В структуру института востоковедения и международных отношений входят директорат и три отделения.

Отделение восточной филологии включает в себя:

Кафедры:

• Кафедра арабской филологии
• Кафедра индоиранских и африканских языков
• Кафедра тюркской филологии
• Кафедра филологии и культуры Дальнего Востока

Научные и культурно-образовательные центры:

• Институт Конфуция
• Центр иранистики
• Центр японоведения
• Центр корееведения
• Центр иудаики и ближневосточных исследований
• Центр изучения Турции

Отделение зарубежного регионоведения включает в себя:

Кафедры:

• Кафедра истории и культуры Востока
• Кафедра регионоведения и исламоведения
  

Научные и культурно-образовательные центры:

• Центр арабской культуры "Аль-Хадара"
• Центр изучения истории и культуры ислама
• Центр изучения Центральной Азии
• Центр изучения исламской цивилизации
• Центр межкультурного диалога
• Центр изучения восточных рукописей
• Центр исламской экономики и права "Мушарака"

Отделение международных отношений включает в себя

Кафедры:

• Кафедра международных отношений и дипломатии
• Кафедра романо-германских языков