Согласно приказу ректора КФУ И.Гафурова № 01-06/550 от 27 июня 2013 года организационная структура Института международных отношений выглядит следующим образом:
Директорат
Ученый совет
Научно-образовательный отдел
Отделение международных отношений
кафедра международных отношений
кафедра романо-германских языков и международной коммуникации
кафедра зарубежной истории и регионоведения
кафедра политической истории и мировой политики
Отделение «Институт востоковедения»
кафедра тюркологии
кафедра филологии и культуры Дальнего Востока
кафедра арабской филологии
кафедра индоиранских и африканских языков
кафедра истории и культуры стран Востока
кафедра регионоведения и исламоведения
кафедра татароведения
Отделение «Институт истории»
кафедра всеобщей истории
кафедра истории России и стран ближнего зарубежья
кафедра историографии и источниковедения
кафедра документоведения и архивоведения
кафедра исторического образования
Отделение переводоведения и всемирного культурного наследия
кафедра археологии и этнологии
кафедра музеологии, культурологии и туризма
кафедра теории и практики перевода
кафедра европейских языков и культур
Учебный центр дополнительных образовательных услуг
НОЦ «Античность и современность»
НОЦ «Институционализация конфликта как средство обеспечения социальной безопасности»
НОЦ «История и культура еврейского народа (Центр иудаики)»
НОЦ «История и культура тюрко-татарских государств»
НОЦ «Письменное наследие и археография»
НОЦ «Центр германских исследований»
НОЦ «Центр польских исследований»
НОЦ «Центр евразийских исследований»
НОЦ «Методика преподавания истории и обществознания в высшей и средней школе»
НИЛ «Электронных исторических ресурсов»
НИЛ «Археографическая лаборатория»
НИЛ «Междисциплинарных инновационных и научно-практических археологических и этнологических исследований»
НИЛ «Государственно-конфессиональные и межконфессиональные отношения: отечественный и зарубежный опыт»
НИЛ «Историческая компаративистика»
НИЛ «Историческая культурология»
Центр немецкого языка-партнер Немецкого культурного центра им. Гете
Центр изучения Центральной Азии и Турции
Центр изучения исламской цивилизации
Центр исламской экономики и права «Мушарака»
Центр межкультурного диалога
Центр изучения восточных рукописей
Центр арабской культуры «Аль-Хадара»
Институт Конфуция
Центр изучения Индии
Центр ближневосточных исследований
Центр иранистики
Центр японоведения
Центр корееведения
Научно-методический центр этнокультурного образования
Учебная база практик в селе Билярск Алексеевского района РТ
Археологический музей
Этнографический музей