• Gorshkov V.Y. Differential modulation of the lipoxygenase cascade during typical and latent Pectobacterium atrosepticum infections / Toporkova Y.Y.,T sers I.D., Smirnova E.O., Ogorodnikova A.V., Gogoleva N.E., Parfirova O.I., Petrova O.E., Gogolev Y.V. // Annals of Botany - 2022 - 129, 3
• Chugunova E. DFT Quantum-Chemical Calculation of Thermodynamic Parameters and DSC Measurement of Thermostability of Novel Benzofuroxan Derivatives Containing Triazidoisobutyl Fragments / Shaekhov T., Khamatgalimov A., Gorshkov V., Burilov A. // International Journal of Molecular Sciences - 2022 - 23, 3 - 1471

• Ponomareva M.L., Gorshkov V.Y., Ponomarev S.N., Korzun V., Miedaner T. Snow mold of winter cereals: a complex disease and a challenge for resistance breeding. Theoretical and Applied Genetics, 134(2).
• Gorshkov V. The knockout of enterobactin-related gene in pectobacterium atrosepticum results in reduced stress resistance and virulence towards the primed plants / Parfirova O., Petrova O., Gogoleva N., Kovtunov E., Vorob'ev V., Gogolev Y. // International Journal of Molecular Sciences. – 2021. - 22,17. - 9594.
• Petrova O. Stringent Response in Bacteria and Plants with Infection / Parfirova O.,Gogolev Y.,Gorshkov V. // Phytopathology - 2021 - 111, 10
• Gorshkov. V. The modification of plant cell wall polysaccharides in potato plants during Pectobacterium atrosepticum-caused infection / Gorshkov. V., Tsers I., Islamov B., Ageeva M., Gogoleva N., Mikshina P., Parfirova O., Gogoleva O., Petrova O., Gorshkova T., Gogolev Y. // Plants. – 2021. - 10, 7. - 1407.
• Tsers I. Alterations in the transcriptome of rye plants following the microdochium nivale infection: Identification of resistance/susceptibility-related reactions based on RNA-seq analysis / Meshcherov A., Gogoleva O., Petrova O., Gogoleva N., Ponomareva M., Gogolev Y., Korzun V., Gorshkov V. // Plants - 2021 - 10 - 2723
• Горшков В.Ю. Молекулярные основы иммунитета растений / Казань: АО Компания «Интайп», 2021. – 37 с
• Islamov B. The role of pectobacterium atrosepticum exopolysaccharides in plant–pathogen interactions / Petrova O., Mikshina P., Kadyirov A., Vorob'ev V., Gogolev Y., Gorshkov V. // International Journal of Molecular Sciences - 2021 - 22 - 12781

• Tsers I., Gorshkov V., Gogoleva N., Parfirova O., Petrova O., Gogolev Y. Plant soft rot development and regulation from the viewpoint of transcriptomic profiling. Plants, 9(9), 1176
• Gorshkov V., Osipova E., Ponomareva M., Ponomarev S., Gogoleva N., Petrova O., Gogoleva O., Meshcherov A., Balkin A., Vetchinkina E., Potapov K., Gogolev Y. Rye snow mold‐associated microdochium nivale strains inhabiting a common area: Variability in genetics, morphotype, extracellular enzymatic activities, and virulence. Journal of Fungi, 6(4), 335
• Chugunova E., Gazizov A., Sazykina M., Akylbekov N., Gildebrant A., Sazykin I., Burilov A., Appazov N., Karchava S., Klimova M., Voloshina A., Sapunova A. Design of novel 4-aminobenzofuroxans and evaluation of their antimicrobial and anticancer activity. International Journal of Molecular Sciences, 21(21), 8292

