Сотрудничество со странами СНГ – одна из наиболее активных и интенсивно развивающихся областей международной деятельности КФУ. Перспективным направлением на сегодняшний день является привлечение соотечественников из СНГ на обучение в КФУ, как за счет средств федерального бюджета, так и на контрактных условиях. Динамика роста числа обучающихся в КФУ студентов и аспирантов из СНГ обусловлена политикой Казанского университета по привлечению иностранных граждан: в 2012/13 учебном году наибольшее число студентов из СНГ прибыло из Туркменистана, Казахстана, Узбекистана и Кыргызстана.

С рядом университетов и научно-образовательных центров стран СНГ у КФУ подписаны соглашения о сотрудничестве. Наиболее активными партнерами являются вузы и организации Казахстана, Узбекистана, Кыргызстана и Азербайджана, с которыми осуществляется как совместная научная деятельность, так и ежегодная академическая мобильность.