Достоверность более чем 150 статей под вопросом из-за некорректности квантовохимического моделирования химическим сдвигов ЯМР (ядерного магнитного резонанса)
Было обнаружено (J. B. Neupane et al, Org. Lett., 2019, DOI: 10.1021/acs.orglett.9b03216), что фрагмент кода, который вычисляет сигналы ЯМР, дает ошибочные результаты в зависимости от используемой операционной системы. Этот сбой может повлиять на надежность результатов более чем 150 статей.
Команда исследователей во главе с Филиппом Уильямсом из Гавайского университета в Маноа обнаружила ошибку, пытаясь определить структуру продукта, который они извлекли из цианобактерий. Каждый из хиральных оксазолинов — потенциальных лекарственных препаратов для лечения рака или болезни Альцгеймера — имеет восемь диастереомеров, которые трудно различить с помощью спектроскопии ЯМР.
Исследователи рассчитали химические сдвиги ЯМР структур с использованием теории функционала плотности, чтобы сравнить их с экспериментальными данными. Именно тогда они обнаружили ошибку: скрипт вычисления химического сдвига давал разные результаты в зависимости от того, в какой операционной системе он был запущен. В Windows 10 он рассчитывал правильный химический сдвиг, тогда как в Linux он давал немного искаженное значение.
Ошибка является результатом проблемы сортировки файлов. В операционных системах без сортировки имен файлов по умолчанию сценарий не может сопоставить файлы, содержащие свободную энергию конформера с его химическим сдвигом, что приводит к общему неправильному значению.
С момента публикации в 2014 году (P. H. Willoughby, M. J. Jansma and T. R. Hoye, Nat. Protoc. 2014, 9, 643, DOI: 10.1038/nprot.2014.042) код цитировался более 150 раз. Хотя не в каждой цитирующей работе исследователи использовали этот код, достоверность результатов исследований ставится подсомнение. Авторы, которые использовали данный код, должны перепроверить свои результаты и выводы, предупреждает научная группа Ф. Уильямса. Несмотря на то, что в случае работы Ф. Уильямса ошибка в вычислениях значений химических сдвигов ЯМР не превышали 1 миллионной доли, в других случаях ошибки могут быть более серьезными.
Чтобы предотвратить ошибку, ученые из Гавайев выпустили пересмотренную версию. Они также предупредили создателей кода, которые теперь планируют исправить свою публикацию 2014 года.