Магистерская программа Хемоинформатика и молекулярное моделирование разработана в сотрудничестве со Страсбургским университетом, в котором действует старейшая магистратура по хемоинформатике, открытая в 2001 году. Первый набор в магистратуру Хемоинформатика и молекулярное моделирование Казанского университета был совершен в 2012 году.

В 2013 году было подписано соглашение о создании магистратуры двойного диплома совместно со Страсбургским университетом (Франция). В рамках данной программы учащиеся получили возможность пройти год обучения в Казанском университете и год в Страсбургском университете с получением дипломов двух университетов. Также возможно получение образования только в Казанском университете с присуждением одного диплома.  

В 2015 магистратура прошла международную аккредитацию, в качестве независимых международных экспертов выступила группа специалистов из немецкого агентства ZEvA, основной сферой деятельности которого с 1995 года является обеспечение качества в области высшего образования не только в Германии и Европе, но и по всему миру.

В 2015 был подписан договор о сотрудничестве с биофармацевтической компанией BIOCAD, который делает возможным прохождение практики и выполнение дипломной работы на их базе, а также предполагает участие представителей данной компании в процессе обучения студентов.