Геологический музей  им. А.А.Штукенберга Казанского университета берет своё начало с 1804 года, с момента основания самого университета, который базировался на существовавшей в то время гимназии. Там хранились горные породы, минералы, гербарии местной породы и проводились метеорологические наблюдения. Важным отличием от многих региональных геологических музеев того времени было то, что здесь хранились также экспонаты, привезенные из-за границы.

Стоит отметить, что музей носит имя учёного, профессора Александра Антоновича Штукенберга, который был коллекционером и оставил ценные материалы для изучения многим другим исследователям. Это послужило основой для создания в Казани уникальных музейных коллекций: остатков постплиоценовых млекопитающих востока России, пермских растений, метеоритов, а также коллекции по минералогии и петрографии Урала. В Петербурге и Центральном геологическом музее Геолкома России хранятся его монографические коллекции по кораллам и мшанкам карбона.

Экспозиция музея размещается на двух этажах в здании бывшей Духовной семинарии, а ныне – Института геологии и нефтегазовых технологий университета.