Зоомузей и гербарий им. Э.А.Эверсмана относится к числу старейших в России хранилищ этого профиля, а по богатству и исторической ценности коллекций является одним из самых значительных зоологических музеев страны.
Сегодня музей состоит из восьми залов, расположенных по фасаду второго этажа восточного крыла главного здания университета. Коллекция музея включает экспонаты из двадцати трёх видов животных. Его фонды насчитывают 3,5 тысячи единиц хранения позвоночных, 750 единиц хранения насекомых (30-40 тысяч экземпляров), 4 тысячи экземпляров и единиц хранения других беспозвоночных.
Значение фондов Ботанического музея выходит далеко за пределы научных и учебных целей кафедры ботаники и всего Казанского университета. Фонды музея используются для проведения экскурсий для студентов вузов Казани и обширной консультационной работы. Наиболее важными направлениями деятельности музея являются: сохранение и постоянное пополнение гербарных коллекций, экспедиционная работа, развёртывание постоянной экспозиции, формирование коллекций прикладного назначения формирование серии атласов и определителей.
Анатомический музей (кафедры морфологии и общей патологии) содержит естественные анатомические препараты тела человека с подробностями строения органов, как в норме, так и при патологии. В настоящее время музей насчитывает более 350 экспонатов по всем разделам анатомии человека – остеологии, миологии, артросиндесмологии, спланхнологии и ангиологии и неврологии.