В Институте истории создано 9 научно-образовательных центров и 3 научно-исследовательские лаборатории

В соответствии с приказом ректора о временной структуре Института истории и решением Ученого совета КФУ от 27.03.2012 и от 03.07.2012 г. в Институте начали работу следующие НОЦ и НИЛ: 

1. НОЦ «Античность и современность» (рук. Рунг Э.В.)
2. НОЦ «Институционализация конфликта как средство обеспечения
   социальной безопасности» (рук. Летяев В.А.)
3. НОЦ «История и культура еврейского народа (Центр иудаики)»
   (рук. Чиглинцев Е.А.)
4. НОЦ «История и культура тюрко-татарских государств» (рук. Гатин М.С.)
5. НОЦ «Письменное наследие и археография» (рук. Рахимов С.Т.)
6. НОЦ «Центр германских исследований» (рук. Тахтарова С.С.)
7. НОЦ «Центр польских исследований» (рук. Туманин В.Е.)
8. НОЦ «Центр евразийских исследований» (рук. Ягудин Б.М.)
9. НОЦ «Методика преподавания истории и обществознания в высшей и
   средней школе» (рук. Синицын О.В.)
10. НИЛ электронных исторических ресурсов (рук. Тыринов В.В.)
11. НИЛ «Археографическая лаборатория» (рук. Мустафина Д.А.)
12. НИЛ «Междисциплинарных инновационных и научно-практических
    археологических и этнологических исследований» (рук. Ситдиков А.Г.)