• тезисы конференции ВИЗР (еще не издано)
• Растущая резистентность микроорганизмов к различным стрессорам является актуальной проблемой. Ключевым регулятором адаптивных реакций бактерий считается альтернативный сигма фактор RpoS, контролирующий экспрессию генов резистентности бактерий. Однако недавно были описаны особые адаптивные реакции бактерий, которые не зависят от действия RpoS, но приводят к формированию перекрестной устойчивости. Цель работы: выяснение роли RpoS в формировании бактериальной устойчивости, в том числе, перекрестной. В качестве объекта изучения стрессового ответа бактерий использовали фитопатогенный микроорганизм Pectobacterium atrosepticum.
• Vorob'ev Vladimir N., Sibgatullin Timur A., Sterkhova Kseniya A., Timofeeva O.F. Ytterbium increases transmembrane water transport in Zea mays roots via aquaporin modulation//BIOMETALS. - 2019. - Vol., Is.. - 1-8.
• Тендюк, Н. В. Экстраклеточный белок Svx - потенциальный участник "диалога" пектобактерий и растений [Текст] / Н. В. Тендюк, Н. Е. Гоголева, С. С. Дмитриева, В. Ю. Горшков, Ю. В. Гоголев // IX Съезд общества физиологов растений России ?Физиология растений ? основа создания растений будущего?: тезисы докладов, Казань, 18?24 сентября 2019 г. ? С. 427.
• Горшков В.Ю., Петрова О.Е., Парфирова О.И., Исламов Б.Р., Церс И.Д., Гоголева Н.Е., Агеева М.В., Даминова А.Г., Губаев Р.Ф., Микшина П.В., Воробьев В.Н., Гоголев, Ю.В. Гнить или не гнить: война и мир между растениями и фитопатогенными пектобактериями // Стратегия взаимодействия микроорганизмов и растений с окружающей средой: Материалы конференции. Саратов: ООО «Издательский Центр Наука«. ISBN 978-5-9999-3239-6 – Саратов, 14-18 октября 2019. – С.53.
• Петрова О.Е., Горшков В.Ю., Осипова Е.В., Даминова А.Г., Молелеки Л., Гоголев Ю.В. Стресс и вирулентность пектобактерий // IX Съезд общества физиологов растений России «Физиология растений – основа создания растений будущего» (Казань, 18–24 сентября 2019 г.): тезисы докладов. – Казань: Издательство Казанского университета, 2019. ISBN 978-5-00130-204-9 – С.347.
• Vorob'ev, V.N. Ytterbium increases transmembrane water transport in Zea mays roots via aquaporin modulation /V.N. Vorob'ev, T.A. Sibgatullin, K.A., Sterkhova, E.A., Alexandrov, Yu. V. Gogolev, O.V. Timofeeva, V.Y. Gorshkov, V.V. Chevela // -Biometals -2019. -V.32, №6. -P. 901-908. https://doi.org/10.1007/s10534-019-00221-4
• Olga Petrova, Vladimir Gorshkov, Amina Daminova, Iuliia Sergeeva, Natalia Gogoleva, Yuri Gogolev (2019) A multiplicity of adaptive strategies in phytopathogenic bacterium Pectobacterium atrosepticum // 8th Congress of European Microbiologists (FEMS2019). – Glasgow, Scotland. July 7-11, 2019. – P.997.

