материалы Международной научно-практической конференции, Иркутск, 14–18 сентября 2023 г. – Иркутск: ИНЦХТ, 2023. С. 18-22.
  POI_2023_DzhioevYuP.pdf

• Bondaryuk et al., 2022. Delimitation of the tick-borne flaviviruses. Resolving the tick-borne encephalitis virus and louping-ill virus paraphyletic taxa // Molecular Phylogenetics and Evolution, ISSN: 1055-7903, Vol: 169, Page: 107411
• Ткачев С.Е., Шайхутдинов Н.М., Шигапова Л.Х., Чичерина Г.С., Зинкина А.С., Якименко В.В., Шагимарданова Е.И. Высокопроизводительное секвенирование как инструмент для генетической характеристики больших коллекций вирусов на примере штаммов вируса клещевого энцефалита из Западной Сибири // Новые концепции механизмов воспаления, аутоиммунитета инфекций: Сборник трудов VIII международной науч.-практ. конф. (Казань, 31 мая 2022 г.). – Казань: Редакционно-издательский отдел, 2022. – С. 92-94.
  Materialy_VIII_Mezhdunarodnoj_konferencii_2022.pdf
• Бондаренко Е.И. Выявление генетических маркеров возбудителя лихорадки Ку в образцах мокроты от больных туберкулезом / Е.И. Бондаренко, А.В. Кудряшов, Л.С. Евдокимова, С.Е. Ткачев, Э.Ф. Аглетдинов, Я.Ш. Шварц, Н.В. Ставицкая // Клиническая лабораторная диагностика. - 2022. - Т. 67. - № 12. - С. 729-738. DOI: https://doi.org/10.51620/0869-2084-2022-67- 12-729-738
  F_Bondarenko_i_dr___2022.pdf
• Dobler G, Tkachev S. General epidemiology of TBE. Chapter 11 / Dobler G, Erber W, Bröker M, Schmitt HJ, eds // The TBE Book. 5th ed. Singapore: Global Health Press, 2022. doi : 10.33442/26613980_11-5
  F_Dobler__Tkachev___Chapter_11___The_TBE_Book_5th_Edition.pdf
• Ткачев С. Е. Генетическое разнообразие вируса клещевого энцефалита в природных очагах на южной границе его обитания / С. Е. Ткачев, Н. М. Шайхутдинов, Л. Х. Шигапова, Е. И. Шагимарданова, И. В. Козлова, Т. В. Демина, Е. К. Дорощенко, О. В. Лисак, М. М. Верхозина, Ю. П. Джиоев, А. И. Парамонов, О. В. Сунцова, Ю. С. Савинова, В. И. Злобин // Материалы Региональной научно-практической конференции с международным участием «АКТУАЛЬНЫЕ ВОПРОСЫ ОБЕСПЕЧЕНИЯ САНИТАРНО-ЭПИДЕМИОЛОГИЧЕСКОГО БЛАГОПОЛУЧИЯ НАСЕЛЕНИЯ СИБИРИ И ДАЛЬНЕГО ВОСТОКА«, 15 ноября 2022 г., Иркутск: Издательство ИГУ, 2022. - С. 118-119.
  F_Tkachev_et_al__2022.pdf
• Rabies Virus at the Beginning of 21st Century http://dx.doi.org/10.5772/intechopen.80154 Edited by Sergey Tkachev
  F_Tkachev___2022___Rabies_book.pdf
• Козлова И. В. Видовое и генетическое разнообразие возбудителей клещевых инфекций человека и животных на территории Байкальского региона / И. В. Козлова, Е. К. Дорощенко, О. В. Сунцова, О. В. Лисак, В. А. Рар, С. Е. Ткачев, Ю. С. Савинова, Н. В. Тикунова // Материалы Региональной научно-практической конференции с международным участием «АКТУАЛЬНЫЕ ВОПРОСЫ ОБЕСПЕЧЕНИЯ САНИТАРНО-ЭПИДЕМИОЛОГИЧЕСКОГО БЛАГОПОЛУЧИЯ НАСЕЛЕНИЯ СИБИРИ И ДАЛЬНЕГО ВОСТОКА«, 15 ноября 2022 г., Иркутск. Издательство ИГУ, 2022. - С. 65-67.
  Kozlova_et_al__2022.pdf

• Бондаренко Е.И., Филимонова Е.С., Краснова Е.И., Криницина Э.В., Ткачев С.Е. Cлучаи заболева- ния Kу-лихорадкой, выявленные у жителей Новосибирской области, госпитализированных с подозрением на инфекции, передаваемые клещами. Клиническая лабораторная диагностика. 2021; 66 (4): 229-236. DOI: http://dx.doi.org/10.51620/0869-2084-2021-66-4-229-236
  F_2021_Bondarenko__Ku_likhoradka_Novosibirsk.pdf
• Выявление возбудителя лихорадки Ку в регионах Сибири и Дальнего Востока России / Бондаренко Е.И., Криницына Э.В., Щучинова Л.Д., Краснова Е.И., Сильченко Е.В., Шульковская И.В., Леонова Г.Н., Ткачев С.Е. // Вестник Ташкентской Медицинской Академии. — 2021. — № 5. — С. 42–45.
  F_Bondarenko_i_dr_Vestnik_TMA__5_2021_Specvypusk_short.pdf
• Ткачев С.Е. Молекулярная биология и генетическая вариабельность вируса клещевого энцефалита / С.Е. Ткачев // Клещевой энцефалит в XXI веке / Под ред. академика РАН В.И. Злобина. - М.: Наука, 2021. - С. 56-76.
  F_Tkachev___Glava_3___Kleshhevoj_encefalit_v_XX_veke.pdf