Второй отдел (военно- учетный), созданный в 1932 году, осуществляет воинский учет обучающихся граждан и сотрудников КФУ, подготовку обучающихся граждан к военной службе, бронирование граждан, пребывающих в запасе и предоставление отсрочек от призыва на военную службу по мобилизации и в военное время, а также взаимодействие с отделами Военного комиссариата Республики Татарстан и других регионов РФ.

Приказом ректора №01-03/90 от 26.01.2018г. на базе Второго отдела создан мобилизационный орган КФУ ( Отдел мобилизационной подготовки и воинского учета ), который является самостоятельным, управленческим структурным подразделением КФУ по защите государственной тайны.

Общее руководство, координацию деятельности мобилизационного органа осуществляет проректор по общим вопросам.