• Gorshkov V. Physiological heterigenity and functional specialization of microbial cells as basis for effective adaptation and host colonization / V.Gorshkov, A. Daminova, R. Gubaev, B. Islamov, O. Petrova, M. Ageeva, N.Gogoleva, E. Osipova, E. Kovtunov, N. Tarasova, V. Vorob'ev, Y. Gogolev // 14th Symposium on Bacterial Genetics and Ecology Book of Abstracts / Aberdeen, United Kingdom 4–8 June 2017 - P. 55.
• Петрова, О.Е. Строгий ответ у Nicotiana tabacum и Pectobacterium atrosepticum SCRI1043 при формировании патосистемы / Петрова О.Е., Горшков В.Ю., Сергеева Ю.П., Даминова А.Г., Гоголев Ю.В. // Материалы конференции «Экспериментальная биология растений: фундаментальные и прикладные аспекты«. – Крым, Судак, 18-24 сентября, 2017. – С.58.
• Vetchinkina E. Brown mycelial mat as an essential morphological structure of the shiitake medicinal mushroom lentinus edodes (Agaricomycetes) [Text] / E. Vetchinkina, V. Gorshkov, M. Ageeva, Y. Gogolev, V. Nikitina // International Journal of Medicinal Mushrooms. – 2017. – Vol. 19(9). – P. 817–827.
• Gorshkov V. Global gene expression analysis of cross-protected phenotype of Pectobacterium atrosepticum [Text] / V. Gorshkov, S. Kwenda, O. Petrova, E. Osipova, Y. Gogolev, L.N. Moleleki // PLoS ONE. – 2017. – V. 12 (1). – e0169536.
• Gorshkov V. Pectobacterium atrosepticum exopolysaccharides: identification, molecular structure, formation under stress and in planta conditions [Text] / V. Gorshkov, B. Islamov, P. Mikshina, O. Petrova, G. Burygin, E. Sigida, A. Shashkov, A. Daminova, M. Ageeva, B. Idiyatullin, V. Salnikov, Y. Zuev, T. Gorshkova, Y. Gogolev // Glycobiology. − 2017. – Vol. 27(11). – P. 1016-1026.
• Kovtunov E. Phenol oxidases from Pectobacterium atrosepticum: identification and cloning of genes, characteristics of the enzymes and assessment of the transcript levels / E. Kovtunov, N. Tarasova, N. Gogoleva, V. Gorshkov, О. Petrova, E. Osi-pova, Y. Gogolev // 42 FEBS Congress: Abstract book. – Jerusalem, Israel, 10-14 September, 2017. – P. 354.
• Горшков В. Ю. Бактериозы растений: молекулярные основы формирования растительно- микробных патосистем. — Казань: Изд-во Сергея Бузукина, 2017. — 296 с. ISBN 978-5-905514-36-4
• Gorshkov, V. Colonization of plants by pectobacteria: more than just a “brute force” / V. Gorshkov, A. Daminova, R. Gubaev, B. Islamov, O. Petrova, N. Gogoleva, N. Tarasova, Y. Gogolev // 12th EFPP-10th SFP conference «Deepen knowledge in plant pathology for innovative agro-ecology«: Abstract book. – Duncerque, France, 29 May-2 June, 2017
• Daminova, A. Modification of plant cell wall polysaccharides during the disease development caused by Pectobacterium atrosepticum SCRI1043 / A. Daminova, V. Gorshkov, M. Ageeva, O. Petrova, P. Mikshina, N. Tarasova, Y. Gogolev // 42 FEBS Congress: Abstract book. – Jerusalem, Israel, 10-14 September, 2017. – P. 130.
• Gorshkov, V. Functional specialization of pectobacteria cells during colonization of the plant / V. Gorshkov, A. Daminova, R. Gubaev, O. Petrova , M. Ageeva, N. Gogoleva, E. Kovtunov, N. Tarasova, Y. Gogolev // 7th FEMS Congress: Abstract book. – Valencia, Spain, 9-13 July, 2017. − P. 1122.
• Gorshkov, V. Pectobacterium atrosepticum exopolysaccharides: identification, molecular structure, and contribution to bacterial virulence / V. Gorshkov, B. Islamov, P. Mikshina, G. Burygin, A. Shashkov, O. Petrova, V. Vorob'ev, Y. Gogolev // 7th FEMS Congress: Abstract book. – Valencia, Spain, 9-13 July, 2017. − P. 1157.
• Gorshkov V. Polyphenol oxidase from Pectobacterium atrosepticum: identification and cloning of gene and characteristics of the enzyme / V. Gorshkov, N. Tarasova, N. Gogoleva, E. Osipova, O. Pe-trova, E. Kovtunov, Y. Gogolev // J Basic Microbiol. – 2017. – Р. 1–12.
• Gorshkov O. Transcriptome portrait of cellulose-enriched flax fibres at advanced stage of specialization [Text] / O. Gorshkov, N. Mokshina, V. Gorshkov, S. Chemikosova, Y. Gogolev, T. Gorshkova // Plant Mol Biol. – 2017. – Vol. 93(4-5). – P. 431-449.
• Горшков В.Ю. Восприимчивые ответы растений как фундаментальная основа развития растительно - микробных патосистем [Text] / В.Ю. Горшков, Р.Ф. Губаев, А.Г. Даминова, О.Е. Петрова, Н.Е. Гоголева, Ю.В. Гоголев // Материалы конференции «Экспериментальная биология растений: фундаментальные и прикладные аспекты«. – Крым, Судак, 18-24 сентября, 2017. – С.34.
  F_Dokument1.pdf
• Petrova O., Gorshkov V., Tatarkin S., Gogolev Y. / Different types of nitrogen stress response in plant pathogenic bacterium Pectobacterium atrosepticum / O. Petrova, V. Gorshkov, S. Tatarkin, Y. Gogolev // Research & Reviews: Journal of Microbiology and Biotechnology – 2017. − V. 6. − P. 42–49.
• Сергеева, Ю.П. Стрессовый ответ фитопатогенной энтеробактерии на Pectobacterium atrosepticum SCRI1043 дефицит азота / Ю.П. Сергеева, Петрова О.Е., В.Ю. Горшков, А.Г. Даминова, Ю.В. Гоголев // I-ый Российский Микробиологический конгресс: сборник тезисов. – Пущино, 17-18 октября, 2017. – С. 123.
• Petrova, O. Bacterial proliferation as an adaptive strategy under starvation / O. Petrova, V. Gorshkov, A. Daminova, M. Ageeva, I. Sergeeva, E. Kovtunov, N. Gogoleva, Y. Gogolev // 7th FEMS Congress: Abstract book. – Valencia, Spain, 9-13 July, 2017. − P. 1143
• Petrova, O. Alternative scenarios of starvation-induced adaptation in Pectobacterium atrosepticum / O. Petrova, V. Gorshkov, I. Sergeeva, A. Daminova, M. Ageeva, Y. Gogolev // 7th FEMS Congress: Abstract book. – Valencia, Spain, 9-13 July, 2017. − P. 1129.
• Vetchinkina E.P. Alteration in the Ultrastructural Morphology of Mycelial Hyphae and the Dynamics of Transcriptional Activity of Lytic Enzyme Genes During Basidiomycete Morphogenesis [Text] / E.P. Vetchinkina, M.A. Kupryashina, V.Yu. Gorshkov, M.V. Ageeva, Yu.V. Gogolev, V.E. Nikitina // Journal of Micro-biology. – P. 2017. – P. Vol. 55, №. 4. – P. 280-288.

