Начало микробиологических исследований в Казанском университете восходит к середине XIX века. Кафедра микробиологии в Казанском университете создавалась дважды. Ее первое рождение состоялось в 1920 г. на медицинском факультете Казанского университета и отразило определенный этап развития классической медицинской микробиологии в этом учебном заведении. Основал кафедру микробиологии профессор Вячеслав Михайлович Аристовский (1882 - 1950), глава казанской школы спирохетологов. В 1930 г. медицинский факультет КГУ был преобразован в Казанский государственный медицинский институт, в который вошла и кафедра микробиологии.
В 1969 г. в Казанском университете вновь появилась кафедра микробиологии – на биолого-почвенном факультете. Создала ее профессор Казанского университета Маргарита Ильинична Беляева, убежденная, что микроорганизмы заслуживают изучения не только с точки зрения медицины, а развивающаяся биотехнологическая промышленность нуждается в специалистах-микробиологах широкого профиля.
Сегодня на кафедре и в ее лабораториях работает 4 доктора наук (зав. кафедрой – академик АН РТ Ольга Николаевна Ильинская), 17 кандидатов наук, 20 аспирантов – весь этот коллектив призван давать студентам современные знания в области микробиологии, прививать им любовь к науке и интерес к экспериментальным исследованиям. В рамках основного направления деятельности Института Фундаментальной Медицины и Биологии «Молекулярно-генетические, клеточные и популяционные основы функционирования живых систем» кафедра развивает два направления: биомедицинское, связанное с расшифровкой молекулярных механизмов взаимодействия микроорганизмов, их ферментов и метаболитов с клетками эукариот для создания потенциальных терапевтических средств нового поколения; и биотехнологическое, связанное с использованием микроорганизмов в процессах очистки окружающей среды от тяжелых антропогенных загрязнений. Результаты работ подтверждены публикациями в рейтинговых журналах и патентами, многочисленными грантами и государственными контрактами. Профессора кафедры являются лауреатами Государственных премий, учащиеся, в том числе и иностранные, многократно были лауреатами российских и международных конкурсов.
Кафедра имеет солидную материально-техническую базу: полное оснащение для классических методов биологии (микроскопия, культивирование клеток и микроорганизмов); оборудование для выделения и характеристики белков: жидкостные хроматографы высокого и низкого давления «Biorad»; оборудование для молекулярно-генетических и биохимических анализов: дзета-сайзер «Malvern Zetasizer Nano ZS», нанодроп «Implan», микроцентрифуги «Heltich» блок ПЦР-анализа «Biorad», флуороспектрометр LS-55 «Perkin-Elmer», цитометр BD FACSCanto II и пр. На кафедре действует магистратура по направлению «Микробиология и вирусология».
Самым тесным образом кафедра сотрудничает с зарубежными учеными Германии, США, Мексики, Франции, Латвии, Египта, Вьетнама и других стран. На базе кафедры создано три международных лаборатории, где работают высококвалифицированные специалисты Германии и США. Молодые сотрудники кафедры участвуют в программах зарубежных стажировок, поддержанных грантами DAAD и Фулбрайта.
На международном съезде ICOMID (International Conference of Microbial Diversity) в Москве (23-25 ноября 2016г.) зав. каф. микробиологии профессор А.И. Раппопорт (Латвийский государственный университете, Рига) и зав. каф. микробиологии КФУ профессор О.Н. Ильинская высказали намерение о заключении договора о сотрудничестве.
Запросы ведущих академических учреждений РФ, а также предприятий и организаций на выпускников-микробиологов свидетельствуют об их высокой востребованности. Ежегодно 30-40 % выпускников поступает в аспирантуру КФУ, КИББ КазНЦ РАН, Пущинского научного центра РАН, а также в магистратуру и аспирантуру зарубежных университетов. Выпускники кафедры работают в лабораториях медицинских учреждений: биохимические и бактериологические лаборатории, СПИД-центр, СЭС; в лабораториях промышленных и пищевых производств; в лабораториях судмедэкспертизы; в биолого-химических и аналитических лабораториях научно-производственных организаций (ОАО «Оргсинтез», г. Казань, НПО «Холод», г. Набережные челны); в управлении служб по контролю за качеством пищевых производств и лекарственных препаратов; в тепличных плодоовощных агрокомбинатах.
