На кафедре Биомедицинской инженерии и управления инновациями открыта магистерская программа по направлению подготовки  «Биотехнические системы и технологии». Обучение длится два года. По окончании обучения выпускник получает квалификацию магистр-инженер.

Направление высшего профессионального образования «Биотехнические системы и технологии» ориентировано на разработчиков интеллектуальной биомедицинской техники, на ее сервисное обслуживание и эксплуатацию.

В настоящее время уровень здравоохранения определяется наличием и использованием в лечебных учреждениях новых медицинских приборов, систем и медицинских технологий.

Современные медицинские и биотехнические системы – это уникальное сложное оборудование, заключающее в себе самые передовые достижения в области электроники, информатики и медицины.

Подготовка позволяет выпускнику успешно работать в сфере разработки, производства и эксплуатации биомедицинской и экологической техники, в том числе в сфере биотехнических систем и технологий, предназначенных для контроля и управления состоянием живых систем, обеспечения их жизнедеятельности и поддержания оптимальных условий трудовой деятельности человека.

Производственно-технологическая практика студентов проходит на ведущих предприятиях и в клиниках города Казани.

По программе двойных дипломов лучшие студенты имеют возможность на третьем семестре пройти обучение в Чешском технологическом университете.

Выпускники специальности могут работать в качестве: инженеров,  конструкторов, технологов, руководителей,  разработчиков биомедицинских приборов, аппаратов и систем, специалистов по обслуживанию и ремонту медицинской аппаратуры,  специалистов по продвижению товаров медицинского назначения.

Выпускники востребованы на рынке труда и работают на предприятиях г. Казани и Москвы, Республики Татарстан, Приволжского федерального округа, а также в международных компаниях, занимающихся обеспечением медицинского рынка качественным и современным оборудованием.

Занятия в КФУ ведут высококвалифицированные преподаватели, среди которых 5 профессоров, докторов наук. В учебном процессе широко используются мультимедийные технологии. Направление подготовки имеет государственную поддержку (студенты имеют право на отсрочку от армии на время обучения).

Лучшие выпускники могут продолжить обучение в аспирантуре по своей специальности.