• Petrova O. Alternative scenarios of starvation-induced adaptation in Pectobacterium atrosepticum [Text] / O. Petrova, V. Gorshkov, I. Sergeeva, A. Daminova, M. Ageeva, Y. Gogolev // Res Mi-crobiol. − 2016. – Vol. 167(4). – P. 254−61.
• Горшков, В.Ю. Физиологическая гетерогенность клеток пектобактерий при взаимодействии с растениями / В.Ю. Горшков, А.Г. Даминова, Р.Ф. Губаев, О.Е. Петрова, Н.Е. Гоголева, Б.Р. Исламов, М.В. Агеева, В.Н. Воробьев, Н.Б. Тарасова, Ю.В. Гоголев // Годичное собрание общества физиологов растений России. Сигнальные системы растений: от рецептора до ответной реакции организма. – С.-Петербург, 21–24 июня, 2016. − С. 368-369.
• Петрова О. Е. Двуокись углерода – сигнальная молекула бактериальной пролиферации / О. Е. Петрова, В. Ю. Горшков, Ю. П. Сергеева, А. Г. Даминова, Ю. В. Гоголев // Сборник тезисов IV Российский симпозиум с международным участием «Фитоиммунитет и клеточная сигнализация растений» / Казань, 20–23 сентября 2016. – С. 120-121.
• Сергеева Ю. П. Сопоставление особенностей адаптации клеток культур Pectobacterium atrosepticum SCRI1043 логарифмической и стационарной фаз роста / Ю. П. Сергеева, В. Ю. Горшков, А. Г. Даминова, Ю. В. Гоголев, О. Е. Петрова // Сборник тезисов VIII Всероссийской конференции молодых ученых «Стратегия взаимодействия микроорганизмов и растений с окружающей средой» / Саратов, 26–30 сентября 2016. – С. 72.
• Горшков В.Ю. Изменение структуры растительной клеточной стенки при формировании системы паразит/хозяин [Text] / В.Ю. Горшков, А.Г. Даминова, О.Е. Петрова, П.В. Микшина, М.В. Агеева, Н.Б. Тарасова, В.Н. Воробьев, Ю.В. Гоголев // III Всероссийская конференция Фундаментальная гликобиология. − Владивосток, 7-12 сентября 2016. − С. 42.
  F_Download.pdf

