Экспозиция музея, насчитывающая свыше полутора тысяч экспонатов, знакомит посетителей с двухсотлетней историей университета. Основной раздел посвящен науке – исследованиям и открытиям, научным школам, принесшим университету всемирное признание. большое внимание уделено выдающимся ученым, знаменитым выпускникам,участию университета в общественно-политической жизни страны.

В структуре музея, кроме основной экспозиции, размещенной в бывшей университетской церкви – мемориальный комплекс, созданный под руководством доктора исторических наук профессора Г.Н. Вульфсона: аудитория юридического факультета и актовый зал, где воспроизведены интерьеры второй половины XIX века, зал Н.И. Лобачевского  и выставочный зал, где представлен постоянный раздел «линия научной обороны» - о вкладе ученых академии наук СССР в победу в Великой отечественной войне в период эвакуации академических институтов в Казань (1941-1943гг.).