На сегодняшний день КФУ сотрудничает с Абхазским государственным университетом и Институтом экологии Академии наук Республики Абхазия.  В августе 2011 года было подписано Соглашение о сотрудничестве с Абхазским государственным университетом, в рамках которого развивается взаимодействие между двумя вузами в области экологии и природных ресурсов. Куратором данного Соглашения является и.о. директора Института экологии и географии профессор С.Ю. Селивановская.

Сотрудничество КФУ с Абхазией также осуществляется в рамках обучения в КФУ граждан данного государства. В 2017-2018 уч.гг. в КФУ обучается 1 магистр из Абхазии.

В 2012 году 5 ученых и преподавателей КФУ выезжали в Абхазию с научно-образовательными целями: 4 сотрудника Института управления и территориального развития проводили в Абхазском государственном университете научные исследования, а профессор юридического факультета принял участие в конференции, проводимой в том же вузе.