Идея создания музея истории одного из старейших университетов России была высказана в первый послевоенный год в университетской газете «Ленинец» студентом историко-филологического факультета Ефимом Бушканцем (впоследствии профессор Казанского педагогического института, доктор филологических наук). Однако прошло более тридцати лет, прежде чем эта идея осуществилась.

Музею было выделено одно из самых примечательных помещений главного корпуса университета, которое имеет интересную историю. В конце XVIII века на окраине Воскресенской улицы (ныне улица Кремлевская) был выстроен двухэтажный дом для губернатора. В 1798 году этот дом передали Первой Императорской Казанской гимназии; в его западной части разместились классные комнаты и физический кабинет. В 1825 году после завершения строительства по проекту архитектора П.Г.Пятницкого университетского корпуса, соединившего здание гимназии с «тенишевским» домом (так он назывался по имени прежнего владельца), это помещение было перестроено в церковь. После 1917 года она использовалась как физкультурный зал, в 1941-1943 годах в ней оборудовали общежитие для эвакуированных сотрудников Академии Наук СССР из Москвы и Ленинграда; позднее в течение двух десятилетий здесь работал один из читальных залов Научной библиотеки имени Н.И.Лобачевского.

Работа по созданию музея началась в сентябре 1978 года. Университет готовился к своему 175-летию.

Помещение бывшей церкви было еще занято читальным залом, и для «дирекции» будущего музея выделили стол в парткабинете. В этот предъюбилейный год подлинный энтузиазм охватил буквально весь университет. В парткабинете было всегда многолюдно. Преподаватели, сотрудники, студенты и выпускники разных лет приносили найденные в домашних архивах, на кафедрах документы, фотографии, сообщали фамилии и адреса обладателей университетских реликвий, с интересом расспрашивали о наших находках: ведь за каждой  из них - история, человеческая судьба, великие имена. Одна из первых реликвий будущего музея – личная печатка Н.И. Лобачевского была передана профессором А.П. Норденом, хранившим ее более двадцати лет. Это стало настоящей сенсацией!

Активно включились в поиск профессора Б.Л.Лаптев, С.А. Альтшулер, Л.Н. Зефиров, работники библиотеки В.В. Аристов и Н.В. Ермолаева, сотрудники разных кафедр А.С. Казанцева, Т.Н. Добрецова, Т.Г. Григорьева, Л.В. Ананьева, Р.К. Николаева, начальник отдела кадров В.М. Дука, студенты – историки И.Завьялова, А.Лебедев, Н. Федорова…

О том, что создается музей, узнали и за пределами Казани. Среди первых откликнулись дочь Е.К. Завойского Наталия Евгеньевна, семьи Чеботаревых и Горяевых, дочери известных хирургов В.И. Разумовского и А.В. Вишневского, бывший ректор П.Н. Галанза, выпускники разных лет Н.А. Васильев (1917) и Ю.С. Наживин (1963). Большую помощь оказал Центральный государственный архив ТАССР (ныне Национальный архив Республики Татарстан), его директор Л.В. Горохова. За несколько месяцев был собран богатейший материал по истории университета, истории отечественной науки, культуры, общественной мысли. Это стало лишь началом. Собирательская работа, полная неожиданностей, удач и разочарований, продолжалась, не прекращается и поныне.

30 ноября 1979 года, в один из дней празднования юбилея университета, музей принял своих первых посетителей.

Спустя тридцать лет трудно представить, что создан музей был за год и два месяца. Это стало возможным благодаря самоотверженному труду его небольшого коллектива в составе которого опытные, высокопрофессиональные музейщики: научный руководитель работ, автор экспозиции С.В. Писарева и хранитель фондов И.В. Жизневская, Н.В. Пельникевич – выпускница истфилфака 1979 года, художники Б.М. Салосин, В.Ф. Зиновьев и другие, а также благодаря помощи и поддержке ректоров М.Т. Нужина и А.И. Коновалова, заместителя секретаря парткома В.С. Королева, проректора Н.В. Одринского, директора научной библиотеки КГУ А.С. Гурьянова, заведующего лабораторией МРС (магнитной радиоспектроскопии) Е.И. Кириллова.

В канун 200-летия университета коллектив музея активно работал над обновлением и совершенствованием экспозиции и благодаря помощи руководства КГУ, лично ректора М.Х. Салахова состоялось его второе рождение. (Автор экспозиции С.В. Писарева, автор архитектурно-художественного проекта В.А. Ткаченко, экспозиционеры В.Н. Ложкина и М.Г. Хабибуллина, художественно-техническое обеспечение проекта – ООО ПТК «Музейный центр»).

Сегодня музей известен не только в Казани, но и в России и за ее пределами, он стал важнейшим центром пропаганды отечественной науки и культуры, крупнейшим центром культурной жизни города.