• Rudakova N.L., Sabirova A.R., KhasanovD.I., Danilova I.V., Sharipova M.R. Regulating pathways of Bacillus pumilus adamalysin-like metalloendopeptidase expression / International Journal of Molecular Sciences, Special Issue "10th Anniversary of the Institute of Fundamental Medicine and Biology, Kazan Federal University". 2024. ? V.25(1), 62. https://doi.org/10.3390/ijms25010062 (Q1 WoS Scopus IF=5,6)

• Sharipova, M.R. Biofilm formation by mutant strains of bacilli under different stress conditions / M.R. Sharipova, N.L. Rudakova, A. M. Mardanova, V. Evtugyn, Y. A. Akosah, I. V. Danilova, A.D. Suleimanova // Microorganisms. – 2023. – V.11. - №6. – P.1486. https://doi.org/10.3390/microorganisms11061486
  F_Sharipova_2023_Microorganisms.pdf

• Danilova Iu.V. Whole-genome sequencing and the identification of genes responsible for the synthesis of growth-stimulating properties in the genome of the rhizosphere strain Bacillus intestinalis GM2/ Danilova Iu.V., Lutfullina G.F., Lutfullin M.T., Pudova D.S.// Материалы 3-ей Международной научной конференции PLAMIC2022 «Растения и микроорганизмы: биотехнология будущего», 2022 г., Санкт-Петербург. С. 78.
• Elistratova A. A. Serratia marcescens DUF1471-Containing Protein SrfN Is Needed for Adaptation to Acid and Oxidative Stresses / A. A. Elistratova, L. E. Matrosova, I. V. Khilyas, T. V. Shirshikova, I. V. Danilova, A. V. Laikov, Y. D. Romanova, C. G. Sierra-Bakhshi, M. R. Sharipova, L. M. Bogomolnaya // mSphere. - 2022. - DOI: https://doi.org/10.1128/msphere.00212-22
  msphere.00212_22.pdf

• Shirshikova TV, Sierra-Bakhshi CG, Kamaletdinova LK, Matrosova LE, Khabipova NN, Evtugyn VG, Khilyas IV, Danilova IV, Mardanova AM, Sharipova MR, Bogomolnaya LM. 2021. The ABC-type efflux pump MacAB is involved in protection of Serratia marcescens against aminoglycoside antibiotics, polymyxins, and oxidative stress. mSphere 6:e00033-21. https://doi.org/10.1128/mSphere.00033-21.
  F_mSphere_2021_Shirshikova_e00033_21.full.pdf

• Danilova I. The practical potential of bacilli and their enzymes for industrial production / Iuliia Danilova, Margarita Sharipova // Front Microbiol. Review. - 2020. - № 11:1782. doi: 10.3389/fmicb.2020.01782.
  F_Danilova_Obzor.pdf
  F_Danilova_Obzor.pdf

• Патент №2663128: «Способ иммобилизации фермента субтилизиноподобная протеиназа, продуцируемого штаммом бактерии рода Bacillus вида Bacillus sp.7P/3-19, на инструменте» Данилова Ю.В., Замалеева А.И., Фахруллин Р.Ф., Шарипова М.Р., Тойменцева А.А., Михайлова Е.О. Заявка № 2017137937, дата подачи заявки 31.10.2017. Опубликовано 01.08.2018, Бюл. №22.
• Low molecular weight metabolites secreted through an ABC-type efflux pump MacAB protect Serratia marcescens against hydrogen peroxide / L. Matrosova, I. Khilyas, T. Shirshikova, L. Kamaletdinova, Y. Danilova, M. Sharipova, L. Bogomolnaya // FEBS Open Bio 8 (Suppl. S1) p. 382-383 (2018) 107–496 DOI: 10.1002/2211-5463.12453
  2018_FEBS_Open_Bio__pdf.io___1_.pdf

