В состав кафедры прикладной экологии входят несколько научно-учебных лабораторий:

• Лаборатория экологического контроля (ЛАЭК КФУ)
  
• Лаборатория экологических инноваций
• Лаборатория биологической и продовольственной безопасности
  
• Лаборатория экологической безопасности