• Ветчинкина Е. П. Активность и экспрессия генов лакказы, тирозиназы, глюканазы и хитиназы в процессе морфогенеза Lentinus edodes / Е. П. Ветчинкина, В. Ю. Горшков, М. В. Агеева, Ю. В. Гоголев, В. Е. Никитина // Микробиология. — 2015. — Т. 84. — № 1. — С. 78-89.
  Mikrobiologiya_Vetchinkina_2015_rus.pdf
• Сергеева Ю. П. Альтернативные стратегии адаптации бактерий в условиях голода / Ю. П. Сергеева, В. Ю. Горшков, А. Г. Даминова, Ю. В. Гоголев, О. Е. Петрова // Симбиоз – Россия 2015: материалы VIII Всеросс. с междунар. участием конгресса молодых учёных-биологов / Новосиб. гос. ун-т. – Новосибирск, 2015. – С. 92
• Сергеева Ю. П. Альтернативные адаптивные реакции Pectobacterium atrosepticum SCRI1043 на голодание / Ю. П. Сергеева, В. Ю. Горшков, А. Г. Даминова, Ю. В. Гоголев, О. Е. Петрова // Сборник тезисов «БИОЛОГИЯ – НАУКА XXI ВЕКА: 19 Международная конференция молодых ученых». / Пущино, 20 – 24 апреля 2015. – С. 199.
• Горшков В.Ю. «Мягкие гнили» растений: структурно-функциональное преобразование элементов растительно-микробных патосистем [Text] / В.Ю. Горшков, А.Г. Даминова, О.Е. Петрова, М.В. Агеева, Р.Ф. Губаев, Б.Р. Исламов, П.В. Микшина, Н.Е. Гоголева, Н.Б. Тарасова, Ю.В. Гоголев // Всероссийская научная конференция с международным участием «Растения в условиях глобальных и локальных природно-климатических и антропогенных воздействий». Петрозаводск, Россия, 21–26 сентября 2015. − С. 144.

• Gorshkov, V. Dissociation of a population of Pectobacterium atrosepticum SCRI1043 in tobacco plants: formation of bacterial emboli and dormant cells / V. Gorshkov, A. Daminova, M. Ageeva, O. Petrova, N. Gogoleva, N. Tarasova, Y. Gogolev // Protoplasma. – 2014. – Vol. 251. − N. 3. − P. 499−510.
• Nikolaichik Y.A. Genome Sequence of Pectobacterium atrosepticum Strain 21A / Y. Nikolaichik, V. Gorshkov, Y. Gogolev, L. Valentovich, A. Evtushenkov // Genome Announc. — 2014. — Vol. 2 — № 5. — P. e00935-14
• Гоголева Н.Е. Влияние топологии генов регуляторной системы кворума Pectobacterium atrosepticum на их экспрессию / Н.Е. Гоголева, Л.В. Шлыкова, В.Ю. Горшков, А.Г. Даминова, Ю.В. Гоголев // Молекулярная биология. — 2014. — Т. 48. — № 4. — С. 669-676.

• Tarasova, N. Potato signal molecules that activate pectate lyase synthesis in Pectobacterium atrosepticum SCRI1043 / N. Tarasova, V. Gorshkov, O. Petrova, Y. Gogolev // World Journal of Microbiology and Biotechnology. - 2013. - Vol. 29, Issue 7. - P. 1189-1196.

• Shyian M., Gryshkova V., Kostianets O., Gorshkov V., Gogolev Yu., Goncharuk I., Nespryadko S., Vorobjova L., Filonenko V., Kiyamova R. Quantitative analysis of SLC34A2 expression in different types of ovarian tumors. Experimental oncology – 2011, V. 33, No. 2 pp. 94 – 98.

• Горшков, В.Ю. Система межклеточной коммуникации энтеробактерии Erwinia carotovora при формировании адаптивного ответа к условиям неблагоприятным для роста / В.Ю. Горшков, О.Е. Петрова, А.Г. Даминова, Ю.В. Гоголев // Доклады Академии наук. – 2010. – Т. 430, №2. – C. 268–272.

• Гоголев, Ю.В. Выявление и характеристика некультивируемых форм энтеробактерий Erwinia carotovora в длительно инкубируемых культурах / Ю.В. Гоголев, В.Ю. Горшков, О.Е.Петрова, Н.Е. Мухаметшина, М.В. Агеева // Журнал микробиологии эпидемиологии и иммунологии. – 2009. – Т. 4. – C. 77–80.
• Горшков, В.Ю. Образование «некультивируемых» покоящихся форм фитопатогенной энтеробактерии Erwinia carotovora / В.Ю Горшков, О.Е. Петрова, Н.Е. Мухаметшина, М.В. Агеева, А.Л. Мулюкин, Ю.В. Гоголев // Микробиология. – 2009. – Т. 78, №5. – C. 647–655.