• Санникова А. В., Шарипова М. Р., Шакиров Е. В., Валеева Л. Р. Роль консервативных TRFL генов в регуляции длины теломер Physcomitrium patens и Marchantia polymorpha. IV МЕЖДУНАРОДНАЯ НАУЧНАЯ КОНФЕРЕНЦИЯ «ИССЛЕДОВАНИЯ МОЛОДЫХ УЧЕНЫХ В БИОЛОГИИ И ЭКОЛОГИИ» с 17.04.2023 по 20.04.2023. г. Саратов. С.103.
• Агабекян И.А. New genes which are involved in the regulation of the telomere length in model plant Arabidopsis thaliana / Агабекян И.А., Люшненко А.Ю., Валеева Л.Р., Абдулкина Л.Р. , Шакиров Е.В. // Казань: ФЭН, 2023. – 32 с.
• Abdulkina LR, Agabekian IA, Valeeva LR, Kozlova OS, Sharipova MR, Shakirov EV. Comparative Application of Terminal Restriction Fragment Analysis Tools to Large-Scale Genomic Assays. International Journal of Molecular Sciences. 2023; 24(24):17194. https://doi.org/10.3390/ijms242417194
  F_ijms_24_17194_v2__1_.pdf
• Valeeva LR, Abdulkina LR, Agabekian IA, Shakirov EV. Telomere biology and ribosome biogenesis: structural and functional interconnections. Biochem Cell Biol. 2023 Mar 29. doi: 10.1139/bcb-2022-0383. Epub ahead of print. PMID: 36989538.

• Санникова А. В. ХАРАКТЕРИСТИКА ДЛИНЫ ТЕЛОМЕР БРИОФИТОВ /Санникова А. В., Шарипова М. Р., Шакиров Е. В., Валеева Л. Р. // ИНТРОДУКЦИЯ, СОХРАНЕНИЕ И ИСПОЛЬЗОВАНИЕ БИОЛОГИЧЕСКОГО РАЗНООБРАЗИЯ ФЛОРЫ. 28 июня – 1 июля 2022 года, Минск, Беларусь
• Sannikova A.V. Natural diversity of telomeric DNA sequences in bryophytes /Sannikova A.V., Sharipova M.R., Shakirov E.V., Valeeva L.R.// The 2nd International Electronic Conference on Biomolecules: Biomacromolecules and the Modern World Challenges (IECBM). 1–15 Nov, 2022
• Санникова, А. В.РОЛЬ TRFL БЕЛКОВ В РЕГУЛЯЦИИ ДЛИНЫ ТЕЛОМЕР У НАЗЕМНЫХ РАСТЕНИЙ ГРУППЫ BRYOPHYTA / А. В. Санникова, М. Р. Шарипова, Е. В. Шакиров, Л. Р. Валеева // OpenBio-2022. IX МЕЖДУНАРОДНАЯ КОНФЕРЕНЦИЯ МОЛОДЫХ УЧЕНЫХ: ВИРУСОЛОГОВ, БИОТЕХНОЛОГОВ, БИОФИЗИКОВ, МОЛЕКУЛЯРНЫХ БИОЛОГОВ И БИОИНФОРМАТИКОВ, Новосибирск Наукоград Кольцово, 27-30 сентября 2022

• Jae Young Choi, Liliia R Abdulkina, Jun Yin, Inna B Chastukhina, John T Lovell, Inna A Agabekian, Pierce G Young, Samsad Razzaque, Dorothy E Shippen, Thomas E Juenger, Eugene V Shakirov, Michael D Purugganan, Natural variation in plant telomere length is associated with flowering time, The Plant Cell, 2021; https://doi.org/10.1093/plcell/koab022
• Agabekian I.A. The role of OLI1/HOS15 gene in telomere length regulation of Arabidopsis thaliana / Agabekian I.A., Lushnenko A.Y, Abdulkina L.R., Valeeva L.R., Shakirov E.V. // Molecular Biology of the Cell . - 2021. - p.648
  PosterPDFforWebMBoC_stranicy_1_649.pdf
• Lovell, J.T., MacQueen, A.H., Mamidi, S. et al. Genomic mechanisms of climate adaptation in polyploid bioenergy switchgrass. Nature 590, 438–444 (2021). https://doi.org/10.1038/s41586-020-03127-1
  s41586_020_03127_1.pdf

