К началу Великой Отечественной войны Казанский университет значительно окреп и вырос. В его составе было 6 факультетов, 33 кафедры, 15 лабораторий, 2 обсерватории, биологическая станция, 2 научно-исследовательских института, научная библиотека. Количество студентов в 1940-1941 годах превысило 2000 человек.
Основным документом, отразившим порядок перестройки учебного процесса, стало письмо Наркомпроса РСФСР от 1 июля 1941 года: переход на трехлетнее обучение, по 42 часа в неделю, летние каникулы сократились до 1 месяца, зимние – до 1 недели. Учебный год, как правило, начинался с большим опозданием.
Конечно, перестройка перечисленными мерами не исчерпалась, тем более что в течение 41-42 годов систематических занятий в КГУ не проводилось. Во-первых, потому что в июле 1941-го было принято решение перебазировать в Казань 33 из 85 научных учреждений АН СССР. Естественно их надо было разместить. Университету пришлось сильно потесниться: эвакуированных расселяли в студенческое общежития, в домах сотрудников, была проблема с размещением оборудования. Во-вторых, студентов и аспирантов постоянно отвлекали от учебы, для участия в работах разгрузки – погрузки. Они работали на полях колхозов и совхозов, убирали снег со взлетной полосы аэродрома, кололи дрова. В третьих, огромное число мобилизованных на фронт. В конце октября практически все студенты и преподаватели были мобилизованы на строительство Волжского оборонительного рубежа.
В учебный план было внесено 120 часов обучения сельскохозяйственным работам: чтобы студенты могли оказать квалифицированную помощь селянам. Были приняты новые правила приема в университет, их цель – облегчить поступление. Тем не менее, в 1941 и 1944 годах университет план приема не выполнялся. Существенно изменился качественный состав студентов, из года в год росло количество демобилизованных по ранению. Появились студенты из Украины, Белоруссии, Прибалтики и других регионов. Профессорско-преподавательский состав тоже менялся: мобилизованные казанские преподаватели заменялись эвакуированными профессорами.
Содружество эвакуированных ученых и сотрудников КГУ в годы войны дало свои плоды. В ноябре 41-го был создан научно-технический совет при Госплане ТАССР, который занимался разработкой теоретических и практических вопросов, имеющих народнохозяйственное и оборонное значение, организацией научных консультаций и экспертиз по различным отраслям народного хозяйства, выявлением и мобилизацией ресурсов Татарстана для нужд фронта и тыла. НТС возглавил пред. Госплана ТАССР П.П.Цыбин, зам. стал проф. Л.М.Миропольский. НТС делился на секции: минерального сырья, нефти, энергетики, растительного сырья, транспорта и др. Актив секций состоял из 250 научных работников и 25 представителей различных учреждений. А.Е.Арбузов получил вещества, сыгравшие важную роль для производства оптических приборов. Б.А.Арбузов работал над повышением морозостойкости синтетического каучука. Н.А.Ливанов принимал участие в разработке технологии производства пищевых белков и витаминов. Под рукодством С.Н.Ушакова был разработан способ получения новых видов пластмасс для оборонной промышленности. Г.Х.Камай участвовал в разработке технологии получения новых видов кетгута. Изыскания А.В.Вишневского, В.А.Гусынина, Б.Л.Мазура, А.Н.Мурзина, И.И.Русецкого, Н.В.Соколова, Л.И.Шулутко и др. позволили обеспечить эффективное лечение раненых. В области производства лечебных препаратов работали А.Д.Бейлинсон, П.Н.Кашкин, А.Э.Озол, Н.Р.Стрелков и др. Деятельность А.А.Абдулбаниева, Х.Х.Байчуровой, Е.Н.Борисовой, Ш.В.Валеева, П.С.Зубкова, Г.И.Попова, Н.П.Попова, А.П.Студенцова, П.М.Тихонова, И.В.Утея, В.Г.Чагина, З.Х.Шарафа имела научно-практическое значение для развития сельского хозяйства республики. За время работы НТС в производство были внедрены новые способы получения белых маскировочных красок, противопожарных покрытий, гематогена, зубного цемента, ланолина, абразивных материалов, противохимических пакетов, керамических изделий, медицинского гипса и эфира. Прекратил деятельность в апреле 1944.