• Danilova I.V. The Genetic Mechanism of Resistance to Antibiotics in Bacillus pumilus 3-19 Strain / I. V. Danilova, A. A. Toymentseva, D. S. Baranova, M. R. Sharipova // BioNanoScience.- 2017.P- 1-4.
• «Биологические эффекты бациллярных протеиназ». Данилова Юлия Васильевна, Шарипова Маргарита Рашидовна. Утверд.: Казань, Казанский (Приволжский) Федеральный Университет, Дисс., 2015. LAP LAMBERT Academic Publishing. ISBN: 978-3-330-34432-7, 2017.
• Патент №2622006: «Применение рекомбинантного штамма Bacillus subtilis ЕО-11 ВКПМ 11978 в качестве продуцента субтилизиноподобной протеиназы, вещества с тромболитическими и антикоагулянтными свойствами» Данилова Ю.В., Балабан Н.П., Шарипова М.Р., Марданова А.М., Михайлова Е.О., Руденская Г.Н., Лютова Л.В. Заявка №2015122902, дата подачи заявки 15.06.2015. Дата публикации заявки 10.01.2017, Бюл. №1. Опубликовано 08.06.2017, Бюл. №16.
• Патент №2611378: «Применение рекомбинантного штамма Bacillus subtilis ТВ-06 в качестве продуцента глутамилэндопептидазы, вещества с тромболитическими и антикоагулянтными свойствами» Данилова Ю.В., Балабан Н.П., Шарипова М.Р., Марданова А.М., Руденская Г.Н., Шамсутдинов Т.Р., Лютова Л.В. Заявка № 2015117613, дата подачи заявки 08.05.2015. Дата публикации заявки 27.11.2016, Бюл. №33. Опубликовано 21.02.2017, Бюл. №6.

• A. Toymentseva. Genomic characterization of two Bacillus pumilus strains / A. Toymentseva, I. Danilova, D. Baranova, E. Boulygina, M. Markelova, M. Sharipova // FEBS J. - 2016. - V. 283 (S1) – P. 239.
• Khilyas I.V. Genomic comparison of siderophore diversity in clinical and environmental isolates of Serratia marcescens / I.V. Khilyas, T.V. Shirshikova, L.E. Matrosova, Y.V. Danilova, M.R. Sharipova, L.M. Bogomolnaya // The FEBS Journal. - Vol. 283. - S.1. - P. 370-371.
  2016_The_FEBS_Journal.pdf
• Данилова Ю.В. Выявление мутаций в геномах двух штаммов Bacillus pumilus, ответственных за возникновение устойчивости к антибиотику / Ю. В. Данилова, А.А. Тойменцева, Д.С. Баранова, А.М. Марданова, М.Р. Шарипова // ActaNature. Спецвыпуск. Т2. Научные труды V Съезд физиологов СНГ, V Съезд биохимиков России, Сочи-Дагомыс, 4-8 октября 2016. - с. 234.
• Тойменцева А.А. Получение рекомбинантных протеаз Bacillus pumilus, расщепляющих β–амилоидный пептид / Тойменцева А.А., Данилова Ю.В., Тихонова А.О., Шарипова М.Р., Балабан Н.П. // Биоорганическая химия. – 2016. – Т. 42. – № 1. – С. 62-66
• Матросова Л.Е. АНТИОКСИДАНТНЫЕ СВОЙСТВА ЭКСТРАКЛЕТОЧНЫХ БЕЛКОВ S. MARCESCENS SM6 / Л.Е. Матросова, Ю.В. Данилова, И.В. Хиляс, Т.В. Ширшикова, М.Р. Шарипова, Л.М. Богомольная // ACTA NATURAE. - 2016. - Т.2. - С. 168.
  AbstractBook_Vol2.pdf

• Тойменцева А.А., Данилова Ю.В., Балабан Н.П., Марданова А.М., Шарипова М.Р. Действие бациллярных протеиназ на матриксные металлопротеиназы разных клеточных линий. // Гены & Клетки. 2014. Т. 9, №3-2, С. 253-257.
• Данилова Ю.В., Кириллова Ю.М., Рудакова Н.Л., Богомольная Л.М., Балабан Н.П., Шарипова М.Р. Действие метцинкиновой металлопротеиназы бацилл на перевиваемые культуры клеток животных. Гены и клетки, 2014, 9(1), 72-76

