Кафедра микробиологии участвует в реализации программы бакалавриата по направлению подготовки 06.03.01 "Биология", а также магистерских программ "Микробиология и вирусология" и "Био- и нанотехнологии" направления подготовки 06.04.01 "Биология".

Всего в учебном процессе кафедры микробиологии принимают участие 12 штатных преподавателей кафедры, 9 внутренних совместителей и 1 внешний совместитель.  Из них 4 доктора наук и 17 кандидатов наук. 

Ежегодно на кафедре в среднем обучается 110 студентов. Студенты проходят летнюю практику по специальности в профильных НИИ: КИББ КазНЦ РАН, Центр "Биоинженерия" (г. Москва), ТатНИИ сельского хозяйства, Пущинский научный центр РАН, университет Гиссена, Германия. Все студенты кафедры занимаются научно-исследовательской работой Учебно-методический комплекс для подготовки микробиологов объединяет научно-исследовательские лаборатории: биосинтеза и биоинженерии ферментов (НИЛ ББФ ),  экологической биотехнологии и биомониторинга (НИЛ ЭББ). В научно-исследовательских лабораториях работают около 20 высококвалифицированных научных сотрудников — доктора и кандидаты наук.

Запросы ведущих академических учреждений РФ, а также предприятий и организаций на выпускников-микробиологов ИФМиБ свидетельствуют об их высокой востребованности. Ежегодно 30-40 % выпускников поступает в аспирантуру КГУ, КИББ КазНЦ РАН, Пущинского научного центра РАН, а также в магистратуру и аспирантуру университетов Германии. Выпускники кафедры работают в лабораториях медицинских учреждений: биохимические и бактериологические лаборатории, СПИД-центр, СЭС; в лабораториях промышленных и пищевых производств; в лабораториях судмедэкспертизы; в биолого-химических и аналитических лабораториях научно-производственных организаций (ОАО «Оргсинтез», г. Казань); в управлении служб по контролю за качеством пищевых производств и лекарственных препаратов; в тепличных плодоовощных агрокомбинатах.