В годы Великой Отечественной войны большинство мужчин-сотрудников библиотеки были мобилизованы в Красную Армию.

Замечательные страницы истории библиотеки – обслуживание эвакуированных в Казань в 1941 г. московских и ленинградских институтов Академии наук СССР, которая в начале войны получила задание  направить все силы на окончание исследовательских работ, связанных с обороной и народным хозяйством.

Кроме того, библиотека обслуживала другие эвакуированные учреждения и промышленные предприятия, медицинские заведения, людей разных профессий, оказавшихся во время войны в Казани.

Совсем необычной была для библиотеки помощь раненым бойцам и командирам Красной Армии, находящимся на лечении в казанских госпиталях: выдача книг через межбиблиотечный абонемент и т. д. В 1941 г. библиотека обслуживала 14 госпиталей, в 1943 г. – 34.

Только после реэвакуации Академии наук среди читателей библиотеки вновь стали преобладать студенты и преподаватели университета.

В наше время трудно даже представить, в каких тяжелых условиях приходилось работать во время войны сотрудникам библиотеки. А ведь это были в основном женщины. Зимой температура в помещениях библиотеки доходила до минус 12 градусов. Дров не хватало или их не было совсем. Чрезмерный холод был тогда настолько обычным явлением, что когда в 1942 г. случилась температура 8 – 12 градусов тепла, она была названа в отчете библиотеки нормальной. Осложняла положение темнота в помещениях. Не хватало электролампочек. В ход шли свечи.

В военные годы штат библиотеки уменьшился более чем вдвое: из 112 человек к концу 1943 г. осталось 45.

Очень трудно было с питанием. И здесь на помощь пришла Академия наук, которая в 1942 г. прикрепила сотрудников библиотеки к своей столовой.

В военную годину библиотекари Казанского университета по мере своих сил и возможностей вместе со всей страной приближали День Победы, и он настал 9 мая 1945 г.