Институт фундаментальной медицины и биологии
№ п/п Наименование оборудования Перечень услуг
1 Анализатор гематологический автоматический ABACUS Определение основных медицинских показателей крови.
2 Анализатор низкофоновый жидкостной сцинтилляционный TRI-CARB 2910TR Радиоуглеродное датирование, исследование состояния окружающей среды, геофизические и другие исследования, в которых требуется определить наличие малых количеств альфа- и бета-излучателей
3 Анализатор Malvern Zetasizer Nano ZS Определение гидродинамического размера и дзета-потенциала частиц в жидкости 
4 Криостат-микротом Приготовление срезов фиксированной и не фиксированной биологической ткани, а также небиологических образцов для оптической микроскопии. 
 5 Криостат-микротом НМ 560 Изготовление гистологических срезов без предварительной фиксации
6 Криохранилище для клеточных культур Bio-rack 2400 Долговременное хранение клеточный линий 
7 Микроскоп цифровой Hirox KH7700 Получение высококачественных плоских и объемных изображений и запись видео исследуемых объектов с высоким разрешением. Выполнение измерений по трем координатам, выполнение видеомониторинга.
8  Прибор д/полусухого переноса Semi-dry Электроперенос белков и нуклеиновых кислот из полиакриламидных гелей на нитроцеллюлозную мембрану
 9 Система генетического анализа Секвенирование, фрагментный анализ и количественный анализ экспрессии генов.
10  Система гель-документации BioRad ChemiDoc XRS Детекция и фиксация флюорисцентных изображений
 11 Системы хроматографические Анализ, выделение и очистка  белков, пептидов, нуклеиновых кислот и других биомолекул, разделяемых методом жидкостной хроматографии
12  Ферментер Labfors 4 Lux для фотосинтеза м/о и водорослей Ферментер предназначен для культивирования фотосинтетических микроорганизмов и водорослей. Оборудование позволяет культивировать цианобактерии и зеленые водоросли (продуценты биодизеля). 
13  Цитофлюориметр проточный BD FACSCanto II с рабочей станцией Проведение исследований наноматериалов для биомедицины и биотехнологии на суспензиях клеток эукариот и прокариот методом флуоресцентной цитометрии.
14 Масс-спектрометр MALDI TOF/TOF Ultraflextreme

Метод матрично-активированной лазерной десорбции/ионизации обладает высокой чувствительностью, позволяет работать с гетерогенными образцами. 

  1. Определение массы гомогенного негидролизованного белка или пептида с точностью 0,5 – 0,01% Да.
  2. Top-down подход: идентификация белков, пробоподготовка включает 2D гели и трипсинолиз в геле
  3. Bottom-Up подход: секвенирование последовательности белка de novo
  4. Определение посттрансляционных модификаций
15

MALDI Biotyper

Biotyper предназначен для идентификации микроорганизмов по масс-спектрам белков и пептидов.

  1. Идентификация микроорганизмов (в том числе и штамм-специфичная идентификация)
  2. Анализ-контроль качества олигонуклеотидов и SNP-генотипирование (на базе пакета GENOLINKTM)
  3. Профилирование протеома – исследование профиля биомаркеров и идентифицирование индивидуальных биомаркеров в различных исследованиях клинической протеомики (масс-спектрометр microflex используется в системе CLINPROT™ для поиска пептидных и белковых био-маркеров, позволяя проводить автоматизированную пробоподготовку на магнитных частицах и использовать программные средства для анализа данных, визуализации и построения статистических моделей)
  4. Технология AnchorChip позволяет получать гомогенные, четко позиционированные на мишени пробы, автоматизировать сбор данных, а также повысить чувствительность до двух порядков
16 Квадруполь-времяпролётный масс-спектрометр сверхвысокого разрешения с ионизацией электроспреем Maxis Impact
  1. Top-down подход: идентификация белков с высокой точностью, пробоподготовка включает 1D гели и трипсинолиз в растворе
  2. Полуколичественная протеомика, метод pseudoMRM
  3. Метод MudPit – предварительное фракционирование смеси пептидов и последующая идентификация триптических пептидов с помощью масс-спектрометра
  4. Количественная протеомика с использованием изотопных меток
  5. Определение посттрансляционных модификаций
17 Высокоэффективный жидкостной хроматограф Ultimate
  1. Определение метаболитов
  2. Пробоподготовка для метода MudPit
18 Система фрагментации ДНК Covaris S220, основанная на ультразвуковом воздействии
  1. Получение фрагментов нуклеиновых кислот в диапазоне длин от 150 до 250 bp
  2. Подготовки стандартных библиотек для Solid 5500w
19

Agilent 2100 Bioanalyzer

Электрофоретическое разделение нуклеиновых кислот на микрофлюидном чипе.

