Бухгалтерия создана в 1997 году в составе структуры филиала и подчиняется директору филиала.

Бухгалтерия НЧИ КФУ обеспечивает бухгалтерский и налоговый учет в соответствии с требованиями законодательства Российской Федерации, а также обеспечивает внутренних и внешних пользователей бухгалтерской отчетности полной и достоверной информацией о состоянии и движении имущества, источников формирования имущества, обязательств филиала.

Основные задачи:

• реализация учетной политики КФУ на основании единого порядка ведения бухгалтерского  учета в автономных учреждениях;
• формирование полной, достоверной информации о хозяйственных процессах и результатах деятельности филиала путем системного сбора, регистрации и обобщения информации в денежном выражении о состоянии финансовых и нефинансовых активов и обязательств, а также операций, приводящих к их изменению;
• осуществление раздельного учета доходов и расходов по бюджетной, предпринимательской и иной приносящей доход деятельности, в соответствии с требованиями бюджетного и налогового законодательства;
• обеспечение контроля наличия и движения имущества, использования материальных, трудовых и финансовых ресурсов в соответствии с нормами, нормативами и сметами, утвержденными в установленном порядке.
• организация и ведение бухгалтерского учета в соответствии с  действующим законодательством и учетной политикой КФУ;
• организация и ведение налогового учета согласно Налоговому Кодексу РФ и учетной политике КФУ;
• составление бухгалтерской и налоговой отчетности филиала в соответствии с утвержденной учетной политикой и правилами консолидации, бюджетным и налоговым законодательством РФ. Формирование данных для статистической отчетности филиала.
• осуществление предварительного и текущего контроля за своевременным и правильным оформлением документов и законностью совершаемых операций, за расходованием средств, в соответствии с их целевым назначением, утвержденными планом финансово-хозяйственной деятельности филиала;
• осуществление совместно с другими подразделениями филиала, контроля сохранности имущества филиала средствами бухгалтерского учета (инвентаризация), нефинансовых, финансовых активов, включая денежные средства, и других ценностей в местах их хранения и эксплуатации;
• хранение первичных учетных документов, регистров бухгалтерского и налогового учета, включая электронные носители информации, а также иных документов в соответствии с утвержденной номенклатурой дел, передача их в архив и уничтожение в установленном порядке.