Годы Великой Отечественной войны были очень тяжелыми не только для всей страны, но и для астрономической и физических кафедр Казанского университета. В конце июня 1941 г. в ряды Красной Армии были призваны молодые сотрудники: М.П.Винокуров, К.В.Костылев, Г.М.Кочергин, И.М.Романов, В.С.Сластников, Ш.Т.Хабибуллин, Г.С.Хамитов. На фронт уходили студенты старших курсов и выпускники физико-математического факультета. Многие из них даже не считали нужным получать дипломы об окончании университета, слабо надеясь на возвращение.

     В июле - августе 1941 г. академические институты Москвы и Ленинграда были эвакуированы в Казань и расположены в помещениях Казанского университета. С.А.Альтшулер занимался размещением семей ученых по квартирам сотрудников университета и жителей города. В этот период в университет прибыли крупные ученые: П.Л.Капица, Л.Д.Ландау, И.Е.Тамм, В.Л.Гинзбург, И.В.Курчатов, А.Ф.Иоффе, И.М.Франк, Н.Н.Семенов, М.А.Леонтович, Я.И.Френкель, В.А.Фок, С.И.Вавилов, В.И.Векслер, Н.Д.Папалекси, Л.А.Арцимович, Е.М.Лифшиц, Г.С.Ландсберг, В.М.Тучкевич, И.Я.Померанчук, A.П.Александров и др.

    Ученые академических институтов и преподаватели Казанского университета приняли активное участие в работах по заданиям Комитета обороны: А.П.Александров, И.В.Курчатов и В.М.Тучкевич разрабатывали методы защиты кораблей от магнитных мин, И.Е.Тамм занимался теорией электромагнитных свойств слоистых сердечников для антенн, Л.А.Арцимович работал над проблемой создания приборов ночного видения. Тематика многих работ того периода является секретной до сих пор. Наряду с работами по оборонной тематике приезжие ученые продолжили в Казанском университете и свои довоенные научные исследования.

    Научно-исследовательская работа казанских физиков также подверглась серьезной перестройке, многие сотрудники отказались от принятой ранее тематики и заменили ее темами, связанными с обороной. Кафедра физики включилась в работу над засекреченной темой, проводившейся в специальной лаборатории при университете под руководством члена-корреспондента АН СССР В.К.Аркадьева. Доцент E.К.Завойский в 1942 - 1943 гг. принимал участие в экспериментальных работах по радиолокации. К сожалению, после приезда московских ученых с целью освобождения площади была разгромлена уникальная установка доцента Е.К.Завойского, на которой он совместно с коллегами перед войной вел поиски сигналов ядерного магнитного резонанса.[…]

    Сотрудники физмата С.А.Альтшулер, М.П.Винокуров, К.В.Костылев, Г.М.Кочергин, А.З.Петров, И.М.Романов, В.С.Сластников, Ш.Т.Хабибуллин и Г.С.Хамитов принимали активное участие в боевых действиях на фронтах Великой Отечественной войны, были награждены орденами и медалями. Значительными были потери состава физических и астрономических кафедр в Великую Отечественную войну - героически погибли на фронте ассистенты Герман Борисович Агафонов, Михаил Павлович Винокуров, Абдулхак Шакирович Гайнуллин, Георгий Михайлович Кочергин, Валентин Степанович Сластников и Ганий Суфьянович Хамитов, сотрудники физмата Виктор Яковлевич Андрусевский, Андрей Константинович Ворошилов, Олег Петрович Евдокимов, Владимир Дмитриевич Патрушев, Владимир Валентинович Табаков. Игорь Михайлович Романов получил тяжелое ранение и
контузию.

      Незабываемый День Победы сотрудники Казанского университета отметили танцами на площадке перед «пожаркой», ныне это сквер перед физическим корпусом, построенном на месте пожарного депо. Динамик громкоговорителя был установлен на крыше пожарного депо.

     В послевоенные годы на физические кафедры Казанского университета пришли студенты-фронтовики: С.А.Абруков, В.И.Аввакумов, Н.Н.Непримеров, И.С.Поминов, Ю.Ю.Самитов, В.И.Шуликовский, Р.Б.Тагиров и др. Ряд бывших фронтовиков возглавили впоследствии новые научные направления на физическом факультете: А.С.Абруков, С.А.Альтшулер, К.В.Костылев, А.З.Петров, И.С.Поминов, Н.Н.Непримеров, И.М.Романов, Ю.Ю.Самитов, В.И.Шуликовский, Ш.Т.Хабибуллин.