• А.Д.Сулейманова, Ю.В.Данилова, Р.Грайнер, М.Р.Шарипова / НОВАЯ БАКТЕРИАЛЬНАЯ ВНУТРИКЛЕТОЧНАЯ ФИТАЗА ЭНТЕРОБАКТЕРИЙ: ВЫДЕЛЕНИЕ И ХАРАКТЕРИСТИКА // БИООРГАНИЧЕСКАЯ ХИМИЯ, 2013, том 39, № 4, с. 1–7
• Балабан, Н.П. Свойства глутамилэндопептидазы Bacillus pumilus на разных фазах роста рекомбинантного штамма / Н.П. Балабан, Ю.В. Данилова, Т.Р. Шамсутдинов, А.М. Марданова, А.М.Черемин, Г.Н. Руденская, М.Р. Шарипова. // Биоорганическая химия. 2013. Т 39, № 1. С. 1-9.

• Данилова, Ю.В. Тромболитическая и фибринолитическая активность бактериальных протеаз [Текст] / Ю.В. Данилова, А.М. Черёмин, А.И. Замалеева, А.М. Марданова, Н.М. Замалютдинова, М.Р. Шарипова // Клеточная трансплантология и тканевая инженерия. 2012. Т. 8, № 3. С. 1-3.
• Кириллова Ю.М., Данилова Ю.В., Шарипова М.Р. Действие бактериальных сериновых протеиназ на перевиваемые культуры клеток животных // Клеточная трансплантология и тканевая инженерия. 2012. Т. 7. № 3.С. 88-91.
• Ю.В. Данилова, Н.П. Балабан, Т.Р. Шамсутдинов, М.Р. Шарипова СРАВНИТЕЛЬНАЯ ХАРАКТЕРИСТИКАГЛУТАМИЛЭНДОПЕПТИДАЗЫ Bacillus pumilus,СЕКРЕТИРУЕМОЙ РЕКОМБИНАНТНЫМ ШТАММОМ Bacillus subtilis НА РАЗНЫХ ФАЗАХ РОСТА// Ученые записки Казанского университета, 2012. Том 154, кн. 2. С.1-9.
• Мартынова, Е.В. Биобезопасная модель аденовирусной инфекции: влияние бактериальных протеаз на инфицирование клеток человека in vitro. Е.В. Мартынова, Ю.В. Данилова, В.А. Анохин, А.А. Ризванов, М.Р. Шарипова // Клеточная трансплантология и тканевая инженерия. 2012. Т. 8, № 3. С. 1-3.

• Данилова Ю.В., Балабан Н.П., Шамсутдинов Т.Р., Марданова А.М., Шарипова М.Р. / Среда для культивирования рекомбинантного штамма Bacillus subtilis с модифицированным геном глутамилэндопептидазы Bacillus intermedius // Ученые записки Казанского университета. Серия Естественные науки. 2011. Т. 153. кн. 2.С.51-63

• Рудакова Н.Л. Характеристика цинкзависимой эндопептидазы Bacillus intermedius / Н.Л. Рудакова, Н.П. Балабан, Ю.В. Данилова, Г.Н. Руденская, М.Р. Шарипова // Биохимия. - 2010. - Т.75. - №10/ - C. 1462-1470.
  KhARAKTERISTIKA_CINKZAVISIMOJ_ENDOPEPTIDAZY_BACILLUS_INTERMEDIUS___Rudakova_Biokhimiya_2010.pdf

• Шамсутдинов Т.Р., Балабан Н.П., Марданова А.М., Данилова Ю.В., Руденская Г.Н., Шарипова М.Р. Выделение и характеристика глутамилэндопептидазы Bacillus intermedius, секретируемой рекомбинантным штаммом Bacillus subtilis на разных фазах роста // Биоорганическая химия. – 2008. – Т. 34. – № 3. – С. 322-326.