  1. Анализ полученных библиотек для высокопроизводительного секвенирования
  2. Анализ нуклеиновых кислот при низких концентрациях: для ДНК – HighSensitivityDNAKit (от 5 pg), для РНК – RNA 6000 PicoKit (50 pg).
  3. возможность определение индекса целостности выделенной РНК (RNA Integrity Number – RIN)
20 Секвенатор GS Junior (Roshe, Switzerland)

Пиросеквенирование. Параллельное секвенирование до 100 тыс. ридов, длина прочтения 450-500 bp, общий объем получаемой информации с прибора ~ 50 Мb, точность 99,9% на всю длину рида.

  1. De novo секвенирование бактериальной хромосомы, вирусов, плазмид, митохондрий
  2. Метагеномный анализ (на основе ампликонов16/18S рРНК)
21 Секвенатор ABI 3730 DNA Analyzer (Life Technologies, USA)

Секвенирование по методу Сэнгера. 48 капилляров, длина прочтения – до 800 bp (в зависимости от длины капилляра), точность 99,9%.

Секвенирование с ампликонов и с векторных конструкций, фрагментный анализ.

  1. Установление видовой принадлежности
  2. Поиск однонуклеотидных мутаций
  3. Анализ гэпов при сборке геномов de novo
  4. Установление родства (да/нет)
  5. Анализ видового или функционального разнообразия (T-RFLPанализ ампликонов)
22 Секвенатор Ion Torrent PGM (Life Technologies, USA)

Ионное полупроводниковое секвенирование. Общий объем получаемой информации зависит от чипа (20 Mb, 200 Mb, 1 Gb). Длина прочтения 200-400 bp, точность 98%.

  1. Ресеквенирование
  2. Анализ ампликонов (кроме 16S рРНК)
  3. Картирование генома (анализ библиотек парных фрагментов)
  4. Анализ клинически значимых мутаций с использованием наборов Targetseq или Ampliseq
  5. Транскриптом бактерий
23 Секвенатор SOLiD xl 5500 Wildfire (Life Technologies, USA)

Секвенирование лигированием. Объем получаемой информации с одного чипа: 100-120 Gb. Возможность одновременной загрузки двух чипов, длина прочтения 75 bp, точность 99,94%.

  1. Метагеномный анализ при наличии референса (shotgun-метагеном кишечника)
  2. Экзомный анализ
  3. Транскриптомный анализ эукариот
  4. Анализ полиморфизмов генов
  5. ChIP-Seq (анализ сайтов связывания)
  6. Анализ метилирования ДНК
24 Высокопроизводительный вычислительный кластер

4 узла (головной - 8 ядер, 3 вычислительных - по 24 ядра), 64 Gb оперативной памяти, диск 15 Tb.

Позволяет анализировать данные с высокопроизводительного оборудования, обеспечивая проведение метагеномных, транскриптомных и протеомных исследований

  1. Сборка геномов de novo (newbler, SPAdes), оценка качества сборки
  2. Скаффолдинг с использованием библиотек парных фрагментов (Sspace)
  3. Картирование ридов (bowtie)
  4. Поиск вариаций, аннотация снипов (SNPEff)
  5. Поиск и аннотация ОRF (NCBI, prokka)
  6. Сравнительный, функциональный анализ геномов (pathway tools)
  7. Функциональный анализ метагеномов на основе ампликоновых библиотек GSJunior (QIIME), подсчет OTU по БД 16SрРНК Greengenes (бактерии, археи, грибы)
  8. Анализ shotgun-метагенома (MG-RAST, IMG/M), сравнительный анализ метагеномов (PCoA, nMDS)
  9. Метаболическая реконструкция (KEGG, MetaCyc)