Ильшат Рафкатович Гафуров родился первого августа 1961 года в поселке городского типа Бавлы (с 1997 года – город республиканского значения) в семье служащих. В 1978 году окончил среднюю школу в городе Елабуге и поступил на физический факультет Казанского государственного университета, который окончил в 1983 году. После окончания университета стал ассистентом кафедры общей физики Елабужского государственного педагогического института (затем – Елабужский государственный педагогический университет, ныне – филиал Казанского федерального университета (КФУ) в г. Елабуге). В 1985-м поступил в очную аспирантуру на кафедру молекулярной физики (ныне – кафедра физики молекулярных систем) Казанского университета. В 1988 году И.Р.Гафуров вернулся в Елабужский государственный педагогический институт, где стал работать старшим преподавателем, а в 1989 году защитил кандидатскую диссертацию по тематике физики полимеров.

Общественные перемены рубежа 1980-1990-х годов открыли перед И.Р.Гафуровым новые возможности. В 1992-м он возглавил Камский филиал акционерной страховой компании «Зилант», в 1994–1995 годах занимал пост генерального директора региональной межхозяйственной Ассоциации «Зилант». В 1995 году И.Р.Гафуров был избран депутатом Государственного Совета Республики Татарстан первого созыва, являлся заместителем председателя постоянной комиссии по вопросам экономического развития и реформ, принимал участие в подготовке законов об инвестициях, Закона Республики Татарстан «О свободной экономической зоне «Алабуга», входил в состав Республиканской меж-ведомственной комиссии по оценочной деятельности при Кабинете министров Республики Татарстан, в Совет по приватизации при коллегии Госкомитета Республики Татарстан по управлению госимуществом.

Апрель 1998-го ознаменовал новый этап в жизни Ильшата Рафкатовича Гафурова: он стал главой администрации Елабужского района и города Елабуги (с 2006 года – муниципальное образование «Елабужский муниципальный район»). За время его деятельности на этом посту Елабуга превратилась в обустроенный, динамично развивающийся промышленный центр. По инициативе И.Р.Гафурова принимается Программа социально-экономического развития Елабужского района и города Елабуги на 2002–2006 годы, которая стала первым в республике опытом определения приоритетов развития территории для полного использования ее потенциала и привлечения недостающих ресурсов. Реализуемая И.Р.Гафуровым, муниципальными властями стратегия развития социально-экономической и духовной сферы наглядно проявилась во время подготовки и проведения празднования 1000-летия Елабуги. Глава муниципалитета выдвинул идею превращения Елабуги в «музей под открытым небом». По его инициативе, поддержанной руководством Татарстана, во время первых Цветаевских чтений в 2002 году был открыт уникальный мемориальный комплекс поэта Марины Цветаевой, модернизирован краеведческий комплекс города. Среди многообразных задач социально-культурного развития города и района И.Р.Гафуров особое место отводил развитию системы образования. В 2006 году авторитетная писательская комиссия признала И.Р.Гафурова лучшим мэром среди руководителей городов страны, которые оказали содействие развитию культуры, литературы и искусства. Этой почести он был удостоен «за созидательную энергию, выразившуюся в создании мемориальных комплексов М.И.Цветаевой, И.И.Шишкина и Н.А.Дуровой, в установке памятника купцу-литератору Д.И.Стахееву и поддержке международных Цветаевских чтений».

В 1995–2005 годах И.Р.Гафуров являлся депутатом Государственного Совета Республики Татарстан первого и второго созывов. В 1997 году Ильшат Рафкатович Гафуров окончил Казанский финансово-экономический институт по специальности «Менеджмент» и начал заниматься научными исследованиями в новой для себя области – экономической теории и практики. В его научном багаже более 80 публикаций, среди которых выделяются работы, посвященные исследованию методологии формирования особых экономических зон, оценке экономической эффективности государственной промышленной политики, планово-программным подходам к управлению социально-экономическим развитием территории. Актуальностью проблематики и глубиной научного анализа характеризуются такие его работы, как «О некоторых методических подходах к оценке экономической эффективности государственной промышленной политики региона» (2002), «Концепция обоснования и выбора инвестиционных проектов стратегической программы социально-экономического развития территории» (2003), «Стратегическое программирование как современный подход к управлению развитием территории и ее отраслей» (2005), «Макроэкономическая политика социально-экономического и инновационного развития России» (2008), «Основные принципы экономической оценки инвестиций» (2009) и ряд других.

Научная активность И.Р.Гафурова вылилась в подготовку и защиту в 2005 году докторской диссертации, посвященной проблеме стратегического программирования развития промышленного сектора-территории. Важным достижением И.Р.Гафурова как ученого и менеджера явилось использование его исследований, в том числе кластерной методологии формирования промышленной инфраструктуры, для создания особой экономической зоны «Алабуга» – первой и крупнейшей ОЭЗ промышленно-производственного типа в России. В кратчайшие сроки ОЭЗ «Алабуга» стала центром притяжения сил отечественных и зарубежных компаний, приобретая все большее значение для активизации инновационного процесса в Республике Татарстан и стране в целом, наращивания выпуска продукции высокотехнологичных отраслей, совершенствования транспортной системы.

Расширяя поле научных изысканий, И.Р.Гафуров в соавторстве с известным специалистом в области международных финансов В.В.Павловым предпринял издание фундаментального двухтомного справочника «Валютное, внешнеторговое и инвестиционное регулирование в мусульманских странах» (2011). Ильшат Рафкатович Гафуров принял участие в более чем 60 научных конференциях, половина из которых – международные.

9 апреля 2010 года распоряжением Правительства Российской Федерации И.Р.Гафуров был назначен ректором Казанского (Приволжского) федерального университета. В мае 2010 года на заседании Совета ректоров вузов Республики Татарстан ректор КФУ И.Р.Гафуров избран его председателем. Ректор И.Р.Гафуров выполняет большой объем работы, связанной с реализацией Программы развития КФУ на 2010–2019 годы, одобренной распоряжением Правительства России от 13 сентября 2010 года. Успешно осуществляется оптимизация направлений подготовки в соответствии с образовательными стандартами нового поколения, расширяется номенклатура и совершенствуется содержание программ дополнительного образования.

По инициативе И.Р.Гафурова, поддержанной научно-педагогическим коллективом, основной организационной формой подразделения в КФУ становится институт с высокой степенью ответственности его руководства за решение четко поставленных задач. Для вновь созданных институтов формируется материально-техническая и новейшая приборно-лабораторная база, за время реализации программы развития введено в строй порядка 100 новых и модернизированных лабораторий научного и учебного профиля. Университет существенно активизировал деятельность, направленную на развитие студенческих и преподавательских обменов, совместных исследовательских проектов с известными вузами и академическими центрами страны и зарубежья, добился серьезных успехов в решении задачи соединения образования, науки и производства, встав на путь кооперации с крупными фирмами, среди которых «ТНГ-Групп», «Нижнекамскнефтехим», «Тасма», «Татнефть» «Камаз». Защитив свое предложение о государственной финансовой поддержке 35 малых инновационных предприятий, КФУ включился в реализацию крупных общегосударственных инновационных программ, таких, как «ФАРМА–2020», «Программа развития топливно-энергетического комплекса Республики Татарстан на 2006–2020 годы» и другие.