Фонды музея истории Казанского университета насчитывают несколько тысяч музейных предметов, отражающих историю одного из старейших университетов России. Здесь хранится уникальный документальный, вещевой, книжный, фотофонд. Среди музейных экспонатов - документы и фотографии ученых и выпускников университета XIX-XXвв. Книжный фонд сформирован в основном из личных собраний ученых: их научные труды, литература о жизни и творчестве, книги с дарственными надписями, автографами, авторскими и редакторскими правками.

Приоритетным направлением работы фондов является комплектование личных коллекций, которые включают в себя:

- документы

- рукописи или машинописный текст с авторскими правками

- эпистолярное наследие (письма)- личные вещи- фотографии

- почетные дипломы, грамоты, правительственные награды

- изобразительные материалы (рисунки, зарисовки, акварели).

Изучение коллекций личного происхождения позволяет представить не только личность ученого, чьи материалы отложились в фондах, но и историю развития науки и образования. Музейные предметы из личных коллекций, разрозненные временем и обстоятельствами, в совокупности с разнообразными материалами из прочих тематических коллекций позволяют создать полную и достоверную картину университетской истории в экспозиционном пространстве музея. В фондовой работе музей руководствуется нормативными документами Министерства культуры.