• Sean A. Montgomery, Yasuhiro Tanizawa, Bence Galik, Nan Wang, Tasuku Ito, Takako Mochizuki, Svetlana Akimcheva, John L. Bowman, Valérie Cognat, Laurence Drouard,Heinz Ekker, Syuan-Fei Houng, Takayuki Kohchi, Shih-Shun Lin, Li-Yu Daisy Liu, Yasukazu Nakamura, Lia R. Valeeva, Eugene V. Shakirov, Dorothy E. Shippen, Wei-Lun Wei, Masaru Yagura, Shohei Yamaoka, Katsuyuki T. Yamato, Chang Liu and Frédéric Berger. Chromatin organization in early land plants reveals an ancestral association between 3K27me3, transposons, and constitutive heterochromatin/ Current Biology. 2020. V. 30. pp. 1-16. doi.org/10.1016/j.cub.2019.12.015
  F_Montgomery_2020_Marchantia_CurrBiol.pdf

• Abdulkina, L.R. Arabidopsis thaliana Metabolites Secreted by Roots during Plant Growth in Phosphorus-Limiting Conditions / Abdulkina, L.R., Аgabekian, I.A., Chastukhina, I.B. [etc.] // American Journal of Plant Sciences. - 2019. - N 10. - P. 987-1001. -https://doi.org/10.4236/ajps.2019.106071
  F_Abdulkina__2019.pdf
• Abdulkina, L.R., Аgabekian, I.A., Chastukhina, I.B., Valeeva, L.R., Romanova, Y.D., Khilyas, I.V., Sharipova, M.R. and Shakirov, E.V. (2019) Arabidopsis thaliana Metabolites Secreted by Roots during Plant Growth in Phosphorus- Limiting Conditions. American Journal of Plant Sciences , 10, 987-1001. https://doi.org/10.4236/ajps.2019.106071
• Abdulkina, L.R., Kobayashi, C., Lovell, J.T. et al. Components of the ribosome biogenesis pathway underlie establishment of telomere length set point in Arabidopsis. Nat Commun 10, 5479 (2019). https://doi.org/10.1038/s41467-019-13448-z
• Abdulkina L.R. Components of the ribosome biogenesis pathway underlie establishment of telomere length set point in Arabidopsis/ Abdulkina L.R., Kobayashi C., Lovell J.T., Chastukhina I.B., Aklilu B., Agabekyan I.A., Valeeva L.R., Nyamsuren C., Aglyamova G.V., Sharipova M.R., Shippen D.E., Juenger T.J., and Shakirov E.V. // NatCommun 2019 - V.10:5479
  Nat_Comm_2019.pdf
• Abdulkina, L.R., Аgabekian, I.A., Chastukhina, I.B., Valeeva, L.R., Romanova, Y.D., Khilyas, I.V., Sharipova, M.R. and Shakirov, E.V. (2019) Arabidopsis thaliana Metabolites Secreted by Roots during Plant Growth in Phosphorus- Limiting Conditions. American Journal of Plant Sciences, 10, 987-1001. https://doi.org/10.4236/ajps.2019.106071

• Санникова, А.В. РОЛЬ ГЕНА NOP2C В РЕГУЛЯЦИИ ДЛИНЫ ТЕЛОМЕР ARABIDOPSIS THALIANA / А.В. Санникова, Л.Р. Валеева, Л.Р. Абдулкина, М.Р. Шарипова, Е.В. Шакиров // Тезисы докладов III Международной школы-конференции студентов, аспирантов и молодых ученых "Материалы и технологии XXI века", Казань, 29 - 31 ноября 2018 г.
• THE INFLUENCE OF PSEUDOMONAS SYRINGAE DC3000 INFECTION ON ARABIDOPSIS THALIANA PLANT TELOMERE LENGTH. A.V.Sannikova ,L.R.Valeeva ,L.Abdulkina ,M.R.Sharipova ,E.V.Shakirov ; Institute of Fundamental Medicine and Biology, Kazan Federal University, Kazan, Russia
• THE INFLUENCE OF PSEUDOMONAS SYRINGAE DC3000 INFECTION ON ARABIDOPSIS THALIANA PLANT TELOMERE LENGTH. A.V.Sannikova ,L.R.Valeeva ,L.Abdulkina ,M.R.Sharipova ,E.V.Shakirov // Abstracts of the Annual Scientific Meeting of the American society for cell biology «ASCB/EMBO-2018 meeting». – San Diego, USA, 2018.
• Genomic assays in Arabidopsis thaliana identify several loci involved in telomere length control/ Plant Genome Stability and Change, IPK Gatersleben, Germany Conference 2018// L. Nigmatullina, J. Lovell, C. Kobayashi, L. Valeeva, I. Agabekyan, T. Juenger, D. Shippen, E. Shakirov/// June 3-6, 2018.
• Identification of the novel gene involved in telomere length regulation in Arabidopsis thaliana/ ASCB EMBO 2018 Meeting, San Diego, CA, USA// I. Agabekyan, E. Shakirov, L. Abdulkina, L. Valeeva, A. Kurchatova, M. Sharipova/// 8-12 December, 2018
• The role of OLI5 gene in telomere length regulation in Arabidopsis thaliana/ International conference "Interventions to extend healthspan and lifespan" , Kazan, Russia // I. A. Agabekian, L.R. Nigmatullina, I.B. Chastukhina, L. R. Valeeva, M.R. Sharipova, E.V. Shakirov/// 23-26 April, 2018.

