Научно-исследовательская работа в Институте ведётся в:

• научных центрах, задача которых определять направления социально-экономического развития регионов и округов, реализуя их посредством разработки и экспертной поддержки региональных и муниципальных программ развития; разрабатывать технологии прогнозирования и управления территориальными (пространственными) образованиями, научно обосновывая их потенциал и внедряя подходы, механизмы и идеи «бережливости», в том числе «Бережливый город»; создавать качественно новые научные кадры, которые будут формировать новый стиль менеджмента (управления) на современных промышленных предприятий субъектов, востребованные в условиях модернизации производства и внедрения наукоемких технологий; экономически обосновывать крупные социально-экономические инновационные и инвестиционные проекты и мероприятия, участвовать в их управлении и консультационном сопровождении (в том числе Универсиада-2013, крупнейшие конференции, выставки и др.); реализовывать научно-образовательные программы и стать лидером в формировании мышления государства и общества.
• Научно-исследовательском центре, основная задача которого подготавливать высококвалифицированных магистров, кандидатов и докторов наук, посредством новых стандартов по программам магистратуры, посредством диссертационных советов по экономическим наукам, деятельность которых будет направлена на создание специалистов в сфере инновационного развития Республики Татарстан и Российской Федерации в целом; реализовывать подготовку и переподготовку специалистов в области градостроительства, производственного, социального, экологического, регионального менеджмента, позволяющих решить проблему эффективности управления в новых и реструктурируемых отраслях экономики ПФО; расширять международные связи с ведущими мировыми научными учеными и школами.
• Проектном центре для решения задач институционализации комплексной научно-проектной деятельности по развитию территорий и подготовке кадров, способных осуществлять эту деятельность; разрабатывать методологии стратегического управления территориального развития на разных уровнях территориального устройства РФ, содействовать планомерному развитию экономики России путем создания необходимой аналитической базы принятия и последующей реализации управленческих решений; осуществлять мониторинг социально-экономической ситуации в регионах, организовывать аналитические разработки по вопросам оценки ресурсного и финансово-бюджетного потенциалов субъектов РФ, своевременно выявлять региональные кризисные ситуации и тенденции социально-экономического развития регионов; подготавливать регулярные инициативные аналитические отчеты по темам анализа социально-экономического развития регионов.