В состав Дирекции музеев КФУ входят:

• Музей истории Казанского университета;
• Музей Н.И. Лобачевского;
• Музей Казанской химической школы;
• Музей-лаборатория Е.К. Завойского;
• Геологический музей им. А.А. Штукенберга;
• Зоологический музей и гербарий им. Э.А. Эверсмана;
• Этнографический музей;
• Археологический музей;
• Музей купечества Елабужского института (филиала);
• Музей истории Елабужского института (филиала);
• Музей археологии и истории Татарстана Елабужского института (филиала);
• Музей Астрономической обсерватории им. В.П. Энгельгардта.