К началу Великой Отечественной войны Казанский университет значительно окреп и вырос. В его составе было 6 факультетов, 33 кафедры, 15 лабораторий, 2 обсерватории, биологическая станция, 2 научно-исследовательских института, научная библиотека. Количество студентов в 1940-1941 годах превысило 2000 человек.
В воскресный день 22 июня студенты готовились к последним экзаменам, но как только пришло известие о начале войны, вышли на митинг. Была принята резолюция: «Студенты Казанского Государственного университета… заверяют советское правительство в своей полной готовности по первому их зову, до последней капли крови защищать честь и свободу социалистической Родины».
Началась мобилизация. К 1 октября 1941 года из 1198 комсомольцев осталось не многим более 600 человек, к 1 декабря – 49. Начавшаяся война внесла существенные коррективы во все сферы жизнедеятельности университета. На повестку дня встала исключительно важная и сложная задача – оказать совместно с научными силами Татарии действенную помощь промышленности, сельскому хозяйству в быстрейшей их перестройке для работы в условиях военного времени. Была и другая, не менее важная задача – по возможности сохранить, несмотря на сокращение преподавателей и студентов, достигнутый уровень подготовки специалистов.
Основным документом, отразившим порядок перестройки учебного процесса, стало письмо Наркомпроса РСФСР от 1 июля 1941 года: переход на трехлетнее обучение, по 42 часа в неделю, летние каникулы сократились до 1 месяца, зимние – до 1 недели. Учебный год, как правило, начинался с большим опозданием.
Конечно, перестройка перечисленными мерами не исчерпалась, тем более что в течение 41-42 годов систематических занятий в КГУ не проводилось. Во-первых, потому что в июле 1941-го было принято решение перебазировать в Казань 33 из 85 научных учреждений АН СССР. Естественно их надо было разместить. Университету пришлось сильно потесниться: эвакуированных расселяли в студенческое общежития, в домах сотрудников, была проблема с размещением оборудования. Во-вторых, студентов и аспирантов постоянно отвлекали от учебы, для участия в работах разгрузки – погрузки. Они работали на полях колхозов и совхозов, убирали снег со взлетной полосы аэродрома, кололи дрова. В третьих, огромное число мобилизованных на фронт. В конце октября практически все студенты и преподаватели были мобилизованы на строительство Волжского оборонительного рубежа.
Аудиторий не хватало, на биологическом факультете читали лекции прямо в коридоре на третьем этаже; отопления не было – даже стены были заиндевелые. Студенты Г.Вульфсон и Н.Муньков вспоминали: «Слушать и записывать лекции было трудно, чернила мерзли, поэтому приходилось брать чернильницу в руки и дышать на нее, не хватало даже простых карандашей».
В учебный план было внесено 120 часов обучения сельскохозяйственным работам: чтобы студенты могли оказать квалифицированную помощь селянам. Были приняты новые правила приема в университет, их цель – облегчить поступление. Тем не менее, в 1941 и 1944 годах университет план приема не выполнялся. Существенно изменился качественный состав студентов, из года в год росло количество демобилизованных по ранению. Появились студенты из Украины, Белоруссии, Прибалтики и других регионов. Профессорско-преподавательский состав тоже менялся: мобилизованные казанские преподаватели заменялись эвакуированными профессорами.
Большая работа легла на плечи сотрудников Научной библиотеки: она должна была обслуживать и «своих» абонентов, и эвакуированные научные институты, и раненых в госпиталях. Только по заявкам раненых было выдано 3 тысячи экземпляров книг и журналов.
Содружество эвакуированных ученых и сотрудников КГУ в годы войны дало свои плоды. В ноябре 41-го был создан научно-технический совет при Госплане ТАССР, который занимался разработкой теоретических и практических вопросов, имеющих народнохозяйственное и оборонное значение, организацией научных консультаций и экспертиз по различным отраслям народного хозяйства. В работе НТС принимали участие академики А.Е.Арбузов, А.Е.Порай-Кошиц, профессора В.И.Баранов, Н.А.Ливанов, И.А.Дюков, Н.Н.Качалов и другие.
В июле 42-го была создана Комиссия по мобилизации ресурсов Поволжья и Приуралья на нужды обороны. Она состояла из восьми секций: нефтяной, энергетической, минерально-сырьевой, сельскохозяйственной, зооветеринарной, химической, водохозяйственной, экономической.
Успешно развивалась деятельность математиков и физиков, установивших тесные контакты с промышленными предприятиями Казани. Выдающимся стало открытие Е.К.Завойским явления парамагнитного резонанса (1944). Продолжая ранее начатые исследования, химики включились в разработку наиболее актуальных в связи с войной тем. Работать приходилось в крайне стесненных условиях. Они приняли активное участие в организации производства сульфамидных препаратов, медицинского эфира и глюкозы для госпиталей. Под руководством А.Ф.Богоявленского группа ученых занималась изготовлением зажигательной смеси, которая использовалась в качестве противотанкового средства.
На биологическом факультете успешно изучали действие некоторых полимеров при заживлении кожных ран. Исключительно важное место в работе геологов заняли поиски стройматериалов и источников водоснабжения в пределах оборонительного рубежа. На историко-филологическом факультете изучали борьбу народов России за свободу и независимость.
Всего за время войны в Казанском университете было выполнено около 300 научных работ.
С первых дней войны университет, как и многие другие, шефствовал над госпиталями. Главной в этой работе стала помощь по уходу. Особое значение приобрели агитационные беседы: студенты читали раненым передовицы «Правды», сводки «Информбюро», разъясняли правила противовоздушной и противохимической обороны.
Самое активное участие приняли студенты и сотрудники в оказании помощи по восстановлению освобожденных советских городов: Сталинграда, Орла, работали в Донбассе.
Не все ушедшие на фронт вернулись: при освобождении Гжатска погиб батальонный комиссар А.П.Плакатин, бывший декан историко-филологического факультета; смертью героя погиб старший лейтенант Г.С.Хамитов, ассистент физико-математического факультета; на Украине погиб сотрудник Астрономической обсерватории А.Ш.Гайнуллин. И еще 88 человек, память которых увековечена на «Камне славы» (установлен в главном здании). Вернулись: М.Т.Нужин, Е.П.Бусыгин, С.А.Альтшулер, В.М.Винокуров, Н.М.Непримеров, И.М.Романов и десятки других.