• The effects of abiotic factors on telomere length/ 42nd FEBS Congress (Ierusalem, Israel)// L. Nigmatullina, I. Chastukhina, L. Valeeva, I. Agabekyan, M. Sharipova, E. Shakirov/// 10-14 сентября 2017г.

• Balaban N.P, Suleimanova A.D, Valeeva L.R., Shakirov E.V., Sharipova M.R.Structural characteristics and catalytic mechanism of Bacillus ?-propeller phytases//Biochemistry (Moscow). - 2016. - Vol.81, Is.8. - P.785-793.
• Lovell J.T. Drought responsive gene expression regulatory divergence between upland and lowland ecotypes of a perennial C4 grass / Lovell J.T., Schwartz S., Lowry D.B., Shakirov E.V., Jenkins J., Schmutz J., Juenger T.E. // Genome Research. - 2016. - doi:10.1101/gr.198135.115
• Lovell J.T. Promises and challenges of eco-physiological genomics in the field: tests of drought responses in switchgrass / Lovell J.T., Shakirov E.V., Schwartz S., Lowry D.B., Aspinwall M.J., Taylor S.H., Bonnette J., Palacio-Mejia J.D., Hawkes C.V., Fay P.A., Juenger T.E. // Plant Physiol. - 2016. - doi:10.1104/pp.16.00545
• Nigmatullina L. Arabidopsis thaliana ecotypes vary in their ability to utilize organic P substrates / Nigmatullina L., Chastukhina I., Sharipova M., Shakirov E. // FEBS J. - V. 283. - Issue Supplement S1. «41st FEBS Congress, Molecular and Systems Biology for a Better Life« (September 3‐8, 2016, Ephesus/Kuşadasi, Turkey). - P. 192-193.
• Нигматуллина Л.Р. Идентификация генов, влияющих на естественный полиморфизм в длине теломер / Нигматуллина Л.Р., Частухина И.Б., Валеева Л.Р., Шарипова М.Р., Шакиров Е.В. // ActaNaturae. - Спецвыпуск. - Т.1. «Научные труды V Съезда физиологов СНГ, V Съезда биохимиков России, Конференции ADFLIM« (4-8 октября 2016 г, Сочи-Дагомыс, Россия). - С.218.
• Valeeva L.R. Expression of bacterial phytase in Arabidopsis thaliana plants / Valeeva L.R., Nyamsuren Ch., Sharipova M.R., Shakirov E.V. // FEBS J. - Volume 283. - Issue Supplement S1. «41st FEBS Congress, Molecular and Systems Biology for a Better Life« (September 3‐8, 2016, Ephesus/Kuşadasi, Turkey).- P.342-343
• Балабан Н.П. Структурные особенности и механизм катализа β-пропеллерных фитаз бацилл / Балабан Н.П., Сулейманова А.Д., Валеева Л.Р., Шакиров Е.В., Шарипова М.Р. // Биохимия. - Т. 81. - №8. - С. 1011-1020
• Частухина И.Б. Оптимизация методов Т-ДНК генотипирования и TRF-измерения длины теломер растений Arabidopsis thaliana / Частухина И.Б., Нигматуллина Л.Р., Валеева Л.Р., Шарипова М.Р., Шакиров Е.В. // Сборник тезисов международной конференции “Трансляционная медицина 2016” (13-14 октября 2016 г, Казань, Россия). - С. 107.
• Chastukhina I.B. Selection of efficient Taq DNA polymerase to optimize T-DNA genotyping method for rapid detection of mutant Arabidopsis thaliana plants / Chastukhina I.B., Nigmatullina L.R., Valeeva L.R., Shakirov E.V. // BioNanoScience. - 2016. - V.6. - Issue 4. - P. 407–410. doi: 10.1007/s12668-016-0253-6
• Nigmatullina L.R. Non-radioactive TRF assay modifications to improve telomeric DNA detection efficiency in plants / Nigmatullina L.R., Sharipova M.R., Shakirov E.V. //BioNanoScience. - 2016. - V.6. - Issue 4. - P. 325-328.
• Валеева Л.Р. Экспрессия бактериальной фитазы Pantoea agglomerans в растениях Arabidopsis thaliana / Валеева Л.Р., Трошагина Д.С., Нямсурэн Ч., Шарипова М.Р., Шакиров Е.В. // ActaNaturae. - Спецвыпуск - Т.2. «Научные труды V Съезда физиологов СНГ, V Съезда биохимиков России, Конференции ADFLIM« (4-8 октября 2016 г, Сочи-Дагомыс, Россия). - С.216.

