Важнейшей составной, влияющей на качество подготовки специалистов, является научно-исследовательская деятельность. Научно-исследовательская работа в Елабужском институте КФУ осуществляется через кафедры, отделения, научные лаборатории, междисциплинарные научно-исследовательские группы.

В институте сформировались  научные направления, соответствующие миссии структурного подразделения КФУ и профилям подготовки специалистов.

Научно-исследовательская деятельность ППС университета тесно интегрирована с учебным процессом через использование в нем результатов научных исследований посредством подготовки и издания учебных пособий, научно-методических разработок, монографий, которые широко используются студентами и аспирантами в учебной и научной работе. Полученные в результате научно-исследовательской работы приоритетные результаты легли в основу ряда новых спецкурсов.

Научная деятельность в Елабужском институте КФУ курируется отделом научно-исследовательской работы.