• Valeeva, L. R. Expression of Pantoea agglomerans phytase from a strong constitutive promoter in Arabidopsis thaliana plants / L. R Valeeva, Ch. Nyamsuren, D. S Troshagina, M. R Sharipova, E. V. Shakirov // RJPBCS. - 2015. - V. 6(4). - P.99-104.
• Beilstein M. A. Evolution of the Telomere-Associated Protein POT1a in Arabidopsis thaliana Is Characterized by Positive Selection to Reinforce Protein-Protein Interaction / Beilstein M. A., Renfrew K. B., Song X., Shakirov E. V., Zanis M. J., Shippen D. E. //MOLECULAR BIOLOGY AND EVOLUTION. - 2015. - Vol.32, Is.5. - P.1329-1341.
• Suleimanova, A. D. Novel glucose-1-phosphatase with high phytase activity and unusual metal ion activation from soil bacterium Pantoea sp. strain 3.5.1 / A. D. Suleimanova, A. Beinhauer, L. R. Valeeva, I. B. Chastukhina, N. P. Balaban, E. V. Shakirov, R. Greiner, M. R. Sharipova/ Applied and Environmental Microbiology. - 2015. V. 81 (19). - P. 6790-6799.
• Nyamsuren, Ch. An Improved Gene Expression System to Generate Transgenic Arabidopsis Thaliana Plants Harboring a Bacillus Ginsengihumi Phytase Gene / Ch. Nyamsuren, L. R Valeeva, M. R Sharipova, E. V Shakirov // RJPBCS. ? 2015. ? V.6(4). - P.18-24.

• Трошагина Д.С. Фитаза Pantoea agglomerans: экспрессия в Arabidopsis thaliana под контролем вирусного промотора / Трошагина Д.С., Валеева Л.Р., Частухина И.Б., Шакиров Е.В., Шарипова М.Р. // Сборник трудов IV международной научно-практической конференции "Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине"(29 октября - 1 ноября 2014 г, Казань). - С 34.

• Sundaram S. Gene networks and chromatin and transcriptional regulation of the phaseolin promoter in Arabidopsis / Sundaram S., Kertbundit S., Shakirov E. V., Iyer L. M., Jurícek M., Hall T. C. // Plant Cell. - 2013. - V. 25. - №7. - P. 2601-2617. doi: 10.1105/tpc.113.112714.

• Shakirov E. V. Selaginella moellendorffii telomeres: conserved and unique features in an ancient land plant lineage / Shakirov E. V., Shippen D. E. // Front Plant Sci. - 2012. - doi: 10.3389/fpls.2012.00161.

• Shakirov E. V. Analysis of Carica papaya Telomeres and Telomere-Associated Proteins: Insights into the Evolution of Telomere Maintenance in Brassicales / Shakirov E. V., Salzberg S. L., Alam M., Shippen D. E. // Trop Plant Biol. - 2008. - V. 1. - №3-4. P. 202–215. doi:10.1007/s12042-008-9018-x.
• Ming R. The draft genome of the transgenic tropical fruit tree papaya (Carica papaya Linnaeus) / Ming R. et al. [85 authors, Shakirov. E.V.] // Nature. - 2008. - V. 452. P. 991-996.

• Shakirov E. V. The Arabidopsis Pot1 and Pot2 proteins function in telomere length homeostasis and chromosome end protection / Shakirov E. V., Surovtseva Y. V., Osbun N., Shippen D. E. //Mol Cell Biol. - 2005. - V. 25. - № 17. - P. 7725–7733. doi: 10.1128/MCB.25.17.7725-7733.2005
• Surovtseva Y. V. Arabidopsis POT1 associates with the telomerase RNP and is required for telomere maintenance / Surovtseva Y. V., Shakirov E. V., Vespa L., Osbun N., Song X., Shippen D. E. // EMBO J. - 2007. - V. 26. - P. 3653–3661

• Karamysheva Z. N. A C-terminal Myb extension domain defines a novel family of double-strand telomeric DNA-binding proteins in Arabidopsis / Karamysheva Z. N., Surovtseva Y. V., Vespa L., Shakirov E. V/, Shippen D.E. // J Biol Chem. - 2004. - V. 279. - № 46. - P. 47799-47807.
• Shakirov E. V. Length regulation and dynamics of individual telomere tracts in wild-type Arabidopsis / Shakirov E. V., Shippen D. E. // Plant Cell. - 2004. - V. 16. - № 8. - P. 1959-1967.

• Sedivy J. M. Surprise ending /Sedivy J. M., Shippen D. E., Shakirov E. V. // Nat Genet. - 2003. - V. 33. - № 2. - P. 114-116.

• Fitzgerald M. S. Different modes of de novo telomere formation by plant telomerases / Fitzgerald M. S., Shakirov E. V., Hood E. E., McKnight T. D., Shippen D. E. // Plant J. - 2001. - V. 26. - № 1. - P. 77-87.

• Shakirov E.V. Effect of nutrients on the accumulation of glutamyl endopeptidase in the culture liquid of Bacillus intermedius 3-19 / Shakirov E.V., Gabdrakhmanova L.A., Balaban N.P., Sharipova M.R., Leshchinskaya I.B., Rudenskaya G.N. // Microbiology (Mikrobiologiya). - 2000. - V. 69. - № 1. - P. 21-25.
• Sharipova M. R. Factors influencing the cellular location of proteolytic enzymes of Bacillus intermedius / Sharipova M. R., Shakirov E. V., Gabdrakhmanova L. A., Balaban N. P., Kalacheva N. V., Rudenskaya G. N., Leshchinskaya I. B. // Med Sci Monit. - 2000. - V. 6. - № 1. - P. 8-12.
• Sharipova M.R. The cellular location of proteolytic enzymes of Bacillus intermedius / Sharipova M.R., Shakirov E.V., Balaban N.P., Gabdrakhmanova L.A., Shilova M.A., Leshchinskaya I.B., Rudenskaya G.N. // Microbiology (Mikrobiologiya). - 2000. -V. 69. - № 5. -P. 552-558.
• Gabdrakhmanova L.A. Optimized medium for the efficient production of Bacillus intermedius glutamyl endopeptidase by the recombinant Bacillus subtilis strain AJ73 / Gabdrakhmanova L.A., Shakirov E.V., Balaban N.P., Sharipova M.R., Leshchinskaya I.B., Rudenskaya G.N., Kostrov S.V., Akimkina T.V. // Microbiology (Mikrobiologiya). - 2000. - V. 69. - № 5. - P. 546-551.

• Gabdrakhmanova L.A. Biosynthesis and localization of glutamylendopeptidase from Bacillus intermedius strain 3-19 / Gabdrakhmanova L.A, Shakirov E.V, Balaban N.P., Sharipova M.R., Rudenskaya G.N., Leshchinskaya I.B. // Microbios. - 1999. - V.100. -№ 396. - P. 97-108.

• Ицкович Е. Л. Тромболитические и антикоагулянтные свойства тиолзависимой сериновой протеиназы Bacillus intermedius 3-19 / Ицкович Е. Л., Лютова Л. И., Балабан Н. П., Марданова А. М., Шакиров Е. В., Шарипова М. Р., Лещинская И. Б., Руденская Г. Н. // Вопросы медицинской химии - 1998. - Т. 44. - № 3. - С. 288-291

• Itskovich E. L. Enzymatic properties of thiol-dependent serine proteinase of Bacillus intermedius 3-19 / Itskovich E. L., Balaban N. P., Mardanova A. M., Shakirov E.V., Sharipova M.R., Leshchinskaya I.B., Ksenofontov A.L., Rudenskaya G.N. //Biochemistry (Mosc). - 1997. -V. 62. - № 1. - P. 49-53.
• Leshchinskaya I. B. Glutamyl endopeptidase of Bacillus intermedius strain 3-19. Purification, properties, and crystallization / Leshchinskaya I. B., Shakirov E. V., Itskovitch E. L., Balaban N. P., Mardanova A. M., Sharipova M. R., Blagova E. V., Levdikov V. M., Kuranova I. P., Rudenskaya G. N., Stepanov V. M. // Biochemistry (Mosc). - 1997. -V. 62. - № 8. - P. 903-908.
• Leshchinskaya I. B. Glutamyl endopeptidase of Bacillus intermedius, strain 3-19 // Leshchinskaya I. B., Shakirov E. V., Itskovitch E. L., Balaban N. P., Mardanova A. M., Sharipova M. .R, Viryasov M. B., Rudenskaya G. N., Stepanov V. M. / FEBS Lett. - 1997. -V. 404. - P. 241-244.